Analysis of adipocyte-specific transcriptional gene regulation by using next generation sequencer

• Project/Area Number: 23791020
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Metabolomics
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: WAKI Hironori 東京大学, 医学部附属病院, 特任准教授 (00466765)
• Project Period (FY): 2011 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2012)
• Budget Amount: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000); Fiscal Year 2012: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000); Fiscal Year 2011: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
• Keywords: 分化 / 遺伝子 / ゲノム / 糖尿病 / 脂肪細胞 / FAIRE / クロマチン / PPARg / 転写 / クロマチン免疫沈降 / 次世代シークエンサー / NFI

Research Abstract

We generated genome-wide maps of open chromatin, histone modifications and PPARγ binding sites in 3T3-L1 adipocytes using FAIRE-seq and ChIP-seq. The data suggest that regulatory elements located distal to target genes play a critical role in adipocyte-specific gene regulation. We also demonstrated that a combination of motif analysis and FAIRE-seq provides unbiased identification of regulators of adipocyte-specific gene expression and reported identification of the NFI transcription family as a novel regulator of adipocyte differentiation.

Research Products

• [Journal Article] The Epigenome and Its Role in Diabetes (2012)
  • Author(s): Waki H, Yamauchi T, Kadowaki T
  • Journal Title: Curr Diab Rep Volume: 7 Issue: 6 Pages: 673-685
  • DOI: 10.1007/s11892-012-0328-x
• [Journal Article] Global Mapping of Cell Type-Specific Open Chromatin by FAIRE-seq Reveals the Regulatory Role of the NFI Family in Adipocyte Differentiation (2011)
  • Author(s): Hironori Waki, Masahiro Nakamura, Toshimasa Yamauchi, Ken-ichi Wakabayashi, Jing Yu, Lisa Hirose-Yotsuya, Kazumi Take, Wei Sun, Masato Iwabu, Miki Okada-Iwabu, Takanori Fujita, Tomohisa Aoyama, Shuichi Tsutsumi, Kohjiro Ueki, Tatsuhiko Kodama, Juro Sakai, Hiroyuki Aburatani, Takashi Kadowaki
  • Journal Title: PLoS Genet Volume: 7(10)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Global mapping of cell type-specific open chromatin by FAIRE-seq reveals the regulatory role of the NFI family in adipocyte differentiation (2011)
  • Author(s): Waki H, Nakamura M, Yamauchi T, Wakabayashi K, Yu J, Hirose-Yotsuya L, Take K, Sun W, Iwabu M, Okada-Iwabu M, Fujita T, Aoyama T, Tsutsumi S, Ueki K, Kodama T, Sakai J, Aburatani H, Kadowaki
  • Journal Title: PLos Genetics Volume: 7 Issue: 10 Pages: e1002311-e1002311
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1002311
  • Peer Reviewed
• [Presentation] ワークショップ:代謝と生活習慣病をつなぐエピ ジェネティクス制御機構 Epigenetic mechanism linking metabolism and life-style disease 脂肪細胞分化におけるクロマチン構造変化とエビゲノム制御の役割 (2012)
  • Author(s): 脇裕典
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2012-12-11
• [Presentation] 【Adiposcienceの新展開:肥満症の基礎研究】脂肪細胞分化におけるクロマチン構造変化とエビゲノム制御の役割 (2012)
  • Author(s): 脇裕典、中村正裕、山内敏正、若林賢一、于静、四谷理沙、武和巳、孫威、岩部真人、岡田美紀、藤田隆教、青山倫久、堤修一、植木浩二郎、児玉龍彦、酒井寿郎、油谷浩幸、門脇孝
