Alleviating bottlenecks in interpretation of omics datasets

• Project/Area Number: 23710231
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: System genome science
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: IWASAKI Wataru 東京大学, 大学院理学系研究科, 准教授 (50545019)
• Project Period (FY): 2011-04-28 – 2015-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2014)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2014: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2013: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000); Fiscal Year 2012: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2011: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
• Keywords: バイオインフォマティクス / オーミクス / データ解釈 / データベース / ゲノム / ネットワーク / データ可視化 / テキストマイニング

Outline of Final Research Achievements

As omics data are accumulating at an ever-increasing pace, life science is facing with a fundamental bottleneck in generating hypothesis by referring to existing knowledge in databases and literature. In this study, we created a system that represents knowledge in databases and literature in network structures. The system will help researchers interpret massive omics datasets.

Research Products

• [Journal Article] GroupTracker: Video Tracking System for Multiple Animals under Severe Occlusion. (2015)
  • Author(s): Tsukasa Fukunaga, Shoko Kubota, Shoji Oda, and Wataru Iwasaki.
  • Journal Title: Computational Biology and Chemistry Volume: in press Pages: 39-45
  • DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2015.02.006
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Computational ethology: integration of bioinformatics and ethology (2015)
  • Author(s): 福永津嵩，岩崎渉．
  • Journal Title: Leading Author's Volume: 4 Pages: e003
  • DOI: 10.7875/leading.author.4.e003
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Tepidicaulis marinus gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium reducing nitrate to nitrous oxide strictly under microaerobic conditions. (2015)
  • Author(s): Mio Takeuchi, Takao Yamagishi, Yoichi Kamagata, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Taiki Katayama, Satoshi Hanada, Hideyuki Tamaki, Katsumi Marumo, Hiroto Maeda, Munetomo Nedachi, Wataru Iwasaki, Yuichi Suwa, and Susumu Sakata.
  • Journal Title: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, published online (2015) Volume: in press Issue: Pt_6 Pages: 1749-1754
  • DOI: 10.1099/ijs.0.000167
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] CapR : revealing structural specificities of RNA-binding protein target recognition using CLIP-seq data (2014)
  • Author(s): Tsukasa Fukunaga, Haruka Ozaki, Goro Terai, Kiyoshi Asai, Wataru Iwasaki and Hisanori Kiryu
  • Journal Title: Genome Biology Volume: 15 Issue: 1
  • DOI: 10.1186/gb-2014-15-1-r16
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] MetaMetaDB: A Database and Analytic System for Investigating Microbial Habitability. (2014)
  • Author(s): Ching-chia Yang and Wataru Iwasaki
  • Journal Title: PLOS ONE Volume: 9 Issue: 1 Pages: e87126-e87126
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0087126
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] BioHackathon series in 2011 and 2012 : penetration of ontology and linked data in life science domains (2014)
  • Author(s): Katayama T, Komiyama Y, et al.
  • Journal Title: Journal of Biomedical Semantics Volume: 5 Issue: 1 Pages: 5-5
  • DOI: 10.1186/2041-1480-5-5
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] CLOCK-controlled polyphonic regulations of circadian rhythms through canonical and non-canonical E-boxes. (2014)
  • Author(s): Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
  • Journal Title: Molecular and Cellular Biology Volume: 34 Issue: 10 Pages: 1776-1787
  • DOI: 10.1128/mcb.01465-13
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Functional characterization of flavobacteria rhodopsins reveals a unique class of light-driven chloride pump in bacteria. (2014)
  • Author(s): Susumu Yoshizawa, Yohei Kumagai, Hana Kim, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Iwasaki, Edward F. DeLong, and Kazuhiro Kogure.
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci U S A Volume: 111 Issue: 18 Pages: 6732-6737
  • DOI: 10.1073/pnas.1403051111
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Crossing Borders for Science. (2014)
  • Author(s): Sebastian J. Schultheiss, Joshua SungWoo Yang, Wataru Iwasaki, Shu-Hsi Lin, Angela Jean, and Magali Michaut
  • Journal Title: PLOS Computational Biology Volume: 10 Issue: 3 Pages: e1003519-e1003519
  • DOI: 10.1371/journal.pcbi.1003519
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of Winogradskyella sp. strain PG-2, a proteorhodopsin-containing marine flavobacterium. (2014)
  • Author(s): Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Wataru Iwasaki, and Kazuhiro Kogure.
