An analysis of the relationships between the immigrant aerial resources of bryophytes and the genetic structure of the extant Japanese bryoflora based on molecular markers

• Project/Area Number: 23770089
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Biodiversity/Systematics
• Research Institution: Hiroshima University
• Principal Investigator: TSUBOTA Hiromi 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (10332800)
• Project Period (FY): 2011-04-28 – 2015-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2014)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2014: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2013: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2012: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2011: ¥2,730,000 (Direct Cost: ¥2,100,000、Indirect Cost: ¥630,000)
• Keywords: コケ植物 / 散布 / 分布 / DNAバーコーディング / ハプロタイプ / 藻類 / シダ植物 / 地理的変異 / 葉緑体ゲノム / 緑藻類 / 葉緑体 / 蘚類 / 日本列島

Outline of Final Research Achievements

To reveal the establishment and colonisation processes of the bryoflora of the Japanese Archipelago, haplotype variation in the chloroplast genome was studied. Identification of immigrant propagule samples from aerial sources was also attempted based on DNA barcoding. Some key new genetic markers for the chloroplast genome were identified and obtained. Analysis of the results revealed: a greater diversity of potential immigrant taxa than are represented in the established bryoflora; in addition to bryophytes, some ferns and green algal taxa were detected using DNA barcoding. Pseudotaxiphyllum pohliaecarpum, one of the dominant bryophyte species in aerial samples, showed four distinct chloroplast haplotypes in Japanese samples, most likely representing separate historical colonisation events. To effectively monitor the aerobiota and potential advent of additional taxa in the Japanese bryoflora there is an urgent need to enrich and expand the DNA barcoding library for bryophytes.

Research Products

• [Journal Article] 標本同定のツールとしてのDNAバーコーディング－植物標本の例－ (2015)
  • Author(s): 坪田博美・井上侑哉・中原-坪田美保・内田慎治・向井誠二
  • Journal Title: 広島大学総合博物館研究報告 Volume: 6 Pages: 41-49
  • NAID: 40020417810
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 考古資料に対するDNAバーコーディングの可能性 (2015)
  • Author(s): 坪田博美・井上侑哉・中原-坪田美保
  • Journal Title: 厳島研究 Volume: 11 Pages: 13-23
  • NAID: 120007033498
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 宮島の自然－その現状と課題－ (2014)
  • Author(s): 坪田博美
  • Journal Title: 厳島研究 Volume: 10 Pages: 1-18
  • NAID: 120007033497
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Notes on Clastobryella tenella and Gammiella ceylonensis (Sematophyllaceae, Bryopsida) in Japan (2014)
  • Author(s): Suzuki, T., Inoue, Y. & Tsubota, H.
  • Journal Title: Hattoria Volume: 5 Pages: 101-113
  • NAID: 130005436880
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] On the systematic position of the genus Timmiella (Dicranidae, Bryopsida) and its allied genera, with the description of a new family Timmiellaceae (2014)
  • Author(s): Inoue, Y. & Tsubota, H.
  • Journal Title: Phytotaxa Volume: 181 Issue: 3 Pages: 151-162
  • DOI: 10.11646/phytotaxa.181.3.3
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 標本同定のツールとしてのDNAバーコーディングと分子系統解析－広島県宮島で採集された標本の例－ (2014)
  • Author(s): 坪田博美・井上侑哉・中原-坪田美保・島本俊樹・松田伊代・内田慎治・向井誠二
  • Journal Title: Hikobia Volume: 16 Pages: 475-490
  • NAID: 40020313396
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 広島の帰化植物5．ヒメムラサキハナナ (2014)
  • Author(s): 坪田博美・中原-坪田美保・井上侑哉・内田慎治・向井誠二
  • Journal Title: Hikobia Volume: 16 Pages: 491-497
  • NAID: 40020313411
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Karyotype analysis of Japanese Burmannia (Burmanniaceae) (2014)
  • Author(s): Aoyama, M. & Tsubota, H.
  • Journal Title: Acta Phytotax. Geobot. Volume: 65 Pages: 37-42
  • NAID: 110009816922
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] コモチネジレゴケが長野県で見つかる (2013)
  • Author(s): 井上侑哉・立石幸敏・坪田博美
  • Journal Title: 蘚苔類研究 Volume: 10 Pages: 420-420
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Notes on rhizoidal tubers in Tortula truncata (Pottiaceae, Bryophyta) from Japan (2013)
  • Author(s): Inoue, Y., Uchida, S. & Tsubota, H.