  • Organizer: 第33回日本肥満学会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2012-10-12
• [Presentation] 脂肪細胞分化におけるクロマチン構造変化とエピゲノム制御の役割 (2012)
  • Author(s): 脇裕典
  • Organizer: 第17回アディポサイエンス研究会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2012-08-25
• [Presentation] Global Mapping of Cell-Type-Specific Open Chromatin by FAIRE-seq Reveals the Regulatory Role of the NFI Family in Adipocyte Differentiation (2012)
  • Author(s): Hironori Waki, Masahiro Nakamura, Toshimasa Yamauchi, , Ken-ichi Wakabayashi, Jing Yu, Lisa Hirose Yotsuya, Kazumi Take, Wei Sun, Masato Iwabu, Miki Okada-Iwabu, , Takanori Fujita, Tomohisa Aoyama, Shuichi Tsutsumi, Kohjiro Ueki, Tatsuhiko Kodama, Juro Sakai, Hiroyuki Aburatani, and Takashi Kadowaki
  • Organizer: Keystone Symposia Genetic and Molecular Basis of Obesity and Body Weight Regulation (J7) Epigenetics
  • Place of Presentation: Santa Fe
• [Presentation] Global Mapping of Cell-Type-Specific Open Chromatin by FAIRE-seq Reveals the Regulatory Role of the NFI Family in Adipocyte Differentiation (2012)
  • Author(s): Hironori Waki, Masahiro Nakamura, Toshimasa Yamauchi, Ken-ichi Wakabayashi, et al
  • Organizer: The 64th Fujihara Seminar, International Symposium on Adiponectin Biology and Medicine
  • Place of Presentation: 北海道 苫小牧
• [Presentation] Global Mapping of Cell-Type-Specific Open Chromatin by FAIRE-seq Reveals the Regulatory Role of the NFI Family in Adipocyte Differentiation (2012)
  • Author(s): Hironori Waki, Masahiro Nakamura, Toshimasa Yamauchi, Ken-ichi Wakabayashi, et al
  • Organizer: BENZON SYMPOSIUM No. 58 Adipose Tissue in health and Disease
  • Place of Presentation: COPENHAGEN, DENMARK
• [Presentation] 脂肪細胞特異的オープンクロマチン領域のゲノムワイド解析による脂肪細胞分化制御因子NFIの同定 (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、中村正裕、山内敏正、若林賢一、于 静、四谷理沙、武和巳、孫威、岩部真人、岩部美紀、藤田隆教、青山倫久、堤修一、植木浩二郎、児玉龍彦、酒井寿郎、油谷浩幸、門脇 孝
  • Organizer: 第49回日本臨床分子医学会学術集会
  • Place of Presentation: 京都
• [Presentation] 脂肪細胞特異的オープンクロマチン領域のゲノムワイド解析による脂肪細胞分化制御因子NFIファミリーの同定 (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、中村正裕、山内敏正、若林賢一、于 静、四谷理沙、武和巳、孫威、岩部真人、岩部美紀、藤田隆教、青山倫久、堤修一、植木浩二郎、児玉龍彦、酒井寿郎、油谷浩幸、門脇 孝
  • Organizer: 第85回日本内分泌学会学術総会
  • Place of Presentation: 名古屋
• [Presentation] 脂肪細胞特異的オープンクロマチン領域のゲノムワイド解析による脂肪細胞分化制御因子NFIの同定 (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、中村正裕、山内敏正、若林賢一、于 静、四谷理沙、武和巳、孫威、岩部真人、岩部美紀、藤田隆教、青山倫久、堤修一、植木浩二郎、児玉龍彦、酒井寿郎、油谷浩幸、門脇 孝
  • Organizer: 第6回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] FAIRE-seqによる脂肪細胞特異的オープンクロマチン領域のゲノムワイド解析と分化におけるNFIファミリーの役割 (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、中村正裕、山内敏正、若林賢一、于 静、四谷理沙、武和巳、孫威、岩部真人、岩部美紀、藤田隆教、青山倫久、堤修一、植木浩二郎、児玉龍彦、酒井寿郎、油谷浩幸、門脇 孝
  • Organizer: 第55回日本糖尿病学会年次学術集会
  • Place of Presentation: 横浜
• [Presentation] 脂肪細胞特異的オープンクロマチン領域のゲノムワイド解析による脂肪細胞分化制御因子NFIの同定 (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、中村正裕、山内敏正、若林賢一、于 静、四谷理沙、武和巳、孫威、岩部真人、岩部美紀、藤田隆教、青山倫久、堤修一、植木浩二郎、児玉龍彦、酒井寿郎、油谷浩幸、門脇 孝
