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Elucidation of homeostasis and molecular mechanisms mediated by protein histidine methylation

Research Project

Project/Area Number 23H00321
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Medium-sized Section 38:Agricultural chemistry and related fields
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

深水 昭吉  筑波大学, 生存ダイナミクス研究センター, 教授 (60199172)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥47,450,000 (Direct Cost: ¥36,500,000、Indirect Cost: ¥10,950,000)
Fiscal Year 2025: ¥14,950,000 (Direct Cost: ¥11,500,000、Indirect Cost: ¥3,450,000)
Fiscal Year 2024: ¥14,040,000 (Direct Cost: ¥10,800,000、Indirect Cost: ¥3,240,000)
Fiscal Year 2023: ¥18,460,000 (Direct Cost: ¥14,200,000、Indirect Cost: ¥4,260,000)
Keywordsタンパク質メチル化 / ヒスチジン残基メチル化 / アルギニン残基メチル化 / リジン残基メチル化 / ヒスチジンメチル化 / アルギニンメチル化 / ヒストンメチル化
Outline of Research at the Start

血中のメチルヒスチジン(His)は、乳牛の分娩後の栄養状態のバイオマーカーとして、また、ヒトを含め、筋タンパク質代謝を反映する指標とされてきた。しかし、Hisメチル化を触媒する哺乳類のメチル化酵素の同定や、その機能の理解は進んでいない。申請者らは、酵母のHisメチル化酵素Hpm1の哺乳類オルソログと推定されるMETTL18がHisメチル化活性を持つことを見出している。さらに、そのノックアウト(KO)マウスの作製にも成功し、その表現型からMETTL18が広範な生理機能を持つことが示唆される。そこで本研究では、タンパク質Hisメチル化酵素が生体の恒常性維持に果たす役割とその作用機序の解明を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

血中のメチルヒスチジン(His)は、乳牛の分娩後の栄養状態のバイオマーカーとして、また、ヒトを含め、筋タンパク質代謝を反映する指標とされてきた。しかし、メチルHisの生成を触媒する哺乳類のメチル化酵素の同定や、その機能の理解は進んでいない。そこで本研究では、タンパク質Hisメチル化酵素が生体の恒常性維持に果たす役割とその作用機序の解明を目的とした。

今年度は、主にヒスチジンメチル化されるタンパク質の同定に取り組み、以下の成果を挙げた。
1) マウスの骨格筋および脳組織を用いて、生化学的手法によるタンパク質の分画と分析化学的手法を組み合わせた解析から、ヒスチジン残基がメチル化修飾される新たな基質として、解糖系酵素エノラーゼのサブユニットであるγ-enolaseを同定した。また、3種類の異なるアミノ酸配列を持つエノラーゼ(α、β、γ)のうち、脳神経系特異的に発現するγ-enolaseの190番目のヒスチジン残基がメチル化されることを明らかにした(J. Biochem. PMID: 37279646, 2023)。

2) これまで確認されていなかったヒストンの翻訳後修飾として、ヒスチジン残基のメチル化を見出した。 ヒストンは、H2A、H2B、H3、H4という4種類のコアヒストンタンパク質が二つずつ集まった8量体で構成されているが、このうちヒスチジンメチル化は、ヒストンH2Aの82番目とH3の39番目のヒスチジン残基に生じていた。ヒストンのメチル化修飾のほとんどはリジン残基に集中していることから、ヒスチジン残基のメチル化は限られた特定の遺伝子領域に存在するヒストンに起こることが示唆された(J. Biol. Chem. PMID: 37543365, 2023)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

タンパク質のヒスチジン残基のメチル化修飾は、リジン残基とアルギニン残基に続く第3のメチル化修飾として近年注目されている。しかし、その酵素化学的解析や生物学的意義の解明に不可欠である触媒酵素やその基質の報告例が、第1・第2のメチル化修飾に比べて非常に少なく、研究の進展を遅らせている大きな要因となっている。新たなヒスチジンメチル化基質であるγ-enolaseの発見は、解糖系におけるヒスチジンメチル化の重要性の理解や、新規ヒスチジンメチル化酵素の探索のための有用な手掛かりとなることが期待される。また、ヒストンには多くのリジン残基があり、メチル化に加え、ユビキチン化やアセチル化などの多様な翻訳後修飾が生じることが知られている。その組み合わせパターンはヒストンコードと呼ばれ、転写調節を指令する暗号と考えられており、今回のヒスチジン残基のメチル化修飾の発見は、新しいヒストンコードとなる新たな一歩になると期待される。以上の理由から、当初の計画以上に進展していると判断する。