  • Journal Title: Genome Announcements, 2, . (2014) Volume: 2 Issue: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00490-14
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Methylocaldum marinum sp. nov., a novel thermotolerant methane oxidizing bacterium isolated from marine sediments. (2014)
  • Author(s): Mio Takeuchi, Yoichi Kamagata, Kenshiro Oshima, Satoshi Hanada, Hideyuki Tamaki, Katsumi Marumo, Hiroto Maeda, Munetomo Nedachi, Masahira Hattori, Wataru Iwasaki, and Susumu Sakata.
  • Journal Title: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology Volume: 64 Issue: Pt_9 Pages: 3240-3246
  • DOI: 10.1099/ijs.0.063503-0
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Parallel selection on gene copy number variations through evolution of three-spined stickleback genomes. (2014)
  • Author(s): Shotaro Hirase, Haruka Ozaki, and Wataru Iwasaki.
  • Journal Title: BMC Genomics Volume: 15 Issue: 1 Pages: 735-735
  • DOI: 10.1186/1471-2164-15-735
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Discovery of osmotic sensitive transcription factors in fish intestine via a transcriptomic approach. (2014)
  • Author(s): Marty Kwok-Shing Wong, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Yoshio Takei.
  • Journal Title: BMC Genomics, 15, 1134. (2014) Volume: 15 Issue: 1 Pages: 1134-1134
  • DOI: 10.1186/1471-2164-15-1134
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] NGSデータ解析 (2014)
  • Author(s): 尾崎遼，岩崎渉．
  • Journal Title: 実験医学 Volume: 32 Pages: 3197-3202
• [Journal Article] Evolutionary origin of the Scombridae (tunas and mackerels) : members of a Paleogene adaptive radiation with 14 other pelagic fish families (2013)
  • Author(s): Miya, M., Friedman, M., Satoh, T.P., Takeshima, H., Sado, T., Iwasaki, W., Yamanoue, Y., Nakatani, M., Mabuchi, K., Inoue, J.G., Poulsen, J.Y., Fukunaga, T., Sato, Y. and Nishida, M
  • Journal Title: PLOS ONE Volume: 8 Issue: 9 Pages: e73535-e73535
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0073535
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] MitoFish and MitoAnnotator : a mitochondrial genome database of fish with an accurate and automatic annotation pipeline (2013)
  • Author(s): Iwasaki, W., Fukunaga T., Isagozawa R., Yamada K., Maeda Y., Satoh T.P., Sado T., Mabuchi K., Takeshima H., Miya, M. and Nishida M
  • Journal Title: Molecular Biology and Evolution Volume: 30 Issue: 11 Pages: 2531-2540
  • DOI: 10.1093/molbev/mst141
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] From β- to α-Proteobacteria: the Origin and Evolution of Rhizobial Nodulation Genes nodIJ. (2013)
  • Author(s): Seishiro Aoki, Motomi Ito, and Wataru Iwasaki.
  • Journal Title: Molecular Biology and Evolution Volume: 30 Issue: 11 Pages: 2494-2508
  • DOI: 10.1093/molbev/mst153
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ENCODEプロジェクトで明らかになったこと (2013)
  • Author(s): 尾崎遼，岩崎渉
  • Journal Title: 細胞工学 Volume: 32 Pages: 101-106
  • NAID: 40019538138
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Integration of interactive, multi-scale network navigation approach with Cytoscape for functional genomics in the big data era (2012)
  • Author(s): Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki
  • Journal Title: BMC Genomics Volume: 13(Suppl 7) Issue: Suppl 7 Pages: S24-S24
  • DOI: 10.1186/1471-2164-13-s7-s24
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 水圏生物学における次世代シーケンサー活用の現状と応用可能性への展望 (2012)
  • Author(s): 佐藤行人，八谷剛史，岩崎渉
  • Journal Title: 水産育種 Volume: 41 Pages: 17-32
  • NAID: 40019232266
• [Journal Article] Interactive, multiscale navigation of large and complicated biological networks (2011)
  • Author(s): Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki
