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Elucidation of the AMR stabilization mechanisms in developping countries

Research Project

Project/Area Number 23H00446
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Medium-sized Section 58:Society medicine, nursing, and related fields
Research InstitutionGifu University

Principal Investigator

山本 容正  岐阜大学, 大学院連合創薬医療情報研究科, 招へい教員 (20010100)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 河原 隆二  地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主幹研究員 (10332454)
田中 香お里  岐阜大学, 糖鎖生命コア研究所, 教授 (20242729)
山本 眞由美  岐阜大学, 保健管理センター, 教授 (40313879)
山口 貴弘  地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主任研究員 (80553635)
Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2025)
Budget Amount *help
¥47,320,000 (Direct Cost: ¥36,400,000、Indirect Cost: ¥10,920,000)
Fiscal Year 2025: ¥14,170,000 (Direct Cost: ¥10,900,000、Indirect Cost: ¥3,270,000)
Fiscal Year 2024: ¥15,600,000 (Direct Cost: ¥12,000,000、Indirect Cost: ¥3,600,000)
Fiscal Year 2023: ¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Keywords途上国コミュニテイ / 薬剤耐性菌 / コリスチン耐性菌 / 途上国 / 住民 / コリスチン耐性遺伝子 / 糞便 / 機序 / 安定化 / 食品 / 蔓延
Outline of Research at the Start

薬剤耐性菌の蔓延対策は、医療施設内の課題から地域社会の課題へと質、量ともに近年大きく変貌している。特に、途上国コミュニテイにおける耐性菌蔓延は国境を越えて拡散するため国際社会の大きな脅威である。しかし耐性の安定化はコミュニテイでの蔓延機序の必須要素であるが、その詳細は未だ不明である。そこで本研究では、コリスチン耐性の安定化に影響する社会環境リスク因子を解析すると同時にコリスチン以外の耐性も同様の機序によるか否かの解明を図る。具体的には、地理的社会環境的に異なるベトナムとエクアドルの2か国を対象とし、住民より分離した耐性菌のゲノム解析による分子疫学的手法により耐性安定化機序を解明する。

Outline of Annual Research Achievements

本年度は以下の研究を行い成果を得た。2019年、エクアドルではコリスチン耐性菌の増加を受けて、家畜飼料へのコリスチン添加が禁止されたが、その効果は明確ではなかった。そこで我々は、この禁止措置の影響を明らかにするため、コリスチン使用が継続されているベトナムとの比較を行い、両国の住民から得られた糞便試料よりコリスチン耐性大腸菌を分離し、可動性コリスチン耐性(mcr)遺伝子の検出を行った。その結果、エクアドルにおけるコリスチン耐性大腸菌の検出率は、2019年の80.6%から2022年には4.7%へと著しく減少した。一方、ベトナムでは2017年の84.7%から2024年には62%へと、一定の減少は見られたものの依然として高い水準にあった。さらに、2024年のベトナムにおいて分離された耐性大腸菌の96.8%がmcr遺伝子を保有していたのに対し、2023年のエクアドルの検体ではわずか4.7%であった。これらの結果は、コリスチン使用の規制が耐性菌の抑制に大きな効果を持つことを示しており、抗菌薬耐性対策としての飼料添加制限の有効性を裏付けた。
本年度はコリスチン耐性菌のキノロン耐性についても解析を行い以下の成果を得た。キノロン耐性は主に大腸菌のgyrAやparC遺伝子の変異によって生じるが、プラスミド媒介性耐性遺伝子(PMQR)の拡散も問題となっている。我々は、2019年にエクアドルで分離されたコリスチン耐性大腸菌LR-50株を解析し、PMQR遺伝子qnrB19が染色体上に存在することを明らかにした。qnrB19は、IS6様挿入配列とpspF転写因子に挟まれた転移因子構造内に位置しており、耐性遺伝子の安定化と拡散に関与する。これは耐性進化の理解に重要な知見となった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

コリスチン耐性分離菌のゲノム解析、多剤耐性菌の分離解析等多くの成績を得、これらの一部を纏め今までに5本の報告を原著論文として国際誌に報告した。当初予定の計画は順調に進展しており今後の更なる進展が期待される。

Strategy for Future Research Activity

引続きコミュニテイの住民や家畜、環境からの検体収集を行い、アップトゥデイトな耐性蔓延の実態とその詳細な解析を通して耐性の安定化機序の解明を続ける。蔓延耐性菌の多国間比較解析は耐性菌蔓延ならびにその安定化機序の解明に有効なため、次年度においても引き続き実施する。

Report

(3 results)
  • 2024 Annual Research Report
  • 2023 Comments on the Screening Results   Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2025 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 7 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] タイビン医科薬科大学(ベトナム)

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      2023 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] アメリカ大学(エクアドル)

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  • [Journal Article] Contamination of retail market meat with extended-spectrum beta-lactamase genes in Vietnam2025

