• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Probing the intercellular traffic mechanism of ubiquinone using synthetic molecular probes

Research Project

Project/Area Number 23780116
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Bioproduction chemistry/Bioorganic chemistry
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

MURAI Masatoshi  京都大学, 大学院・農学研究科, 助教 (80543925)

Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) MIYOSHI Hideto  京都大学, 大学院・農学研究科, 教授 (20190829)
Project Period (FY) 2011 – 2012
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2012: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2011: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywordsユビキノン / ミトコンドリア / 光親和性標識 / Click Chemistry / 複合体-I / 出芽酵母
Research Abstract

Ubiquinone (UQ) is an essential electron carrier of the mitochondrial respiratory system. However, resent studies suggest the existence of the mitochondrial proteins, which use UQ as an important cofactor. We revealed mitochondrial ubiquinone-binding protein Coq10 accommodates UQ using synthetic UQ-probes.We also carried out photoaffinity labeling studies of mitochondrial NADH-ubiquinone oxidoreductase (complex I) using photolabile complex I inhibitors. We revealed that inhibitor/quinone-binding pocket formed at the interface of the PSST, 49 kDa, and ND1 subunits. These results strongly support our idea that this region exclusively accommodates chemically diverse complex I inhibitors in a manner dependent on their structural properties

Report

(3 results)
  • 2012 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2011 Research-status Report
  • Research Products

    (43 results)

All 2013 2012 2011 Other

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 12 results) Presentation (28 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Fenpyroximate Binds to the Interface between PSST and 49 kDa Subunits in Mitochondrial NADH-Ubiquinone Oxidoreductase2012

    • Author(s)
      Shiraishi,Y., Murai, M., Sakiyama,N., Ifuku,K., and Miyoshi, H
    • Journal Title

      Fenpyroximate Binds to the Interface between PSST and 49 kDa Subunits in Mitochondrial NADH-Ubiquinone Oxidoreductase

      Volume: 51 Pages: 1953-1963

    • Related Report
      2012 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fenpyroximate Binds to the Interface between PSST and 49 kDa Subunits in Mitochondrial NADH-Ubiquinone Oxidoreductase.2012

    • Author(s)
      Shiraishi Y, Murai M, Sakiyama N, Ifuku K, Miyoshi H
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 51 Issue: 9 Pages: 1953-1963

    • DOI

      10.1021/bi300047h

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Localization of ubiquinone-8 in the Na+-pumping NADH:quinone oxidoreductase from Vibrio cholerae2011

    • Author(s)
      Casutt,M. S., Nedielkov,R., Wendelspiess, S., Vossler,S., Gerken,U., Murai, M., Miyoshi,H., Moller,H. M. andSteuber,J
    • Journal Title

      J. Biol. Chem

      Volume: 286 Pages: 40075-40082

    • Related Report
      2012 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bis-THF motif of acetogenin binds to the third matrix-side loop of ND1 subunit in mitochondrialNADH-ubiquinone oxidoreductase2011

    • Author(s)
      Nakanishi,S., Abe,M., Yamamoto,S., Murai, M. and Miyoshi, H
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta(Bioenergetics)

      Volume: 1807 Pages: 1170-1176

    • Related Report
      2012 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exploring interactions between the 49 kDa and ND1 subunits in mitochondrial NADH-ubiquinone oxidoreductase (complex I) by photoaffinity labeling2011

    • Author(s)
      Murai, M., Mashimo,Y., Hirst,J. and Miyoshi, H
    • Journal Title

      Exploring interactions between the 49 kDa and ND1 subunits in mitochondrial NADH-ubiquinone oxidoreductase (complex I) by photoaffinity labeling

      Volume: 50 Pages: 6901-6908

    • Related Report
      2012 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis and characterization of photoaffinity probe of acetogenin, a strong inhibitor of mitochondrial complex I2011

    • Author(s)
      Yamamoto,S., Abe,M., Nakanishi, S., Murai, M. and Miyoshi, H.
    • Journal Title

      Tetrahedron Lett

      Volume: 52 Pages: 3090-3093

    • Related Report
      2012 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reaction mechanism of single subunit NADH-ubiquinone oxidoreductase (Ndi1) from Saccharomyces cerevisiae: evidence for a ternary complex mechanism2011

    • Author(s)
      Yang,Y., Yamashita,T., Nakamaru-Ogiso,E., Hashimoto,T., Murai, M., Igarashi,J., Miyoshi, H., Mori,N., Matsuno-Yagi,A., Yagi,T. andKosaka,H
    • Journal Title

      J. Biol. Chem

      Volume: 286 Pages: 9287-9297

    • Related Report
      2012 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Localization of ubiquinone-8 in the Na+-pumping NADH:quinone oxidoreductase from Vibrio cholerae2011

    • Author(s)
      Casutt MS, Nedielkov R, Wendelspiess S, Vossler S, Gerken U, Murai M, Miyoshi H, Möller HM, Steuber J
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: 286 Issue: 46 Pages: 40075-40082