  • Journal Title: Bioinformatics Volume: 27 Issue: 8 Pages: 1121-1127
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btr083
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 文献管理・文献推薦 (2011)
  • Author(s): 岩崎渉，山本泰智，高木利久．
  • Journal Title: 実験医学 Volume: 29 Pages: 2556-2562
• [Presentation] MetaMetaDB:微生物ゲノムと環境を簡便に結びつけるデータベース (2015)
  • Author(s): 岩崎渉，楊靜佳
  • Organizer: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸大学六甲第二キャンパス（兵庫県神戸市）
  • Year and Date: 2015-03-06
• [Presentation] 定量生物学と情報生物学 (2015)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 定量生物学の会第七回年会
  • Place of Presentation: 九州大学筑紫キャンパス（福岡県春日市）
  • Year and Date: 2015-01-11
  • Invited
• [Presentation] 微生物の生息環境の多様性とその進化：MetaMetaDBによる解析 (2014)
  • Author(s): 岩崎渉，楊 靜佳
  • Organizer: 環境微生物系学会合同大会2014
  • Place of Presentation: 浜松アクトシティコングレスセンター（静岡県浜松市）
  • Year and Date: 2014-10-24
• [Presentation] CLOCKによる古典的・非古典的E-boxを介した概日時計の“多声的”制御 (2014)
  • Author(s): Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
  • Organizer: 日本バイオインフォマティクス学会2014年年会／第3回生命医薬情報学連合大会
  • Place of Presentation: 仙台国際センター（宮城県仙台市）
  • Year and Date: 2014-10-03
• [Presentation] Fundamental bottlenecks in big-data biology (2014)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-27
  • Invited
• [Presentation] バイオインフォマティクスから時空間解析へ (2014)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 日本学術会議学術フォーラム 生命情報ビッグデータ時代における新しい生命科学
  • Place of Presentation: 日本学術会議講堂（東京都港区）
  • Year and Date: 2014-08-29
  • Invited
• [Presentation] MetaMetaDB: Microbial Habitability解析のためのメタ・メタゲノムデータベース (2013)
  • Author(s): 岩崎渉、楊靜佳
  • Organizer: 第29回日本微生物生態学会大会
  • Place of Presentation: 鹿児島大学郡元キャンパス，鹿児島
• [Presentation] バイオインフォマティクスから迫るアーキアの正体と多様性 (2013)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第29回日本微生物生態学会大会
  • Place of Presentation: 鹿児島大学郡元キャンパス，鹿児島
  • Invited
• [Presentation] Cell-free synthesis, purifications, and crystallization of Proteorhodopsins (2013)
  • Author(s): Toshiaki Hosaka, Susumu Yoshizawa, Tomomi Kumura-Someya, Masakatsu Hato, Wataru Iwasaki, Kazuhiro Kogure, Shigeyuki Yokoyama, and Mikako Shirouzu
  • Organizer: 7th International Conference on Structural Genomics
  • Place of Presentation: 京王プラザホテル札幌，北海道
• [Presentation] MetaMetaDB: From metagenomes to the habitats of microbes (2013)
  • Author(s): Ching-chia Yang and Wataru Iwasaki
  • Organizer: NGS現場の会第三回研究会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場，兵庫
• [Presentation] 空と海と陸をめぐる微生物の「旅」 (2013)
  • Author(s): 岩崎渉，町山麻子，平岡聡史，藤井和史，伊知地稔，井上健太郎，木暮一啓
  • Organizer: NGS現場の会第三回研究会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場，兵庫
• [Presentation] トランスクリプトーム時系列解析で迫る広塩性魚の浸透圧調節メカニズムの進化 (2013)
  • Author(s): 尾崎遼，Marty Wong，竹井祥郎，岩崎渉
  • Organizer: NGS現場の会第三回研究会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場，兵庫
• [Presentation] MitoAnnotator : 超高速シーケンサー時代のミトコンドリアゲノムアノテーションシステム (2013)
  • Author(s): 福永津嵩，岩崎渉
  • Organizer: NGS現場の会第三回研究会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場，兵庫
• [Presentation] 次世代シーケンサーによる魚類ミトコンドリアゲノミクス: Parallel Tag Sequencingのプロトコル確立 (2013)
  • Author(s): 平瀬祥太朗，武島弘彦，西田睦，岩崎渉
  • Organizer: NGS現場の会第三回研究会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場，兵庫
• [Presentation] Gaussian mixture model-based multiple objects tracking for analysis of animal social behaviors (2013)
  • Author(s): Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki
  • Organizer: Bioinformatics Week in Odaiba (BiWO2013)
  • Place of Presentation: 産業総合技術研究所臨海副都心センター，東京
• [Presentation] 次世代シーケンシングによる魚類の大量ミトコンドリアゲノム分析法の確立 (2013)
  • Author(s): 武島弘彦，平瀬祥太朗，岩崎渉，田畑諒一，渡辺勝敏，西田睦
  • Organizer: 2013年度日本魚類学会年会
  • Place of Presentation: 宮崎観光ホテル，宮崎
• [Presentation] 高性能自動アノテーションパイプラインMitoAnnotatorの実装による魚類ミトコンドリアゲノムデータベースMitoFishの充実 (2013)