  • Journal Title: Hikobia Volume: 16 Pages: 299-302
  • NAID: 40019933471
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Taxonomic studies of the Trichocoleaceae in Southeast Asia. III. The genus Trichocolea Dumort. (2013)
  • Author(s): Katagiri, T., Sadamitsu, A., Miyauchi, H., Tsubota, H. & Deguchi, H.
  • Journal Title: Hattoria Volume: 4 Pages: 1-42
  • NAID: 130005436812
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Notes on Aptychella (Sematophyllaceae, Bryopsida): Yakushimabryum longissimum, syn. nov. (2013)
  • Author(s): Suzuki, T., Inoue, Y., Tsubota, H. & Iwatsuki, Z.
  • Journal Title: Hattoria Volume: 4 Pages: 107-118
  • NAID: 130005436835
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 広島の帰化植物4. イヌカキネガラシおよびその近縁種 (2013)
  • Author(s): 坪田博美・久保晴盛・大野彰洋・井上侑哉・中原-坪田美保・武内一恵・松井健一・内田慎治・向井誠二
  • Journal Title: Hikobia Volume: 16 Pages: 321-334
  • NAID: 40019933529
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Geographical origin of Leucobryum boninense Sull. & Lesq. (Leucobryaceae, Musci) endemic to the Bonin Islands, Japan (2013)
  • Author(s): Oguri, E., Yamaguchi, T., Tsubota, H., Deguchi, H. & Murakami, N.
  • Journal Title: Ecol. Evol Volume: 3(4) Issue: 4 Pages: 753-762
  • DOI: 10.1002/ece3.492
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Phylogenetic note on Pachyneuropsis miyagii T.Yamag. (Pottiaceae, Bryophyta) (2012)
  • Author(s): Inoue, Y., Tsubota, H., Sato, H. & Yamaguchi, T.
  • Journal Title: Hikobia Volume: 16 Pages: 221-228
  • NAID: 40019546962
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Trichocolea japonica（新称: イボイボムクムクゴケ）の新産地 (2012)
  • Author(s): 井上侑哉・立石幸敏・片桐知之・坪田博美
  • Journal Title: 蘚苔類研究 Volume: 10 Pages: 291-292
  • NAID: 110009657541
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genetic differentiation between Dendroceros japonicus and D. tubercularis (2012)
  • Author(s): Oguri, E., Yamaguchi, T., Tsubota, H., Deguchi, H. & Murakami, N.
  • Journal Title: Hikobia Volume: 16 Pages: 215-220
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 広島の帰化植物3. トゲヂシャとマルバトゲヂシャ (2012)
  • Author(s): 坪田博美・久保晴盛・武内一恵・中原-坪田美保・井上侑哉・内田慎治・向井誠二
  • Journal Title: Hikobia Volume: 16 Pages: 197-202
  • NAID: 40019546907
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ニセツリガネゴケが広島県で見つかる (2012)
  • Author(s): 久保晴盛・井上侑哉・長谷信二・坪田博美
  • Journal Title: 蘚苔類研究 Volume: 10 Pages: 228-229
  • NAID: 110009657515
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A note on Pottia intermedia (Turner) Furnr. (Pottiaceae, Bryopsida) with special reference to its phylogeny and new localities in SW Japan. (2011)
  • Author(s): Inoue, Y., Tsubota, H., Kubo, H., Uchida, S., Mukai, S., Shimamura, M. & Deguchi, H.
  • Journal Title: Hikobia Volume: 16 Pages: 67-78
  • NAID: 40019142285
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The phylogenetic position of Vandiemenia ratkowskiana (Metzgeriales, Marchantiophyta) (2011)
  • Author(s): Masuzaki, H., Furuki, T., Dalton, P. J., Tsubota, H., Seppelt, R. D. & Deguchi, H.
