Development of hyper signal amplification method by fluorogenic reaction of oligonucleotides

• Project/Area Number: 23750178
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Chemistry related to living body
• Research Institution: Hokkaido University
• Principal Investigator: SATO Kousuke 北海道大学, 大学院・薬学研究院, 助教 (70415686)
• Project Period (FY): 2011 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2012)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2012: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000); Fiscal Year 2011: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
• Keywords: 核酸 / 蛋白質 / 糖化学 / 生物有機化学 / 核酸関連化学

Research Abstract

We synthesized a nucleoside phosphoramidite containing aaminothiophenol structure for cross-link with 5-formyl-2 ' -deoxyuridine.Oligodeoxyribonucleotide (ODN) were also synthesized by DNA synthesizer, and deprotectedand purified. The reaction between ODN containing aminothiophenol and 5-formy-2 ' -deoxyuridine was investigated on the complementary template ODN. We also designed thesequence of ODNs by computational modeling.

Research Products

• [Journal Article] Tris(azidoethyl)amine Hydrochloride; a Versatile Reagent for Synthesis of Functionalized Dumbbell Oligodeoxynucleotides (2013)
  • Author(s): Satoshi Ichikawa
  • Journal Title: Org. Lett. Volume: 15 Issue: 3 Pages: 694-697
  • DOI: 10.1021/ol400001w
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structure of the DNA (6-4) photoproduct dTT(6-4)TT in complex with the 64M-2 antibody Fab fragment implies increased antibody-binding affinity by the flanking nucleotides (2012)
  • Author(s): Hideshi Yokoyama
  • Journal Title: Acta Crystallogr.D.Biol.Crystallogr. Volume: 68 Issue: 3 Pages: 232-238
  • DOI: 10.1107/s0907444912000327
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Highly Fluorescent 5-(5,6-Dimethoxybenzothiazol-2-yl)-2'-Deoxyuridine 5'-Triphosphate as an Efficient Substrate for DNA Polymerases (2011)
  • Author(s): Sato, K.
  • Journal Title: ChemBioChem Volume: 12 Issue: 15 Pages: 2341-2346
  • DOI: 10.1002/cbic.201100452
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Fluorescence properties of 5-(5,6-dimethoxybenzothiazol-2-yl)-2'-deoxyuridine (btdU) and oligodeoxyribonucleotides containing btdU (2011)
  • Author(s): Hirose, W
  • Journal Title: Eur.J.Org.Chem. Volume: 2011 Issue: 31 Pages: 6206-6217
  • DOI: 10.1002/ejoc.201100818
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Highly efficient enzymatic synthesis of 3'deoxyapionucleic acid(apioNA) having the four natural nucleobases (2011)
  • Author(s): Kataoka, M.
  • Journal Title: Chem.Commun. Volume: 47 Issue: 30 Pages: 8700-8702
  • DOI: 10.1039/c1cc12980e
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 5-(5,6-dimethoxybenzothiazol-2-yl)-2'-deoxyuridineを用いた蛍光ラベル化DNAの酵素合成 (2013)
  • Author(s): 佐藤浩輔、佐々木彩乃、松田彰
  • Organizer: 日本薬学会第133年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県)
• [Presentation] ナフチリジンリボヌクレオチド5'-トリリン酸体の合成とT7RNAポリメラーゼによる取り込み反応の検討 (2013)
  • Author(s): 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • Organizer: 日本薬学会第133年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県)
• [Presentation] ナフチリジンリボヌクレオチド5'-トリリン酸体の合成とT7RNAポリメラーゼによる取り込み反応の検討 (2013)
  • Author(s): 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • Organizer: 日本薬学会第133年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県）
• [Presentation] 5-(5,6-dimethoxybenzothiazol-2-yl)-2'-deoxyuridine を用いた蛍光ラベル化DNAの酵素合成 (2013)
  • Author(s): 佐藤浩輔、佐々木彩乃、松田彰
  • Organizer: 日本薬学会第133年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県）
• [Presentation] T7 RNA polymerase による基質トリリン酸体認識機構の解明 (2012)
  • Author(s): 柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • Organizer: 日本薬学会第132年会
  • Place of Presentation: 北海道大学(札幌市)
  • Year and Date: 2012-03-31
• [Presentation] 4本の水素結合を有するナフチリジン-イミダゾピリドピリミジン塩基対を用いた転写反応 (2012)
  • Author(s): 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • Organizer: 日本薬学会第132年会
  • Place of Presentation: 北海道大学(札幌市)
  • Year and Date: 2012-03-29
• [Presentation] 修飾ヌクレオシドの新規機能性分子への展開 (2012)
  • Author(s): 佐藤浩輔
  • Organizer: 日本薬学会北海道支部例会第139例会
  • Place of Presentation: 北海道大学学術交流会館(札幌))
• [Presentation] ナフチリジン-イミダゾピリドピリミジン塩基対を用いた選択的転写反応の検討 (2012)
  • Author(s): 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • Organizer: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム2012
  • Place of Presentation: 仙台市民会館(宮城県)
