Structure based design of novel RNA aptamer against AML1

• Project/Area Number: 23870026
• Research Category: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Structural biochemistry
• Research Institution: Tokyo University of Science
• Principal Investigator: NOMURA Yusuke 東京理科大学, 理学部・応用化学科, 助教 (10609308)
• Project Period (FY): 2011 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2012)
• Budget Amount: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000); Fiscal Year 2012: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2011: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
• Keywords: RNA アプタマー / 立体構造 / RNAアプタマー / AML / SELEX / 白血病原因タンパク質 / 核酸-蛋白質相互作用

Research Abstract

The purpose of this study is to obtain a novel RNA aptamer against AML1 Runt domain by the structure based design.
(1)The designed aptamer, Apt14 has high affinity for the Runt domain.
(2) The mutant analysis of the Apt14 suggested that internal loop and terminal stem structure are important for the affinity to the Runt domain.

Research Products

• [Journal Article] The Runt domain of AML1 (RUNX1) binds a sequence-conserved RNA motif that mimics a DNA element (2013)
  • Author(s): Jun-ichi Fukunaga*, Yusuke Nomura*, Yoichiro Tanaka*, Taku Tanaka, Yoshikazu Nakamura, Gota Kawai, Taiichi Sakamoto, and Tomoko Kozu
  • Journal Title: RNA Volume: 19 Pages: 927-936
  • Peer Reviewed
• [Presentation] NMR analysis of the interaction between AML1 Runt domain and RNA aptamer (2012)
  • Author(s): Ryo Amano, Yusuke Nomura, Takashi Nagata, Jun-ichi Fukunaga, Yoichiro Tanaka, Masato Katahira, Yoshikazu Nakamura, Tomoko Kozu and Taiichi Sakamoto
  • Organizer: 2012 ICMRBS
  • Place of Presentation: Lyon France
• [Presentation] AML1 Runt domain に結合する RNA アプタマーの改良 (2012)
  • Author(s): 野村祐介,山崎 香,福永淳一,田中陽一郎,中村義一,神津知子,坂本泰一,鳥越秀峰
  • Organizer: 第14回 RNA ミーティング
  • Place of Presentation: 東北大学百周年記念会館川内萩ホール
• [Presentation] RNA アプタマーと AML1 Runt domain の相互作用解析 (2012)
  • Author(s): 天野亮,野村祐介,永田崇,福永淳一,田中陽一郎,片平正人,中村義一,神津知子,坂本泰一
  • Organizer: 第14回 RNA ミーティング
  • Place of Presentation: 東北大学百周年記念会館川内萩ホール
• [Presentation] RNAアプタマーとAML1 Runt domainの相互作用解析 (2012)
  • Author(s): 天野亮，野村祐介，永田崇，福永淳一，田中陽一郎， 片平正人，中村義一，神津知子，坂本泰一
  • Organizer: 第14回RNAミーティング
  • Place of Presentation: 東北大学
• [Presentation] AML1 Runt domainに結合するRNAアプタマーの改良 (2012)
  • Author(s): 野村祐介，山崎 香，福永淳一，田中陽一郎，中村義一， 神津知子，坂本泰一，鳥越秀峰
  • Organizer: 第14回RNAミーティング
  • Place of Presentation: 東北大学
• [Presentation] 転写因子 AML1 の DNA 結合ドメインに結合する RNA モチーフの解析 (2011)
  • Author(s): 福永淳一,野村祐介,中村義一,坂本泰一,神津知子
  • Organizer: CREST「生命現象の解明と応用に資する新しい計測・分析基盤技術」研究領域シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京ガーデンパレス
• [Presentation] RNA アプタマーの立体構造解析 (2011)
  • Author(s): 坂本泰一,野村祐介
  • Organizer: CREST「生命現象の解明と応用に資する新しい計測・分析基盤技術」研究領域シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京ガーデンパレス
• [Presentation] RNAアプタマーの立体構造解析 (2011)
  • Author(s): 坂本泰一、野村祐介
  • Organizer: CREST「生命現象の解明と応用に資する新しい計測・分析基盤技術」研究領域シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京ガーデンパレス
• [Presentation] 転写因子AML1のDNA結合ドメインに結合するRNAモチーフの解析 (2011)
  • Author(s): 福永淳一, 野村祐介, 他3名
  • Organizer: CREST「生命現象の解明と応用に資する新しい計測・分析基盤技術」研究領域シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京ガーデンパレス