  • Author(s): 西田睦，福永津嵩，砂子澤遼太，山田浩一郎，佐藤崇，佐土哲也，宮正樹，武島弘彦，馬渕浩司，前田泰伸，岩崎渉
  • Organizer: 2013年度日本魚類学会年会
  • Place of Presentation: 宮崎観光ホテル，宮崎
• [Presentation] MitoFish and MitoAnnotator: A Mitochondrial Genome Database of Fish with an Accurate and Automatic Annotation Pipeline (2013)
  • Author(s): Wataru Iwasaki, Tsukasa Fukunaga, Ryota Isagozawa, Koichiro Yamada, Yasunobu Maeda, Takashi P. Satoh, Tetsuya Sado, Kohji Mabuchi, Hirohiko Takeshima, Masaki Miya, and Mutsumi Nishida
  • Organizer: 日本バイオインフォマティクス学会2013年年会／第2回生命医薬情報学連合大会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀，東京
• [Presentation] Novel marine moderately thermophilic microbes isolated from microbial consortium depends on methane (2013)
  • Author(s): Mio Takeuchi, Katsumi Marumo, Hiroto Maeda, Munetomo Nedachi, Kenshiro Oshima, Taiki Katayama, Takao Yamagishi, Wataru Iwasaki, Yoichi Kamagata, Satoshi Hanada, Hideyuki Tamaki, Masahira Hattori, Yuichi Suwa, and Susumu Sakata
  • Organizer: The 5th Taiwan-Korea-Japan International Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: National Central University, Jhongli, Taiwan
• [Presentation] MetaMetaDB: Revealing all the habitats of microbes (2013)
  • Author(s): Ching-chia Yang and Wataru Iwasaki
  • Organizer: The 5th Taiwan-Korea-Japan International Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: National Central University, Jhongli, Taiwan
• [Presentation] 鹿児島湾海底堆積物中に生息するメタンを基盤とする新規中温性微生物群の生理学的・遺伝学的特徴の解明 (2013)
  • Author(s): 竹内美緒，丸茂克美，根建宗具，前田広人，鎌形洋一，大島健志郎，岩崎渉，片山泰樹，山岸昂夫，花田智，坂田将
  • Organizer: 第29回日本微生物生態学会大会
  • Place of Presentation: 鹿児島大学郡元キャンパス，鹿児島
• [Presentation] 海水淡水化逆浸透膜に発生したバイオフィルムのメタゲノミクス (2013)
  • Author(s): 伊知地稔，町山麻子，高橋唯，千浦博，伊藤世人，北出有，花田茂久，田中祐之，岩崎渉，木暮 一啓
  • Organizer: 第29回日本微生物生態学会大会
  • Place of Presentation: 鹿児島大学郡元キャンパス，鹿児島
• [Presentation] 次世代シーケンシングによるアユの集団ミトコンドリアゲノミクスへのアプローチ (2013)
  • Author(s): 武島弘彦，平瀬祥太朗，岩崎渉，井口恵一朗，西田睦
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド，兵庫
• [Presentation] ChIP-Seqデータからの結合モチーフの列挙とその応用 (2013)
  • Author(s): 尾崎遼，岩崎渉，高木利久
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド，兵庫
• [Presentation] インタラクティブ・マルチスケール・ネットワーク・ナビゲーション (2013)
  • Author(s): 岩崎渉，タネート プラーニーナラーラト，高木利久
  • Organizer: 第５２回 人工知能学会 分子生物情報研究会（SIG-MBI）・第１７回オープンバイオ研究会
  • Place of Presentation: 北陸先端科学技術大学院大学(能美)
• [Presentation] 大規模な生命科学データを解釈するためのバイオインフォマティクス技術 (2011)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 生命情報科学若手の会・沖縄セミナー
  • Place of Presentation: 独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構，恩納
• [Presentation] 微生物ゲノムはどのように進化してきたのか？ (2011)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第５回 日本ゲノム微生物学会 若手の会 研究会(招待講演)
  • Place of Presentation: ろうきん研修所富士センター，駿東郡小山町
• [Presentation] 大規模ゲノム解析から読み解く生命システムの進化 (2011)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第27回微生物生態学会若手交流会(招待講演)
  • Place of Presentation: 京都大学，京都
• [Presentation] 超高速遺伝子配列解読技術とバイオインフォマティクス (2011)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第48回海中海底工学フォーラム(招待講演)
  • Place of Presentation: 東京大学柏キャンパス，柏
• [Presentation] 文献管理＋文献推薦＝TogoDoc (2011)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 生命情報科学若手の会第3回研究会
  • Place of Presentation: 基礎生物学研究所，岡崎
• [Presentation] 期待値最大化法に基づいたゲノム進化過程の再構築 (2011)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 共同利用重点型研究による研究集会 「ゲノム多様性と進化の統計数理」
  • Place of Presentation: 統計数理研究所，東京
• [Presentation] 系統推定結果の表現と認識 (2011)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第155回農林交流センターワークショップ(招待講演)
  • Place of Presentation: 農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所，つくば
• [Presentation] TogoDoc server/client system: smart recommendation and efficient management of life science literature. (2011)
  • Author(s): Wataru Iwasaki, Yasunori Yamamoto, and Toshihisa Takagi.