• [Presentation] Selective detection method for5-formyl-2〓-deoxyuridine in DNA using a fluorogenic reagent XX International Roundtable on Nucleosides (2012)
  • Author(s): 佐藤浩輔、広瀬亘、松田彰
  • Organizer: Nucleotides and Nucleic Acids
  • Place of Presentation: McGill University(カナダ)
• [Presentation] DNA 酸化損傷の選択的検出法の開発 (2012)
  • Author(s): 佐藤浩輔
  • Organizer: 日本薬学会北海道支部例会第138例会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道)
• [Presentation] DNA 酸化損傷の選択的検出法の開発 (2012)
  • Author(s): 佐藤浩輔
  • Organizer: 日本薬学会北海道支部例会第138例会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道）
  • Invited
• [Presentation] Selective detection method for 5-formyl-2’-deoxyuridine in DNA using a fluorogenic reagent (2012)
  • Author(s): 佐藤浩輔、広瀬亘、松田彰
  • Organizer: XX International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids
  • Place of Presentation: McGill University（カナダ）
• [Presentation] ナフチリジン-イミダゾピリドピリミジン塩基対を用いた選択的転写反応の検討 (2012)
  • Author(s): 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • Organizer: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム2012
  • Place of Presentation: 仙台市民会館（宮城県）
• [Presentation] 修飾ヌクレオシドの新規機能性分子への展開 (2012)
  • Author(s): 佐藤浩輔
  • Organizer: 日本薬学会北海道支部例会第139例会
  • Place of Presentation: 北海道大学学術交流会館（札幌）
  • Invited
• [Presentation] T7 RNA polymeraseによる基質トリリン酸体認識機構の解明 (2012)
  • Author(s): 柏木 怜、佐藤 浩輔、松田 彰
  • Organizer: 日本薬学会第132年会
  • Place of Presentation: 北海道大学（札幌市）
• [Presentation] 4本の水素結合を有するナフチリジン-イミダゾピリドピリミジン塩基対を用いた転写反応 (2012)
  • Author(s): 野村 勇作、柏木 怜、佐藤 浩輔、松田 彰
  • Organizer: 日本薬学会第132年会
  • Place of Presentation: 北海道大学（札幌市）
• [Presentation] Development of Selective Detection Method for 5-Formyl-2'-deoxyuridine in DNA using a Fluorogenic Reagent (2011)
  • Author(s): Sato, K.; Hirose, W.; Matsuda, A
  • Organizer: ICCEOCA-6/NICCEOCA-2
  • Place of Presentation: The Chinese University of Hong Kong(香港)
  • Year and Date: 2011-12-12
• [Presentation] Synthesis of 1,8-naphthyridine C-ribonucleotides and their incorporation into RNA by T7 RNA polymerase (2011)
  • Author(s): Nomura, Y.; Kashiwagi, S.; Sato, K.; Matsuda, A
  • Organizer: The 38th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2011
  • Place of Presentation: 北海道大学(札幌市)
  • Year and Date: 2011-11-09
• [Presentation] Groove recognition of T7 RNA polymerase using base-modified triphosphate analogs (2011)
  • Author(s): Kashiwagi, S.; Sato, K.; Matsuda, A
  • Organizer: The 38th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2011
  • Place of Presentation: 北海道大学(札幌市)
  • Year and Date: 2011-11-09
• [Presentation] 糖部修飾型核酸 3'-deoxyapionucleicacid (apioNA) の性質と酵素合成 (2011)
  • Author(s): 幸田康生、片岡真由美、佐藤浩輔、松田彰
  • Organizer: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム 2011
  • Place of Presentation: 大阪大学(吹田市)
  • Year and Date: 2011-09-01
• [Presentation] 1,8-ナフチリジンC-リボヌクレオチドの合成とT7RNAポリメラーゼによる転写反応 (2011)
  • Author(s): 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • Organizer: 日本薬学会北海道支部例会第136例会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道)
  • Year and Date: 2011-05-21
• [Presentation] 1,8-ナフチリジン C-リボヌクレオチドの合成と T7 RNA ポリメラーゼによる転写反応 (2011)
  • Author(s): 野村 勇作、柏木 怜、佐藤 浩輔、松田 彰
  • Organizer: 日本薬学会北海道支部例会第136例会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道）
• [Presentation] 糖部修飾型核酸 3´-deoxyapionucleic acid (apioNA) の性質と酵素合成 (2011)
  • Author(s): 幸田 康生、片岡 真由美、佐藤 浩輔、松田 彰
  • Organizer: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム 2011
  • Place of Presentation: 大阪大学（吹田市）
• [Presentation] Groove recognition of T7 RNA polymerase using base-modified triphosphate analogs (2011)
  • Author(s): Kashiwagi, S.; Sato, K.; Matsuda, A.
  • Organizer: The 38th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2011
  • Place of Presentation: 北海道大学（札幌市）
• [Presentation] Synthesis of 1,8-naphthyridine C-ribonucleotides and their incorporation into RNA by T7 RNA polymerase (2011)
  • Author(s): Nomura, Y.; Kashiwagi, S.; Sato, K.; Matsuda, A.
  • Organizer: The 38th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2011
  • Place of Presentation: 北海道大学（札幌市）
• [Presentation] Development of Selective Detection Method for 5-Formyl-2´-deoxyuridine in DNA using a Fluorogenic Reagent (2011)
  • Author(s): Sato, K.; Hirose, W.; Matsuda, A.
  • Organizer: ICCEOCA-6/NICCEOCA-2
  • Place of Presentation: The Chinese University of Hong Kong（香港）
• [Remarks]
  • URL: http://www.pharm.hokudai.ac.jp/yakka/Matsuda_Lab/Matsuda_Lab_Home.html