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Develop a method for analyzing plant communities with deep learning

Research Project

Project/Area Number 23K05294
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 39070:Landscape science-related
Research InstitutionKonan Women's University

Principal Investigator

松村 俊和  甲南女子大学, 人間科学部, 教授 (60589547)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2027-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2026: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2025: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2024: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2023: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Keywords物体検出 / 組成表 / 自動化 / デジタルデータ / 植生調査データ / ラベル付け / 機械学習 / 植物群集 / ディープラーニング / モデル
Outline of Research at the Start

本研究では,ディープラーニングの考え方をを植物群集の分析に取り入れることで,植物群集の分類の自動化および種の生態的な位置づける手法を開発することを目的としている.そのために,自然言語処理の考え方を利用するとともに,既存の植生調査資料を収集・整理(データ化)しつつ,研究を実施する.ディープラーニングのモデルではハイパーパラメータの最適化が必要であり,本研究では植物群集の特性と最適なハイパーパラメータとの関係を明らかにする.

Outline of Annual Research Achievements

2024年度は過去の植生データを広く収集することを主な目的として研究を実施した.
過去の植生の状況をしるうえで非常に重要であるが,デジタルデータにはなっていないものが多い.これらを手作業で組成表を入力するのは非常に手間のかかる作業である.また,組成表は独特の形式をしているため,単純な工学的文字認識(OCR)ではうまく認識できないことが多い.そこで本研究では,組成表を自動的にデジタルデータに変換するシステムを構築することを目的とした.
調査資料には,日本における地域の植生調査データの組成表を含む紙媒体の資料約80枚を使用した.教師データとして,1/3程度の資料について,調査地などのメタデータの部分,種名の記載部分,階層の記載部分,組成の記載部分のアノテーションを行った.教師データおよびPythonの物体検出ライブラリであるDetectron2を用いて学習を行い,モデルを作成した.GPUはNVIDIA RTX 4060 を使用した.未学習の調査資料について各部分の検出を行った.多少のズレはあるものの,推論の結果は概ね適切なものであった.これらをもとにOCRをすれば,適切な調査データを得られると考えられる.
上記のように,Detectron2を用いた手法によって組成表のデジタルデータへの自動的な変換は可能であることがわかった.ただし,Detectron2は高性能な物体検出システムではあるものの,インストール方法などが煩雑である.そのため,一般ユーザが使用するには困難がともなう.そこでウエブとしても使用可能なものにするために,StreamlitとUltralytics YOLOライブラリを用いて同様のシステムを開発しているところである.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当初は,PythonのライブラリのDetectron2での開発をしていたが,一般ユーザには利用困難であることが途中で判明した.一般ユーザでも利用可能なライブラリを探すとともに,コードの書き直しが必要であり,そのための期間を要した.

Strategy for Future Research Activity

自動化手法を早期に完成させることで,基礎的なデータの収集に注力する.また,収集したデータをもとにして,ディープラーニングによる植生データの分類手法の開発を進める.

Report

(2 results)
  • 2024 Research-status Report
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2024 2023

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] 西日本のイネ科草本の優占する草原を主たる生育環境とする草原生植物リスト(試案)2024

    • Author(s)
      橋本 佳延・澤田 佳宏・松村 俊和
    • Journal Title

      人と自然

      Volume: 34 Pages: 35-102

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Developing automatic conversion system from printings into digital data by object detection.2024

    • Author(s)
      Matsumura, T.
    • Organizer
      The 66th Symposium of the International Association of Vegetation Science (IAVS 2024)
    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 物体検出による出版物からデジタルデータへの自動変換システムの開発2024

    • Author(s)
      松村 俊和
    • Organizer
      植生学会第29回大会
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Presentation] 「草原生植物」という用語を用いる際の生態学者の草原観.2024

    • Author(s)
      橋本 佳延・澤田 佳宏・松村 俊和
    • Organizer
      日本生態学会第71回大会.オンライン.
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 植生調査を支援するアプリの開発(改訂版).2023

    • Author(s)
      松村 俊和
    • Organizer
      植生学会第28回大会.甲南女子大学,神戸
    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2025-12-26  

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