  • Organizer: The 2011 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics / Chem-Bio Informatics Society Annual Meeting 2011 (CBI/JSBi2011)
  • Place of Presentation: Kobe International Conference Center, Kobe, Japan
• [Presentation] 文献管理と文献推薦を一体化する生命科学研究者のための統合文献ソリューション (2011)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: SPARC Japan セミナー2011(招待講演)
  • Place of Presentation: 国立情報学研究所，東京
• [Presentation] NGSを用いた転写制御の時系列解析 (2011)
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 次世代シークエンサ現場の会第一回研究会
  • Place of Presentation: 熱海ニューフジヤホテル，熱海
• [Presentation] Wheel Tree: Intuitive Representation of Multiple Phylogenetic Topologies. (2011)
  • Author(s): Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi.
  • Organizer: 2011 Annual Meeting of Society for Molecular Biology and Evolution
  • Place of Presentation: Kyoto University, Kyoto, Japan
• [Presentation] TogoDoc: Paper Recommendation and Management. (2011)
  • Author(s): Wataru Iwasaki, Yasunori Yamamoto, and Toshihisa Takagi.
  • Organizer: 5th Asian Young Researchers Conference for Computational and Omics Biology
  • Place of Presentation: University of Sciences and Technology, Daejeon, Korea.
• [Presentation] バイオインフォマティクスからの系統樹可視化
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 日本生物地理学会第68回年次大会
  • Place of Presentation: 立教大学，東京
  • Invited
• [Presentation] バイオインフォマティクスの利用と考え方
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 東京大学大気海洋研究所共同利用研究集会
  • Place of Presentation: 東京大学大気海洋研究所，千葉
  • Invited
• [Presentation] 系統推定結果の表現と認識
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第176回農林交流センターワークショップ
  • Place of Presentation: 農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所，茨城
  • Invited
• [Presentation] 次世代ＤＮＡシーケンサデータ解析分野のバイオインフォマティクス人材の見つけ方
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド，兵庫
  • Invited
• [Presentation] 生命の振る舞いと成り立ちに迫るためのバイオインフォマティクス
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 生命情報科学若手の会第５回研究会
  • Place of Presentation: 東京大学検見川セミナーハウス，千葉
• [Presentation] 微生物生態系インフォマティクスの世界観
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: NGiME (Next Generation in Microbial Ecology) 勉強会
  • Place of Presentation: 愛媛大学，愛媛
  • Invited
• [Presentation] 微生物ゲノム・メタゲノム、ChIP-Seq
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 次世代シーケンサー研究推進のためのデータ解析ワークショップ（NGSワークショップ）
  • Place of Presentation: つくば国際会議場，茨城
  • Invited
• [Presentation] MitoAnnotator: An accurate and automatic mitochondrial genome annotation pipeline
  • Author(s): Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki
  • Organizer: 7th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB)
  • Place of Presentation: 産業総合技術研究所臨海副都心センター，東京
• [Presentation] What underlies repeated gains and losses of osmoregulatory abilities in teleost fishes?