  • Journal Title: Hikobia Volume: 16 Pages: 51-57
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 日本産閉鎖果蘚類コゴケ属ツボゴケ亜属（センボンゴケ科，蘚類）の分子系統解析と胞子嚢の形態比較 (2015)
  • Author(s): 井上侑哉・坪田博美
  • Organizer: 日本植物分類学会第14回大会
  • Place of Presentation: 福島大学
  • Year and Date: 2015-03-05 – 2015-03-09
• [Presentation] 大気中から捕捉された隠花植物とくにコケ植物 (2014)
  • Author(s): 坪田博美・島本俊樹・久保晴盛・半田信司・井上侑哉・中原-坪田美保・正田いずみ・内田慎治・向井誠二
  • Organizer: 日本植物学会第78回大会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2014-09-11 – 2014-09-14
• [Presentation] ウツクシツヤシメリゴケSchofieldiella micansの新産地と分子系統解析結果 (2014)
  • Author(s): 金元熙・出口博則・山口富美夫・坪田博美
  • Organizer: 日本蘚苔類学会第43回大会
  • Place of Presentation: 奥入瀬渓流ホテル，青森県十和田市
  • Year and Date: 2014-08-26 – 2014-08-28
• [Presentation] イボスジネジクチゴケ（センボンゴケ科，蘚類）の系統・分類学的研究 (2014)
  • Author(s): 井上侑哉・久保晴盛・坪田博美
  • Organizer: 日本蘚苔類学会第43回大会
  • Place of Presentation: 奥入瀬渓流ホテル，青森県十和田市
  • Year and Date: 2014-08-26 – 2014-08-28
• [Presentation] 閉鎖果蘚類の系統的位置について (2014)
  • Author(s): 井上侑哉・佐藤裕幸・坪田博美
  • Organizer: 日本進化学会第16回大会
  • Place of Presentation: 高槻現代劇場，大阪府高槻市
  • Year and Date: 2014-08-21 – 2014-08-24
• [Presentation] 大気中から捕捉されたコケ植物 (2014)
  • Author(s): 島本俊樹・坪田博美
  • Organizer: 中国四国植物学会
  • Place of Presentation: 岡山理科大学
  • Year and Date: 2014-05-10 – 2014-05-11
• [Presentation] 葉の組織内に生育する藻類 Cephaleuros minimus（スミレモ科，アオサ藻綱）の分子系統学的研究 (2014)
  • Author(s): 正田いずみ・半田信司・中原-坪田美保・溝渕綾・坪田博美
  • Organizer: 中国四国植物学会
  • Place of Presentation: 岡山理科大学
  • Year and Date: 2014-05-10 – 2014-05-11
• [Presentation] 広島城のタンポポ属植物の経年変化と識別 (2014)
  • Author(s): 大野彰洋・根平邦人・坪田博美
  • Organizer: 中国四国植物学会
  • Place of Presentation: 岡山理科大学
  • Year and Date: 2014-05-10 – 2014-05-11
• [Presentation] 瀬戸内海島嶼部で見つかったイボスジネジクチゴケ（センボンゴケ科，セン類）について (2014)
  • Author(s): 井上侑哉・久保晴盛・坪田博美
  • Organizer: 中国四国植物学会第71回大会
  • Place of Presentation: 岡山理科大学
  • Year and Date: 2014-05-10 – 2014-05-11
• [Presentation] シラカバの樹皮を赤く染めるシラカバスミレモ（スミレモ科，アオサ藻綱）の分類・系統学的研究 (2014)
  • Author(s): 半田信司・正田いずみ・溝渕綾・久米篤・小椋崇広・中原-坪田美保・坪田博美
  • Organizer: 日本藻類学会第38回大会
  • Place of Presentation: 船橋
• [Presentation] セン類センボンウリゴケ属の系統・分類学的位置づけ (2014)
  • Author(s): 井上侑哉・坪田博美
  • Organizer: 日本植物分類学会第13回大会
  • Place of Presentation: 熊本
• [Presentation] 日本産ミズゴケ類の潜在分布域の推定 (2014)
  • Author(s): 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本生態学会第61回大会
  • Place of Presentation: 広島
• [Presentation] 広島県宮島で見つかったフラスコモダマシ (車軸藻綱，シャジクモ目) の形態と系統 (2014)
  • Author(s): 溝渕綾・坪田博美・加藤将・坂山英俊・関 太郎・向井誠二・半田信司
  • Organizer: 日本藻類学会第38回大会
  • Place of Presentation: 船橋
• [Presentation] 大気中から捕捉された隠花植物とくにコケ植物について (2014)
