インターカレーターが引き起こすDNA・ヌクレオソーム構造変化メカニズム解析

Research Project

Project/Area Number	23K05726
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Allocation Type	Multi-year Fund
Section	一般
Review Section	Basic Section 43040:Biophysics-related
Research Institution	National Institutes for Quantum Science and Technology
Principal Investigator	石田恒国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 上席研究員 (60360418)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	角南智子国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 主幹研究員 (50554648)
Project Period (FY)	2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help	¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000) Fiscal Year 2025: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000) Fiscal Year 2024: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000) Fiscal Year 2023: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Keywords	DNA / インターカレーション / 分子動力学シミュレーション / 自由エネルギー / ヌクレオソーム
Outline of Research at the Start	インターカレーターが引き起こすDNAおよびヌクレオソーム構造変化の動的メカニズムは原子レベルでどのようになっているかを調べる。そのために、インターカレーターがDNAおよびヌクレオソームに結合して、インターカレーション状態を再現する分子動力学シミュレーションを実施する。そして、インターカレーション状態のDNAおよびヌクレオソームの自由エネルギー地形を得る。さらに自由エネルギー地形解析と、光ピンセット単分子測定装置を用いたインターカレーション実験データを比較・統合する。以上の知見をもとに、インターカレーター状態におけるDNAおよびヌクレオソーム動態の意義を理解する。