Establishment of digital genome mapping method and its application to de novo genome analysis

• Project/Area Number: 23H00342
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Review Section: Medium-sized Section 40:Forestry and forest products science, applied aquatic science, and related fields
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 浅川 修一 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30231872)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 黒河内 寛之 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 協力研究員 (00609000) ; 稲野 俊直 近畿大学, 水産研究所, 准教授 (50604609)
• Project Period (FY): 2023-04-01 – 2027-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2024)
• Budget Amount: ¥47,320,000 (Direct Cost: ¥36,400,000、Indirect Cost: ¥10,920,000); Fiscal Year 2024: ¥9,880,000 (Direct Cost: ¥7,600,000、Indirect Cost: ¥2,280,000); Fiscal Year 2023: ¥17,680,000 (Direct Cost: ¥13,600,000、Indirect Cost: ¥4,080,000)
• Keywords: ゲノム / マッピング / 整列化 / デジタルゲノムマッピング / ラディエーションハイブリッド

Outline of Research at the Start

次世代シーケンサ（NGS）によりゲノムシーケンシング自体は容易になったが、アセンブルされたゲノムの部分配列を整列化し、各染色体を構成する高精度のゲノムを構築することは、いまだに容易ではない。
本研究では、連鎖解析、Hi-C法と同等以上の染色体上への整列情報を、微量のゲノムDNAを用いるだけで、はるかに簡便で原核生物、真核生物を問わずに獲得できる汎用性が高く画期的な新手法であるデジタルゲノムマッピング法を考案したので、その確立と応用を目指す。