  • Author(s): 島本俊樹・正田いずみ・久保晴盛・井上侑哉・半田信司・中原-坪田美保・内田慎治・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本生態学会第61回大会
  • Place of Presentation: 広島
• [Presentation] ツバキの葉裏にできる伏毛の脱落痕にひそむCephaleuros minimus (スミレモ科，アオサ藻綱) (2014)
  • Author(s): 正田いずみ・溝渕綾・半田信司・周藤靖雄・坪田博美
  • Organizer: 日本藻類学会第38回大会
  • Place of Presentation: 船橋
• [Presentation] 欧米および日本産Myrmecia (緑藻類，トレボウクシア藻綱) の分類学的検討 (2014)
  • Author(s): 時澤味佳・坪田博美・半田信司・竹下俊治
  • Organizer: 日本藻類学会第38回大会
  • Place of Presentation: 船橋
• [Presentation] 気生藻類のミノスミレモ（アオサ藻綱）に寄生するスミレモ類"マイフィー"の生活史と微細構造 (2013)
  • Author(s): 半田信司・正田いずみ・坪田博美・中原‐坪田美保
  • Organizer: 日本植物学会第77回大会
  • Place of Presentation: 札幌
• [Presentation] 広島県で再発見されたハナシセンボンゴケTortula truncata (Hedw.) Mitt.について (2013)
  • Author(s): 井上侑哉・内田慎治・坪田博美
  • Organizer: 日本蘚苔類学会第42回大会
  • Place of Presentation: 岡山
• [Presentation] 三面分布図とGISを活用したコケ植物における分布要因の推定（予報）－ミズゴケ類の事例 (2013)
  • Author(s): 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本生態学会中国四国地区会第57回大会
  • Place of Presentation: 徳島
• [Presentation] GIS（地理情報システム）を用いた日本産ミズゴケ類の分布特性の解析 (2013)
  • Author(s): 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本蘚苔類学会第42回大会
  • Place of Presentation: 岡山
• [Presentation] スミレモ科藻類の隔壁構造に関する分子系統学的および形態学的研究 (2013)
  • Author(s): 正田いずみ・半田信司・中原-坪田美保・溝渕綾・坪田博美
  • Organizer: 中国四国植物学会第70回大会
  • Place of Presentation: 徳島
• [Presentation] 大気中から捕捉されたコケ植物 (2013)
  • Author(s): 坪田博美・島本俊樹・久保晴盛・半田信司・井上侑哉・中原-坪田美保・内田慎治・向井誠二
  • Organizer: 日本植物学会第77回大会
  • Place of Presentation: 札幌
• [Presentation] DNAマーカーで見たセン類アカイチイゴケの地理的変異 (2013)
  • Author(s): 坪田博美・久保晴盛・井上侑哉・内田慎治・向井誠二
  • Organizer: 日本蘚苔類学会第42回大会
  • Place of Presentation: 岡山
• [Presentation] DNAマーカーを利用した生物の識別の教材化（予報）－タンポポ類を例に－ (2013)
  • Author(s): 坪田博美・正田いずみ・久保晴盛・今井丈暁・鉄川公庸・山本草平・大野彰洋・柳沢温郷・新宮 興・田口智之・笠原佳菜・井上桂那子・岸田宜治
  • Organizer: 日本生物教育学会第94回全国大会
  • Place of Presentation: 東広島市
• [Presentation] Pachyneuropsis miyagii（Pottiaceae）の系統的位置 (2012)
  • Author(s): 井上侑哉・坪田博美・山口富美夫
  • Organizer: 日本蘚苔類学会第41回北海道大会
  • Place of Presentation: 北海道斜里郡斜里町
• [Presentation] 広島県宮島のTuyamaella molischii (Schiffner) S.Hatt.モーリッシュシゲリゴケについて (2012)
  • Author(s): 内田慎治・井上侑哉・坪田博美
  • Organizer: 日本蘚苔類学会第41回北海道大会
  • Place of Presentation: 北海道斜里郡斜里町
• [Presentation] 広島県宮島の蘚苔類フロラ (2012)
  • Author(s): 井上侑哉・内田慎治・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 中国四国植物学会第69回大会
  • Place of Presentation: 松江市
• [Presentation] A preliminary study on dispersal and genetic variability within and among populations in the moss Pseudotaxiphyllum pohliaecarpum (2012)
  • Author(s): Kubo, H., Mukai, S. & Tsubota, H.
