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「やってみよう」これなら使えるAFMー機械学習プログラムの開発

Research Project

Project/Area Number 23H05388
Research Category

Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section 4110:Information science, computer engineering, human informaticsand, applied informatics related fields
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

WEI WEILIN  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 技術職員

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥480,000 (Direct Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2023: ¥480,000 (Direct Cost: ¥480,000)
Keywords原子間力顕微鏡(AFM) / AFM測定 / 原子間力顕微鏡 / タンパク質、鉱物
Outline of Research at the Start

申請者の研究所には,これまで研究で用いた試料とAFM測定条件のデータが数多く蓄積されているが,測定条件の選定は熟練研究者の経験と試行錯誤により行っていた。そこで,この関係を解明するために機械学習の一つである「決定木学習」を用いて,試料の性質からAFM測定を決定できるソフトウェアを開発する。決定木は学習モデルとしては解析が容易で,試料のどの部分が測定条件に重要か分かるだけでなく,ランダムフォレストなどの応用範囲も広く,背景で述べた「初心者に対するAFM測定の啓蒙」に最適な手法だと考える。

Outline of Final Research Achievements

本研究は,対象試料の性質からAFM測定を決定できるソフトウェアを開発する、という目標とし,プログラムを組むのに必須なデータを取得するため、鉱物,化合物の結晶,ポリマー,タンパク質,細胞(eg. がん細胞),ペプチドなど,多様な分野の代表とする試料の物性とAFM画像を取得してきた。採択期間中は主に,異なる金属とリガンドを含むポリマー,鉱物(金属とリガンド錯体の配合体),生体分子のDNAオリガミ,タンパク質,タンパク質と膜質の結合などの代表対象物を測定した。

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

従来,各種AFMの特徴と適用する多様な試料との間に相関するデータベースは存在しなかったため,本研究課題では対象試料の特徴や物性などの情報から,試料に最適なAFM測定を推測できるAI技術開発を進めており,「初心者に対するAFM測定の啓蒙」を目指す。本研究が達成できれば,異分野におけるAFMの応用範囲もさらに広くなる。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • Research Products

    (5 results)

All 2024 2023

All Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Molecular Assembly and Gelating Behavior of (L)-Alanine Derivatives.2023

    • Author(s)
      Soeta,T.; Kurobe, S.; Nirei, Y.; Kurokawa, N.; Wei, W.L; Yurtsever, A.; Fukuma, T.; Ukaji, Y
    • Journal Title

      Chemistry A European Journal

      Volume: 25 Issue: 39

    • DOI

      10.1002/chem.202300455

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 出血性異常プロトロンビンのリン脂質結合能解析およびリン脂質結合動態の可視化2024

    • Author(s)
      松本陽斗 、荒磯裕平、長屋聡美、桑島大和、喜多慎太郎、今井湧太、安田 芽生、魏威凛、太村理沙、古寺哲幸、森下英理子
    • Organizer
      日本血栓止血学会2024
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] (L)-アミノ酸から誘導した機能性低分子ゲル化剤の開発とその物性評価2023

    • Author(s)
      黒部 翔太, 楡井 悠太郎, 魏 威凛, Yurtsever Ayhan, 福間 剛士, 添田 貴宏, 宇梶 裕
    • Organizer
      2023年、第20回ホスト・ゲスト・超分子化学シンポジウム
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] THE ROLE OF MEMBRANE STRUCTURE AND PROTECTIVE EFFECT OF MELATONIN AND TREHALOSE AGAINST AMYLOID-BETA-INDUCED DAMAGE IN MODEL LIPID MEMBRANES2023

    • Author(s)
      Zoya Leonenko ; Carina T Filice ; Nanqin Mei ; Yue Xu ; Danielle McRae ; Weilin Wei ; Ayumi Sumino ; Takeshi Fukuma ;
    • Organizer
      2024 Tahoe BPS Conference (biophysics.org)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Protective Effect of Melatonin against Amyloid-β-induced Damage in Model Lipid Membranes.2023

    • Author(s)
      Nanqin Mei, Carina T. Filice, Julia I. Lumini, Jingwen Liang, Danielle M. McRae, Weilin Wei, Ayumi Sumino, Takeshi Fukuma and Zoya Leonenko
    • Organizer
      BPS 2024 Meeting
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2023-04-13   Modified: 2025-01-30  

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