    • DOI

      10.1074/jbc.m111.224980

    • Related Report
      2011 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bis-THF motif of acetogenin binds to the third matrix-side loop of ND1 subunit in mitochondrial NADH-ubiquinone Oxidoreductase2011

    • Author(s)
      Nakanishi, S., Abe, M., Yamamoto, S., Murai, M., and Miyoshi, H.
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta(Bioenergetics)

      Volume: 1807 Issue: 9 Pages: 1170-1176

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2011.05.012

    • Related Report
      2011 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exploring interactions between the 49 kDa and ND1 subunits in mitochondrial NADH-ubiquinone oxidoreductase (complex I) by photoaffinity labeling2011

    • Author(s)
      Murai M, Mashimo Y, Hirst J, Miyoshi H
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 50 Issue: 32 Pages: 6901-6908

    • DOI

      10.1021/bi200883c

    • Related Report
      2011 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis and characterization of photoaffinity probe of acetogenin, a strong inhibitor of mitochondrial complex I2011

    • Author(s)
      Yamamoto, S., Abe, M., Nakanishi, S., Murai, M., and Miyoshi, H.
    • Journal Title

      Tetrahedron Lett

      Volume: 52 Issue: 24 Pages: 3090-3093

    • DOI

      10.1016/j.tetlet.2011.03.149

    • Related Report
      2011 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reaction mechanism of single subunit NADH-ubiquinone oxidoreductase (Ndi1) from Saccharomyces cerevisiae: evidence for a ternary complex mechanism2011

    • Author(s)
      Yang Y, Yamashita T, Nakamaru-Ogiso E, Hashimoto T, Murai M, Igarashi J, Miyoshi H, Mori N, Matsuno-Yagi A, Yagi T, Kosaka H
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: 286 Pages: 9287-9297

    • Related Report
      2011 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ユビキノンプローブの合成とユビキノン結合性タンパク質Coq10の解析2013

    • Author(s)
      松延広平、村井正俊、工藤佐和子、川向誠、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会 2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2013-03-26
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-I阻害剤としてのアミロライド類縁体の合成と作用機構2013

    • Author(s)
      土生沙綾子、村上園実、村井正俊、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会 2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2013-03-26
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-I に作用するキナゾリン型阻害剤の結合部位の同定2013

    • Author(s)
      浅野周、村井正俊、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会 2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2013-03-26
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iに作用する 光反応性フェンピロキシメートの結合部位の同定2013

    • Author(s)
      村井正俊、白石悠祐、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会 2013 年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2013-03-26
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] キナゾリン型阻害剤を用いたミトコンドリアNADH-ユビキノン酸化還元酵素(複合体-I)のドメイン間相互作用の解明2013

    • Author(s)
      村井正俊、真下佑子、三芳秀人
    • Organizer
      日本農薬学会 第38回大会
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2013-03-15
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] キナゾリン型阻害剤を用いたミトコンドリアNADH-ユビキノン酸化還元酵素(複合体-I)のドメイン間相互作用の解明2013

    • Author(s)
      村井正俊、真下佑子、Judy Hirst、三芳秀人
    • Organizer
      日本農薬学会第38回大会
    • Place of Presentation
      筑波大学、茨城県つくば市
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ユビキノンプローブの合成とユビキノン結合性タンパク質Coq10の解析2013

    • Author(s)
      松延広平、村井正俊、工藤佐和子、川向誠、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台市
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iに作用する光反応性フェンピロキシメートの結合部位の同定2013

    • Author(s)
      村井正俊、白石悠祐、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台市
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iに作用するキナゾリン型阻害剤の結合部位の同定2013

    • Author(s)
      浅野周、村井正俊、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台市
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-I阻害剤としてのアミロライド類縁体の合成と作用機構2013

    • Author(s)
      土生沙綾子、村上園実、村井正俊、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台市
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iの阻害剤結合部位の同定2012

    • Author(s)
      村井正俊、白石悠祐、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第38回討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2012-12-23
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] Characterization of the inhibitor-binding site in mitochondrial NADH-Ubiquinone oxidoreductase (Complex I) using fenpyroximate analogues2012

    • Author(s)
      Masatoshi Murai, Yusuke Shiraishi, Naoto Sakiyama, and Hideto Miyoshi
    • Organizer
      17th European Bioenergetics Conference (EBEC2012)
    • Place of Presentation
      Universitat Freiburg, Germany
    • Year and Date
      2012-09-17
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] ユビキノンプローブの創製と出芽酵母におけるユビキノン結合性タンパク質のスクリーニング2012

    • Author(s)
      工藤佐和子、村井正俊、矢崎一史、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会 2012年度大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学
    • Year and Date
      2012-03-25
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iの阻害剤結合部位の同定(1):フェンピロキシメートの結合部位2012