Strategy for Future Research Activity

2024年度は、作製済みのヒスチジンメチル化酵素遺伝子のノックアウトマウスの解析結果を論文化するとともに、新しいヒスチジンメチル化タンパク質の同定を目指す。

Report

(2 results)
  • 2023 Comments on the Screening Results   Annual Research Report
  • Research Products

    (25 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Cardiorenal damages in mice at early phase after intervention induced by angiotensin II, nephrectomy, and salt intake2024

    • Author(s)
      Muromachi Naoto、Ishida Junji、Noguchi Kazuyuki、Akiyama Tomoki、Maruhashi Syunsuke、Motomura Kaori、Usui Joichi、Yamagata Kunihiro、Fukamizu Akiyoshi
    • Journal Title

      Experimental Animals

      Volume: 73 Issue: 1 Pages: 11-19

    • DOI

      10.1538/expanim.23-0071

    • ISSN
      0007-5124, 1341-1357, 1881-7122
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  • [Journal Article] Histidine Nτ-methylation identified as a new posttranslational modification in histone H2A at His-82 and H3 at His-392023

    • Author(s)
      Hayashi Takahiro、Daitoku Hiroaki、Uetake Toru、Kako Koichiro、Fukamizu Akiyoshi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Issue: 9 Pages: 105131-105131

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105131

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  • [Journal Article] γ-enolase (ENO2) is methylated at the <i>N</i>τ position of His-190 among enolase isozymes2023

    • Author(s)
      Kasai Fumiya、Kako Koichiro、Maruhashi Syunsuke、Uetake Toru、Yao Yuan、Daitoku Hiroaki、Fukamizu Akiyoshi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 174 Issue: 3 Pages: 279-289

    • DOI

      10.1093/jb/mvad042

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  • [Journal Article] Themis2 regulates natural killer cell memory function and formation2023

    • Author(s)
      Nabekura Tsukasa、Deborah Elfira Amalia、Tahara Saeko、Arai Yuya、Love Paul E.、Kako Koichiro、Fukamizu Akiyoshi、Muratani Masafumi、Shibuya Akira
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 7200-7200

    • DOI

      10.1038/s41467-023-42578-8

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      笠井 郁也; 加香 孝一郎; 丸橋 春介; 大徳 浩照; 深水 昭吉
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      第96回日本生化学会大会
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      笠井 郁也; 松田 紘奈; 加香 孝一郎; 大徳 浩照; 深水 昭吉
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      第96回日本生化学会大会
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      室町直人; 石田純治; 野口和之; 深水昭吉
    • Organizer
      2023年度日本生化学会関東支部例会
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      田島達也; 加香孝一郎; 大徳浩照; 福島希; 福澤航介; 深水昭吉
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      笠井郁也; 加香孝一郎; 丸橋春介; 大徳浩照; 深水昭吉
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      丸橋春介; 加香孝一郎; 松田紘奈; 笠井郁也; 深水昭吉
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      池田音緒; 大徳浩照; 関口直希; 加香孝一郎; 深水昭吉
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      林岳宏; 大徳浩照; 加香孝一郎; 深水昭吉
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      2023年度日本生化学会関東支部例会
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      平野寛大; 田島達也; 大徳浩照; 加香孝一郎; 張文瑜; 鈴木茉菜芽; 深水 昭吉
    • Organizer
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  • [Presentation] タンパク質アルギニンメチル基転移酵素PRMT1の心臓における役割の解明2023

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      松田紘奈; 加香孝一郎; 笠井郁也; 丸橋春介; 本村香織; 大徳浩照; 深水 昭吉
    • Organizer
      2023年度日本生化学会関東支部例会
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  • [Presentation] The molecular and neural regulation of ultraviolet light phototaxis and its food-associated learning behavioral plasticity in C. elegans2023

    • Author(s)
      Ozawa Kazuki; Shinkai Yoichi; Kako Koichiro; Fukamizu, Akiyoshi;Doi, Motomichi
    • Organizer
      24th International C.elegans Conference
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  • [Presentation] Emerging impacts of protein methylation on biological functions2023

    • Author(s)
      Akiyoshi FUKAMIZU
    • Organizer
      Wednesday Lecture Series, Stowers Institute of Medical Research, USA
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      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Emerging impacts of post-translational modification of protein methylation upon arginine and histidine residues2023

    • Author(s)
      Akiyoshi FUKAMIZU
    • Organizer
      8th Meeting of the Asian Forum for Chromosome and Chromatin Biology, India
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 深水研究室(ゲノム情報生物学)

    • URL

      http://akif2.tara.tsukuba.ac.jp/index.html

    • Related Report
      2023 Annual Research Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2025-04-17  

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