  • Author(s): 尾崎遼，Marty Wong，竹井祥郎，岩崎渉
  • Organizer: 生命情報科学若手の会第５回研究会
  • Place of Presentation: 東京大学検見川セミナーハウス，千葉
• [Presentation] 大規模比較ゲノム解析が明らかにするプロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム進化
  • Author(s): 熊谷洋平，吉澤晋，木暮一啓，岩崎渉
  • Organizer: 生命情報科学若手の会第５回研究会
  • Place of Presentation: 東京大学検見川セミナーハウス，千葉
• [Presentation] 微生物の津波土壌への適応および進化
  • Author(s): 平岡聡史，町山麻子，岩崎渉
  • Organizer: 生命情報科学若手の会第５回研究会
  • Place of Presentation: 東京大学検見川セミナーハウス，千葉
• [Presentation] バイオイメージインフォマティクスから探る魚類の社会性行動
  • Author(s): 福永津嵩，岩崎渉
  • Organizer: 生命情報科学若手の会第５回研究会
  • Place of Presentation: 東京大学検見川セミナーハウス，千葉
• [Presentation] 大規模比較ゲノム解析が明らかにするプロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム進化
  • Author(s): 熊谷洋平，吉澤晋，木暮一啓，岩崎渉
  • Organizer: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京農業大学世田谷キャンパス，東京
• [Presentation] 微生物の津波土壌への適応および進化
  • Author(s): 平岡聡史，町山麻子，岩崎渉
  • Organizer: 第8回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京農業大学世田谷キャンパス，東京
• [Presentation] メタゲノムデータの比較をab initioに行う手法の開発
  • Author(s): 尾崎遼，岩崎渉，高木利久
  • Organizer: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 長浜バイオ大学(長浜)
• [Presentation] 遺伝子の旅と地球の変動
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 生命情報科学若手の会 第４回研究会
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(岡崎)
• [Presentation] 生命科学データの表現と解釈
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 産業技術総合研究所生命情報工学研究センターHPCIセミナー
  • Place of Presentation: 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター(東京)
  • Invited
• [Presentation] 時計タンパク質CLOCKのChIP-Seq解析と概日性トランスクリプトーム解析
  • Author(s): 吉種光，尾崎遼，寺嶋秀騎，ゴク・ヒエンズ，岩崎渉，鈴木穣，深田吉孝
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: マリンメッセ福岡(福岡)
• [Presentation] 時計タンパク質CLOCKのChIP-Seq解析と概日性トランスクリプトーム解析
  • Author(s): 吉種光，尾崎遼，寺嶋秀騎，ゴク・ヒエンズ，岩崎渉，鈴木穣，深田吉孝
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: マリンメッセ福岡(福岡)
• [Presentation] ゲノムインフォマティクスは系統分類学にパラダイムシフトを引き起こすか？
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第32回日本微生物系統分類研究会年次大会
  • Place of Presentation: 産業技術総合研究所 つくばセンター(つくば)
  • Invited
• [Presentation] 系統推定結果の表現と認識
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第166回農林交流センターワークショップ
  • Place of Presentation: 農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所（つくば）
  • Invited
• [Presentation] この広い地球とバイオインフォマティクス
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 生命医薬情報学連合大会シンポジウム
  • Place of Presentation: タワーホール船堀（東京）
  • Invited
• [Presentation] Integration of interactive, multi-scale network navigation approach with Cytoscape for functional genomics in the big data era
  • Author(s): Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki
  • Organizer: 11th International Conference on Bioinformatics
  • Place of Presentation: Bangkok, Thailand
• [Presentation] Bioinformatics for eco-systems biology
  • Author(s): Wataru Iwasaki
  • Organizer: The 28th Annual meeting of the Japanese Society of Microbial Ecology
  • Place of Presentation: 豊橋技術科学大学（豊橋）
  • Invited
• [Presentation] この青い惑星で微生物はどのように進化してきたのか？
  • Author(s): 岩崎渉
  • Organizer: 第１６回 微研部員会主催セミナー
  • Place of Presentation: 大阪大学微生物病研究所（大阪）
  • Invited
• [Presentation] How can bioinformatics open up new fields in marine microbiology?
  • Author(s): Wataru Iwasaki
  • Organizer: CREST International Workshop on Aquatic Microbial Ecology
  • Place of Presentation: 東京大学大気海洋研究所（柏）
• [Remarks]
  • URL: http://iwasakilab.bi.s.u-tokyo.ac.jp/iwasaki/publications.html
• [Remarks] 海洋細菌で見つけた新しい光エネルギー利用機構 －塩化物イオンを輸送するポンプの発見－
  • URL: http://www.aori.u-tokyo.ac.jp/research/news/2014/20140408.html