    • Author(s)
      白石悠祐、村井正俊、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      日本農薬学会 第37回大会
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2012-03-16
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iの阻害剤結合部位の同定(2):結合部位の概観2012

    • Author(s)
      村井正俊、白石悠祐、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      日本農薬学会 第37回大会
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2012-03-16
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] Characterization of the inhibitor-binding site in mitochondrial NADH-Ubiquinone oxidoreductase (Complex I) using fenpyroximate analogues2012

    • Author(s)
      Masatoshi Murai, Yusuke Shiraishi, Naoto Sakiyama and Hideto Miyoshi
    • Organizer
      17th European Bioenergetics Conference (EBEC2012)
    • Place of Presentation
      Freiburg University, Freiburg, Germany
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iの阻害剤結合部位の同定2012

    • Author(s)
      村井正俊、白石悠祐、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第38回討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学、岡山市
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iの阻害剤結合部位の同定(1):フェンピロキシメートの結合部位2012

    • Author(s)
      白石悠祐、村井正俊、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      日本農薬学会第37回大会
    • Place of Presentation
      岡山大学、岡山県岡山市
    • Related Report
      2011 Research-status Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iの阻害剤結合部位の同定(2):結合部位の概観2012

    • Author(s)
      村井正俊、白石悠祐、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      日本農薬学会第37回大会
    • Place of Presentation
      岡山大学、岡山県岡山市
    • Related Report
      2011 Research-status Report
  • [Presentation] ユビキノンプローブの創製と出芽酵母におけるユビキノン結合性タンパク質のスクリーニング2012

    • Author(s)
      工藤佐和子、村井正俊、矢崎一史、三芳秀人
    • Organizer
      日本農芸化学会2012年度大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学、京都市
    • Related Report
      2011 Research-status Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iに作用する光反応性フェンピロキシメートの結合部位の同定2011

    • Author(s)
      白石悠祐、村井正俊、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第37回討論会
    • Place of Presentation
      京都産業大学
    • Year and Date
      2011-12-21
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] キナゾリン型阻害剤を用いたミトコンドリアNADH-ユビキノン酸化還元酵素(複合体-I)のドメイン間相互作用の解明2011

    • Author(s)
      村井正俊、真下佑子、三芳秀人
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第37回討論会
    • Place of Presentation
      京都産業大学
    • Year and Date
      2011-12-21
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] 光親和性標識法によるミトコンドリア複合体-I のドメイン間相互作用の解明2011

    • Author(s)
      村井正俊、真下祐子、三芳秀人
    • Organizer
      農薬デザイン研究会
    • Place of Presentation
      農薬デザイン研究会
    • Year and Date
      2011-11-10
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] 機能性ユビキノンプローブの合成と結合タンパク質の同定2011

    • Author(s)
      土生沙綾子、村井正俊、横山実、三芳秀人
    • Organizer
      2011年度日本農芸化学会関西・中部支部合同大会
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2011-10-02
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] 機能性ユビキノンプローブの合成と結合タンパク質の同定2011

    • Author(s)
      土生沙綾子、村井正俊、横山実、三芳秀人
    • Organizer
      2011年度日本農芸化学会関西中部支部合同大会
    • Place of Presentation
      京都大学、京都市
    • Related Report
      2011 Research-status Report
  • [Presentation] 光親和性標識法によるミトコンドリア複合体-Iのドメイン間相互作用の解明2011

    • Author(s)
      村井正俊、真下祐子、Judy Hirst、三芳秀人
    • Organizer
      第26回農薬デザイン研究会
    • Place of Presentation
      メルパルク京都、京都市
    • Related Report
      2011 Research-status Report
  • [Presentation] キナゾリン型阻害剤を用いたミトコンドリアNADH-ユビキノン酸化還元酵素(複合体-I)のドメイン間相互作用の解明2011

    • Author(s)
      村井正俊、真下祐子、Judy Hirst、三芳秀人
    • Organizer
      第37回日本生体エネルギー研究会
    • Place of Presentation
      京都産業大学、京都市
    • Related Report
      2011 Research-status Report
  • [Presentation] ミトコンドリア複合体-Iに作用する光反応性フェンピロキシメートの結合部位の同定2011

    • Author(s)
      白石悠祐、村井正俊、崎山直人、三芳秀人
    • Organizer
      第37回日本生体エネルギー研究会
    • Place of Presentation
      京都産業大学、京都市
    • Related Report
      2011 Research-status Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.biofunc-chem.kais.kyoto-u.ac.jp/

    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Remarks] 所属研究室のホームページ

    • URL

      http://www.biofunc-chem.kais.kyoto-u.ac.jp/

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Remarks] 研究室ホームページにて研究の概要と主な研究成果を公開している

    • URL

      http://www.biofunc-chem.kais.kyoto-u.ac.jp/

    • Related Report
      2011 Research-status Report

URL: 

Published: 2011-08-05   Modified: 2019-07-29  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi