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Novel QSAR analysis based on protein-ligand interaction using molecular calculation

Research Project

Project/Area Number 23710272
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Chemical biology
Research InstitutionThe University of Tokushima

Principal Investigator

YOSHIDA Tatsusada  徳島大学, ヘルスバイオサイエンス研究部, 助教 (80527557)

Project Period (FY) 2011 – 2012
Project Status Completed (Fiscal Year 2013)
Budget Amount *help
¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2012: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2011: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Keywords金属タンパク質 / 定量的構造活性相関 / 分子間相互作用 / 分子軌道法 / 理論・計算化学 / 炭酸脱水酵素 / マトリックスメタロプロテアーゼ
Research Abstract

We examined the atomic and electronic mechanism underlying binding between zinc-containing proteins and a series of ligands, using the QM (Quantum mechanics)/MM (Molecular Mechanics) and ab initio FMO (Fragment Molecular Orbital) calculations and LERE (Linear Expression by Representative Energy terms)-QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship) procedure. As a result, the LERE-QSAR procedure demonstrated to quantitatively reveal differences in the binding mechanisms between the several cases involving similar but different zinc-containing proteins at the electronic and atomic levels.

Report

(4 results)
  • 2013 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2012 Research-status Report
  • 2011 Research-status Report
  • Research Products

    (53 results)

All 2014 2013 2012 2011 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (48 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] A Simple and Efficient Dispersion Correction to the Hartree-Fock Theory2014

    • Author(s)
      Tatsusada Yoshida, Akira Mashima, Katsunori Sasahara, Hiroshi Chuman
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      Volume: Vol.24 Issue: 4 Pages: 1037-1042

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2014.01.020

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      S. Hitaoka, Y. Shibata, H. Matoba, A. Kawano, M. Harada, M.M. Rahman, D. Tsuji D, T. Hirokawa, K. Itoh, T.Yoshida, H. Chuman
    • Journal Title

      Chem-Bio Informatics Journal

      Volume: 13 Issue: 0 Pages: 30-44

    • DOI

      10.1273/cbij.13.30

    • NAID

      130004054117

    • ISSN
      1347-0442, 1347-6297
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    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 116 Issue: 34 Pages: 10283-10289

    • DOI

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    • Journal Title

      The Journal of Organic Chemistry

      Volume: Vol.76 Issue: 11 Pages: 4564-4570

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    • Organizer
      CBI/JSBi 2011 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県)
    • Related Report
      2011 Research-status Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.tokushima-u.ac.jp/ph/faculty/labo/ana

    • Related Report
      2013 Final Research Report

URL: 

Published: 2011-08-05   Modified: 2019-07-29  

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