Analysis of the development of permuted or disrupted tRNA genes.

• Project/Area Number: 23770211
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Molecular biology
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: SOMA Akiko 千葉大学, 大学院・園芸学研究科, 助教 (70350329)
• Project Period (FY): 2011 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2012)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2012: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000); Fiscal Year 2011: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
• Keywords: tRNA / non-coding RNA / RNA プロセシング / イントロン / 始原紅藻 / RNAプロセシング / 単細胞微生物

Research Abstract

Our analysis of the nuclear genome of Cyanidioschyzon merolae10D demonstrated the first evidence of permuted and ectopic intronic tRNA genes. These highly-disrupted tRNA genes were shown to be expressed via the sequential processing based on the stability of specific RNA motif found at the processing sites. Results revealed a greater diversity in eukaryal tRNA genes properties and the processing mechanism.

Research Products

• [Journal Article] 非典型的tRNAスプライシング (2013)
  • Author(s): 相馬亜希子
  • Journal Title: 生化学 Volume: (印刷中)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of highly-disrupted tRNAs in an early-diverged eukaryote (2013)
  • Author(s): Akiko Soma, Junichi Sugahara, Akinori Onodera, Nozomu Yachie, Akio Kanai, Satoru Watanabe, Hirofumi Yoshikawa, Mio Ohnuma, Haruko Kuroiwa, Tsuneyoshi Kuroiwa, and Yasuhiko Sekine
  • Journal Title: Cyanidioschyzon merolae 10D (revised)、Scientific reports
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 「非典型的tRNAスプライシング」 (2013)
  • Author(s): 相馬亜希子
  • Journal Title: 生化学 Volume: 未定
• [Presentation] 始原紅藻のtRNA遺伝子の同定と、逆転および高度断片化遺伝情報のプロセシング機構の解析 (2013)
  • Author(s): 相馬亜希子°
  • Organizer: 遺伝研研究会
  • Place of Presentation: 静岡県三島市遺伝研(口頭発表)
  • Year and Date: 2013-03-29
• [Presentation] 始原紅藻C.merolaeの逆転または高度分断化tRNA遺伝子の解析 (2013)
  • Author(s): 相馬亜希子°、菅原潤一、小野寺瑛宣、谷内江望、金井昭夫、関根靖彦
  • Organizer: 日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 滋賀県長浜市長浜バイオ大(口頭発表)
  • Year and Date: 2013-03-09
• [Presentation] 始原紅藻C. merolaeの逆転または高度分断化tRNA遺伝子の解析 (2013)
  • Author(s): 相馬亜希子
  • Organizer: 日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 長浜バイオ大学
• [Presentation] 始原紅藻のtRNA遺伝子の同定と、逆転および高度断片化遺伝情報のプロセシング機構の解析 (2013)
  • Author(s): 相馬亜希子
  • Organizer: 遺伝研研究会２０１３
  • Place of Presentation: 遺伝学研究所
  • Invited
• [Presentation] Cyanidioschyzonmerolae10DのtRNAプロセシングにおけるtRNaseZの役割 (2012)
  • Author(s): 杉田慶°、門間美帆、相馬亜希子、泉厚志、野澤彰、戸澤譲、安藤昭一、関根靖彦
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡市、福岡国際会議場(ショートトーク、ポスター発表)
  • Year and Date: 2012-12-11
• [Presentation] 始原紅藻Cyanidioschyzonmerolae10DのpermutedtRNA遺伝子の生物学的意義の解明 (2012)
  • Author(s): 小原美紗子,相馬亜希子,安藤昭一
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡市、福岡国際会議場(ショートトーク、ポスター発表)
  • Year and Date: 2012-12-11
• [Presentation] Permuted and highly-disrupted tRNA genes in a primitive eukaryote, Cyanidioschyzon merolae 10D (2012)
  • Author(s): Akiko Soma°, Junichi Sugahara, Akinori Onodera, Nozomu Yachie, Akio Kanai, Yasuhiko Sekine
  • Organizer: Cell SymposiaFunctional RNAs
  • Place of Presentation: Spain, Sitges(poster presentation)
  • Year and Date: 2012-12-03
• [Presentation] 始原紅藻C.merolae10DのtRNAプロセシングにおけるtRNaseZの役割 (2012)
  • Author(s): 杉田慶°、門間美帆、相馬亜希子、泉厚志、野澤彰、戸澤譲、安藤昭一、関根靖彦
  • Organizer: 第6回日本ゲノム微生物学会若手の会
  • Place of Presentation: 静岡県、ろうきん研修所富士センター(口頭発表)
  • Year and Date: 2012-09-27
• [Presentation] 始原紅藻Cyanidioschyzonmerolaeの逆転または高度分断化tRNA遺伝子の解析 (2012)
  • Author(s): 相馬亜希子°、菅原潤一、小野寺瑛宣、谷内江望、金井昭夫、関根靖彦
  • Organizer: 日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 仙台市、東北大(口頭発表)
  • Year and Date: 2012-07-19
• [Presentation] 原始的な植物C.merolaeの逆転または高度分断化tRNA遺伝子の解析 (2012)
  • Author(s): 相馬亜希子°、菅原潤一、小野寺瑛宣、谷内江望、金井昭夫、関根靖彦
  • Organizer: 生命の起源および進化学会夏の学校
  • Place of Presentation: 千葉県野田市、東京理科大(口頭発表)
  • Year and Date: 2012-07-15
• [Presentation] 始原紅藻C.merolaeの逆転および高度断片化tRNA遺伝子の解析 (2012)
  • Author(s): 相馬亜希子°、菅原潤一、小野寺瑛宣、谷内江望、金井昭夫、関根靖彦
  • Organizer: 東京理科大学総合研究機構公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 千葉県野田市、東京理科大(招待講演(口頭発表))
  • Year and Date: 2012-06-18
• [Presentation] 原始的な植物C. merolaeの逆転または高度分断化tRNA遺伝子の解析 (2012)
  • Author(s): 相馬亜希子
  • Organizer: 生命の起源および進化学会夏の学校
  • Place of Presentation: 東京理科大
• [Presentation] 始原紅藻Cyanidioschyzon merolaeの逆転または高度分断化tRNA遺伝子の解析 (2012)
  • Author(s): 相馬亜希子
  • Organizer: 日本RNA学会
  • Place of Presentation: 東北大学
• [Presentation] CyanidioschyzonmerolaeのtRNaseZによるinvitroプロセシングシステムの構築 (2011)
  • Author(s): 杉田慶°、相馬亜希子、安藤昭一、関根靖彦
  • Organizer: 第12回極限環境生物学会年会
  • Place of Presentation: 長崎市、長崎大(ポスター発表)
  • Year and Date: 2011-11-27
• [Presentation] C.merolaeのtRNaseZによる前駆体tRNAのinvitroプロセシングシステムの構築 (2011)
  • Author(s): 杉田慶°、相馬亜希子、安藤昭一、関根靖彦
  • Organizer: 第10回微生物研究会
  • Place of Presentation: 東京都、東京大(ポスター発表)
• [Presentation] 始原紅藻Cyanidioscyzon meroaleの逆転および分断化tRNA遺伝子の解析
  • Author(s): 相馬亜希子
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2011
  • Place of Presentation: 愛知県大府市