  • Organizer: 第30回日本肥満症治療学会学術集会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 脂肪細胞分化におけるクロマチン構造変化とエビゲノム制御の役割 (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、山内敏正、于 静、中村正裕、若林賢一、青山倫久、四谷理沙、武和巳、孫威、亀井望、岩部真人、岩部美紀、藤田隆教、堤修一、植木浩二郎、児玉龍彦、酒井寿郎、油谷浩幸、門脇 孝
  • Organizer: 第30回日本肥満症治療学会学術集会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Invited
• [Presentation] 脂肪細胞特異的オープンクロマチン領域のゲノムワイド解析による脂肪細胞分化制御因子NFIの同定 (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、中村正裕、山内敏正、若林賢一、于 静、四谷理沙、武和巳、孫威、岩部真人、岩部美紀、藤田隆教、青山倫久、堤修一、植木浩二郎、児玉龍彦、酒井寿郎、油谷浩幸、門脇 孝
  • Organizer: 第33回日本肥満学会
  • Place of Presentation: 京都
• [Presentation] 脂肪細胞分化におけるクロマチン構造変化とエビゲノム制御の役割 (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、山内 敏正、中村 正裕、于 静、ほか
  • Organizer: 第33回日本肥満学会 シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都
  • Invited
• [Presentation] 脂肪細胞分化におけるクロマチン構造変化とエビゲノム制御の役割 (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、山内敏正、于 静、中村正裕、若林賢一、青山倫久、四谷理沙、武和巳、孫威、亀井望、岩部真人、岩部美紀、藤田隆教、堤修一、植木浩二郎、児玉龍彦、酒井寿郎、油谷浩幸、門脇 孝
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会 ワークショップ
  • Place of Presentation: 福岡
  • Invited
• [Presentation] Global mapping of cell type-specific open chromatin by FAIRE-seq reveals the regulatory role of the NFI family in adipocyte differentiation
  • Author(s): 脇 裕典、中村 正裕、山内 敏正、若林 賢一、于 静、四谷 理沙、武 和巳、孫 威、（一部略）、堤 修一、植木 浩二郎、児玉 龍彦、酒井 寿郎、油谷 浩幸、門脇 孝
  • Organizer: Keystone Symposia, Genetic and Molecular Basis of Obesity and Body Weight Regulation (J7)
  • Place of Presentation: アメリカ合衆国 New Mexico州 Santa Fe
• [Presentation] Global mapping of cell type-specific open chromatin by FAIRE-seq reveals the regulatory role of the NFI family in adipocyte differentiation
  • Author(s): 脇 裕典、中村 正裕、山内 敏正、若林 賢一、于 静、四谷 理沙、武 和巳、孫 威、（一部略）、堤 修一、植木 浩二郎、児玉 龍彦、酒井 寿郎、油谷 浩幸、門脇 孝
  • Organizer: 第34回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 横浜市 パシフィコ横浜
• [Presentation] Global mapping of cell type-specific open chromatin by FAIRE-seq reveals the regulatory role of the NFI family in adipocyte differentiation
  • Author(s): 脇 裕典、中村 正裕、山内 敏正、若林 賢一、于 静、四谷 理沙、武 和巳、孫 威、（一部略）、堤 修一、植木 浩二郎、児玉 龍彦、酒井 寿郎、油谷 浩幸、門脇 孝
  • Organizer: Nuclear receptors EMBO 16-20 Conference Series
  • Place of Presentation: スペイン ES-Sitges, Barcelona
• [Presentation] FAIRE-seqによる脂肪細胞特異的オープンクロマチン領域のゲノムワイド解析
  • Author(s): 脇 裕典、山内 敏正、中村 正裕、若林 賢一、于 静、武 和巳、岩部 真人、岡田 美紀、藤田 隆教、廣瀬 理沙、堤 修一、児玉 龍彦、油谷 浩幸、酒井 寿郎、門脇 孝
  • Organizer: 第54回日本糖尿病学会年次学術集会
  • Place of Presentation: 北海道 札幌市
• [Book] 糖尿病学2012 (2012)
  • Author(s): 脇裕典
• [Book] 肥満研究 (2012)
  • Author(s): 脇裕典
• [Book] 医学のあゆみ (2012)
  • Author(s): 脇裕典、山内敏正、門脇孝
• [Book] 医学のあゆみ 白色脂肪細胞のエピジェネティックス (2012)
  • Author(s): 脇 裕典、山内敏正、門脇 孝
  • Total Pages: 6
  • Publisher: 医歯薬出版株式会社
• [Book] 医学のあゆみ エネルギー代謝転写因子ネットワークと生活習慣病 脂肪細胞と転写因子ネットワーク研究：最近の展開―次世代シークエンサーが切り開くエピゲノム・転写因子研究 (2011)
  • Author(s): 脇 裕典、山内 敏正、門脇 孝.
  • Publisher: 医歯薬出版
• [Remarks]
  • URL: http://researchmap.jp/hironori.waki/?lang=japanese
• [Remarks]
  • URL: http://researchmap.jp/hironori.waki/