    • Author(s)
      Yen Hai Le, Hoa Thi Thanh Hoang, Diep Thi Khong, Thang Nam Nguyen, Tram Anh Que, Dung Tien Pham, Kaori Tanaka, Yoshimasa Yamamoto
    • Journal Title

      Int J Food Microbiol

      Volume: 430 Pages: 111061-111061

    • DOI

      10.1016/j.ijfoodmicro.2025.111061

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  • [Journal Article] Ban of colistin livestock feed supplementation decreased the prevalence of colistin-resistant Escherichia coli in Ecuador2025

    • Author(s)
      Hoa Thi Thanh Hoang, Mayumi Yamamoto, Manuel Calvopina, Carlos Bastidas-Caldes, Diep Thi Khong, Thang Nam Nguyen, Yoshimasa Yamamoto
    • Journal Title

      J Infect Chemother

      Volume: 31 Issue: 4 Pages: 102682-102682

    • DOI

      10.1016/j.jiac.2025.102682

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  • [Journal Article] Multinational comparison of the detection of extended-spectrum beta-lactamase genes in healthy resident feces2025

    • Author(s)
      Yoshimasa Yamamoto, Hoa Thi Thanh Hoang, Yen Hai Le, Cornelia Appiah-Kwarteng, Diep Thi Khong, Thang Nam Nguyen, Manuel Calvopina, Carlos Bastidas-Caldes, Nobuyuki Tetsuka, Masaki Anraku, Mayumi Yamamoto
    • Journal Title

      Microbiol Spectr

      Volume: - Issue: 6

    • DOI

      10.1128/spectrum.02920-24

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  • [Journal Article] Genomic characteristics of quinolone resistance in colistin-resistant Escherichia coli isolates from community residents in Ecuador and Vietnam2024

    • Author(s)
      H. T. T. Hoang, M. Yamamoto and Y. Yamamoto
    • Journal Title

      JAC Antimicrob Resist

      Volume: 6 Issue: 5

    • DOI

      10.1093/jacamr/dlae151

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      2024 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Chromosomal qnrB19-carrying Escherichia coli isolated from the stool sample of a community resident in Ecuador2024

    • Author(s)
      H. T. T. Hoang, M. Yamamoto, M. Calvopina, C. Bastidas-Caldes and Y. Yamamoto
    • Journal Title

      Microbiol Resour Announc

      Volume: 13 Issue: 6

    • DOI

      10.1128/mra.00046-24

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      2024 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Abundance of Colistin-Resistance Genes in Retail Meats in Vietnam2024

    • Author(s)
      Le Yen Hai、Ikawa Kanoko、Hoang Hoa Thi Thanh、Isomura Hatsue、Khong Diep Thi、Nguyen Thang Nam、Que Tram Anh、Pham Dung Tien、Tanaka Kaori、Yamamoto Yoshimasa
    • Journal Title

      Foodborne Pathogens and Disease

      Volume: 21 Issue: 8 Pages: 485-490

    • DOI

      10.1089/fpd.2023.0162

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Comparative genome analysis of colistin-resistant Escherichia coli harboring mcr isolated from rural community residents in Ecuador and Vietnam2023

    • Author(s)
      Thanh Hoang Hoa Thi、Yamamoto Mayumi、Calvopina Manuel、Bastidas-Caldes Carlos、Khong Diep Thi、Nguyen Thang Nam、Kawahara Ryuji、Yamaguchi Takahiro、Yamamoto Yoshimasa
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 18 Issue: 11 Pages: e0293940-e0293940

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0293940

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Contamination of Retail Meats with E. coli Virulence Genes2024

    • Author(s)
      Le Hai Yen, Kanoko Ikawa, Hoang Thi Thanh Hoa, Hatsue Isomura, Kaori Tanaka, Yoshimasa Yamamoto
    • Organizer
      日本食品微生物学会
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  • [Presentation] Campylobacter in Chicken Meat in Developing Countries2024

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      Hoang Thi Thanh Hoa、山本 眞由美、山本 容正
    • Organizer
      日本食品微生物学会
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      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] Genome characterization of colistin-resistant bacteria prevalence in communities in Vietnam and Ecuador2023

    • Author(s)
      Yoshimasa Yamamoto, Hoa Thi Thanh Hoang, Manuel Calvopina, Thang Nam Nguyen, Mayumi Yamamoto
    • Organizer
      3rd International Conference on Microbiology and Immunology
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      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Comparative genome analysis of colistin-resistant Esherichia coli isolates from residents in Ecuador and Vietnam2023

    • Author(s)
      Hoa Thi Thanh Hoang, Mayumi Yamamoto, Yoshimasa Yamamoto
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Screening for colistin-resistant bacteria contaminating retail meat in Vietnam by detecting mcr gene2023

    • Author(s)
      Yen Hai Le, Kanako Ikawa, Hoa Thi Thanh Hoang, Hatsue Isomura, Kaori Tanaka, Yoshimasa Yamamoto
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2025-12-26  

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