  • Organizer: Joint Meeting of the 59th Annual Meeting of ESJ and the 5th EAFES International Congress
  • Place of Presentation: 大津
• [Presentation] 蘚類センボンウリゴケTimmiella anomalaの日本国内での分布と分子系統学的研究 (2012)
  • Author(s): 井上侑哉・内田慎治・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本植物分類学会, 第11回大会
  • Place of Presentation: 吹田
• [Presentation] 蘚類アカイチイゴケPseudotaxiphyllum pohliaecarpum種内の多様性解析を目的としたDNAマーカー探索 (2012)
  • Author(s): 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本植物分類学会, 第11回大会
  • Place of Presentation: 吹田
• [Presentation] 葉緑体遺伝子大規模データセットに基づくセン類の分子系統解析 (2012)
  • Author(s): 定光 淳・坪田博美*・嶋村正樹・榊原恵子・山口登美夫・出口博則
  • Organizer: 日本植物分類学会, 第11回大会
  • Place of Presentation: 吹田
• [Presentation] Bryophytes captured from the atmosphere. (2011)
  • Author(s): Kubo, H., Handa, S., Nakahara-Tsubota, M., Mukai, S. & Tsubota, H.
  • Organizer: XVIII International Botanical Congress (IBC2011)
  • Place of Presentation: オーストラリア・メルボルン
• [Presentation] Molecular phylogenetics and ordinal relationships of bryophytes as inferred from a large-scale dataset of chloroplast rbcL sequences of bryophytes (2011)
  • Author(s): Tsubota, H., De Luna, E., Kubo, H., Masuzaki, H., Oguri, E., Mohamed, H., Suleiman, M., Dalton, P. J., Seppelt, R. D., Yong, K. T., Itouga, M., Shimamura, M., Estebanez, B. & Deguchi, H.
  • Organizer: XVIII International Botanical Congress (IBC2011)
  • Place of Presentation: オーストラリア・メルボルン
• [Presentation] 広島県新産のセンボンウリゴケTimmiella anomala (Bruch & Schimp.) Limpr.について (2011)
  • Author(s): 井上侑哉・久保晴盛・内田慎治・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本蘚苔類学会, 第40回大会
  • Place of Presentation: 奈良
• [Presentation] 愛媛県で見つかったセンボンゴケPottia intermedia (Turner) Fürnr.について (2011)
  • Author(s): 井上侑哉・坪田博美
  • Organizer: 日本植物学会中国四国支部, 第68回大会
  • Place of Presentation: 高松
• [Presentation] コケ植物の散布様式と潜在的な遺伝的多様性について－蘚類アカイチイゴケPseudotaxiphyllum pohliicarpum (Sull. & Lesq.) Z.Iwats.の例－ (2011)
  • Author(s): 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本生態学会中国四国地区会, 第55回大会
  • Place of Presentation: 高松
• [Presentation] 蘚類アカイチイゴケにおける遺伝的多様性の解析および地域間の比較 (2011)
  • Author(s): 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本植物学会, 第75回大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 蘚類アカイチイゴケにおける無性芽の形態変異と多型 (2011)
  • Author(s): 久保晴盛・向井誠二・坪田博美
  • Organizer: 日本蘚苔類学会, 第40回大会
  • Place of Presentation: 奈良
• [Presentation] 葉緑体rbcLの大データセットにもとづくコケ植物の系統関係 (2011)
  • Author(s): 坪田博美
  • Organizer: 日本蘚苔類学会, 第40回大会
  • Place of Presentation: 奈良
• [Presentation] 72年ぶりに日本で再発見された苔類Cololejeunea drepanolejeuneoides (Horik.) R.M.Schust.サンカクヨウジョウゴケ（Lejeuneaceae） (2011)
  • Author(s): 内田慎治・坪田博美・山口登美夫
  • Organizer: 日本蘚苔類学会, 第40回大会
  • Place of Presentation: 奈良
• [Presentation] 地衣類に共生するスミレモ類の多様性 ～Trentepohlioidですませていていいの？～
  • Author(s): 半田信司・坪田博美・Andreas Frisch・大村嘉人・中原-坪田美保・溝渕綾・正田いずみ
  • Organizer: 地衣類研究会第42回大会
  • Place of Presentation: 広島
• [Book] 新しい植物分類学II（コケ植物の分子系統） (2012)
  • Author(s): 日本植物分類学会（監修）, 戸部博・田村実（編著）・分担執筆 坪田博美
  • Publisher: 講談社
• [Book] 新・分子系統解析法. 日本蘚苔類学会創立40周年記念出版委員会（編）, 改訂新版・コケ類研究の手引き (2011)
  • Author(s): 坪田博美・有川智己
  • Publisher: 日本蘚苔類学会
• [Remarks] 広島大学デジタル自然史博物館
  • URL: http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/
• [Remarks] 広島大学デジタル自然史博物館
  • URL: http://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/
• [Remarks] 広島大学デジタル自然史博物館
  • URL: https://www.digital-museum.hiroshima-u.ac.jp/~museum/