Development of a comprehensive method for expression profiling of theplant genome with the use of histone code.

• Project/Area Number: 23657040
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Plant molecular biology/Plant physiology
• Research Institution: Kyoto Prefectural University
• Principal Investigator: OBOKATA Junichi 京都府立大学, 大学院・生命環境科学研究科, 教授 (50185667)
• Project Period (FY): 2011 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2012)
• Budget Amount: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2012: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000); Fiscal Year 2011: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
• Keywords: シロイヌナズナ / ChIP-seq 解析 / クロマチンリモデリング / ヒストンコード / H2A.Z / 遺伝子予測 / 発現プロファイリング / 植物ゲノム / 転写開始点 / ヌクレオソーム / 転写領域 / プロモーター

Research Abstract

In order to develop a comprehensive method for expression profiling of the plant genome with the use of histone code, we examined the genome-wide distribution profile of a histone variant H2A.Z in reference to the external stimuli and the position and strength of the transcription start sites (TSSs). Our results suggest that the plant H2A.Z could be a relatively stable marker for the transcribed regions of the plant genome.

Research Products

• [Journal Article] Pentatricopeptide repeat proteins involved in plant organellar RNA editing (2013)
  • Author(s): Yusuke Yagi
  • Journal Title: RNA Biology Volume: 未定
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characteristics of core promoter types with respect to gene structure and expression in Arabidopsis thaliana (2012)
  • Author(s): Yamamoto YY., Yoshioka Y., Hyakumachi M., Obokata J.
  • Journal Title: DNA Research Volume: 18 Issue: 5 Pages: 3634-35636
  • DOI: 10.1093/dnares/dsr020
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 遺伝子重複型偽遺伝子の転写状態の維持におけるATG配列の役割 (2013)
  • Author(s): 佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 第54回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 2013-03-23
• [Presentation] シロイヌナズナTFIIF変異体のゲノムワイド転写開始点解析 (2012)
  • Author(s): 佐藤壮一郎、Babiychuk Elena、松尾充啓、坂本智昭、倉田哲也、Kushnir Sergei、小保方潤一
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2012-12-14
• [Presentation] A new driving force for the functional gene transfer during endo- symbiotic evolution (2012)
  • Author(s): Junichi Obokata
  • Organizer: pol II promoter de novo origination
  • Place of Presentation: Oslo. Norway
  • Year and Date: 2012-08-03
• [Presentation] 遺伝子重複領域内のATG開始コドンが転写状態に与える影響について (2012)
  • Author(s): 佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 第53回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2012-03-18
• [Presentation] 高等植物において遺伝子コード領域の存在は転写型ジーンサイレンシングを抑制する (2012)
  • Author(s): 松尾充啓、佐藤壮一郎、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 第53回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2012-03-18
• [Presentation] A new driving force for the functional gene transfer during endosymbiotic evolution: pol II promoter de novo origination, (2012)
  • Author(s): Junichi Obokata
  • Organizer: Protists 2012
  • Place of Presentation: オスロ
• [Presentation] シロイヌナズナTFIIF変異体のゲノムワイド転写開始点解析 (2012)
  • Author(s): 佐藤壮一郎
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会.
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] 遺伝子重複領域内のATG開始コドンの保存性が転写状態の持続性に及ぼす影響について (2011)
  • Author(s): 佐藤壮一郎, 松尾充啓,工藤久幸,木村宏、中邨真之,山本義治,小保方潤一
  • Organizer: 第34回に本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2011-12-16
• [Presentation] 植物の核ゲノムにはATG開始コドンを介したプロモーター機能領域の出現メカニズムがある (2011)
  • Author(s): 松尾充啓、佐藤壮一郎、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 日本遺伝学会第83回大会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2011-09-23
• [Presentation] 植物ゲノム上でのプロモーター機能領域の出現に対するATG開始コドンの役割 (2011)
  • Author(s): 佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 日本植物学会第75回大会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2011-09-19
• [Presentation] 遺伝子重複領域内のATG開始コドンの保存性が転写状態の持続性に及ぼす影響について (2011)
  • Author(s): 佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 第34回日本分子生物学会
  • Place of Presentation: 横浜
• [Remarks]
  • URL: http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/
• [Remarks]
  • URL: http://www2.kpu.ac.jp/life_environ/plant_genome_bio/
• [Remarks] 京都府立大学 植物ゲノム情報学研究室
  • URL: http://www2.kpu.ac.jp/life_environ/plant_genome_bio/Site/Top.html
• [Remarks] plant promoter database
  • URL: http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi