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Elucidation of transcriptional dynamics regulated by poly-ubiquitination activity of PRC1

Research Project

Project/Area Number 23K05736
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43050:Genome biology-related
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

伊藤 伸介  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 研究員 (50612115)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
KeywordsCGI / エンハンサー / プロテアソーム / エピジェネティクス / 遺伝子発現制御 / PRC1 / ユビキチン
Outline of Research at the Start

哺乳類の発生関連遺伝子は、CpG配列に富むゲノム領域であるCpGアイランド(CGI)をプロモーター近傍に伴い、ポリコーム群(PcG)因子等の標的となり転写抑制を受けている。個体発生において発生関連遺伝子の発現は、反復的なON・OFFの制御をうけており、PcG因子は、解離・結合の動的変化を起こしている。しかしPcGの動的変化の分子メカニズムは不明な点が多い。本研究はPcG因子の一つであるvPRC1がもつポリユビキチン化活性に着目し、vPRC1によるタンパク質分解の生物学的意義を解析することによって、vPRC1が媒介するポリユビキチン化による転写制御の理解、疾患発症の分子メカニズムの解明を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

哺乳類の発生関連遺伝子は、CpG配列を多く含むゲノム領域であるCpGアイランド(CGI)をプロモーター近傍に伴い、ポリコーム群(PcG)因子等のクロマチン制御因子の標的となり転写調節を受けている。個体発生の過程において発生関連遺伝子の発現は、反復的なON・OFFの制御をうけており、PcG因子は、解離・結合の動的変化を起こしている。
この遺伝子の発現とPcGの動的変化に異常をもつと、様々な疾患の発症に繋がることが示唆されるため、詳細な分子メカニズムの解明は極めて重要である。しかしながら、抑制された遺伝子の活性化メカニズムは不明な点が多い。本研究は、PcG因子の一つであるvPRC1がもつポリユビキチン化活性に着目し、vPRC1によるタンパク質分解の生物学的意義を解析する
とともに、ヒト疾患にて見出されたvPRC1変異を導入した変異マウスモデルを使って、分解制御が破綻した時の表現型を解析する。
今年度は、BCORの変異体解析を行い、変異によるBCORのクロマチン結合の変化と、CGIやエンハンサーの活性を制御するCo-activatorのクロマチン結合への影響を調査した。また、プロテアソーム阻害剤処理したマウスES細胞においても同様の解析をおこない、タンパク質分解によるクロマチン結合の制御が示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

BCORの変異体解析あるいはプロテアソーム阻害剤による影響を調べた結果、変異によるBCORのクロマチン結合の変化と、CGIやエンハンサーの活性を制御するCo-activatorのクロマチン結合への影響を調査し、タンパク質分解によるクロマチン結合の制御が示唆された。これらの結果と遺伝子発現変化との相関関係も調べている。

Strategy for Future Research Activity

これまでの研究から、タンパク質分解によるPRC1のクロマチン結合の制御が示唆された。この可能性を検証するために、ES細胞を分化誘導して、vPRC1のポリユビキチン化活性の動態をChIPseq、RNA-seq等により検証する。これらの解析により、目標の達成を試みる。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (3 results)

All 2024 2023

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Polycomb-mediated histone modifications and gene regulation2024

    • Author(s)
      Shinsuke Ito, Takashi Umehara, Haruhiko Koseki.
    • Journal Title

      Biochem Soc Trans

      Volume: 1 Issue: 1 Pages: 151-161

    • DOI

      10.1042/bst20230336

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Defining super-enhancers by highly ranked histone H4 multi-acetylation levels identifies transcription factors associated with glioblastoma stem-like properties.2023

    • Author(s)
      Das Nando D.、Chang Jen-Chien、Hon Chung-Chau、Kelly S. Thomas、Ito Shinsuke、Lizio Marina、Kaczkowski Bogumil、Watanabe Hisami、Katsushima Keisuke、Natsume Atsushi、Koseki Haruhiko、Kondo Yutaka、Minoda Aki、Umehara Takashi.
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 24 Issue: 1 Pages: 574-574

    • DOI

      10.1186/s12864-023-09659-w

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] ポリユビキチン化活性が媒介するポリコーム複合体PRC1.1によるCpGアイランドのエピゲノム制御2023

    • Author(s)
      伊藤伸介 近藤隆 高野淳一郎 柴田真利花 近藤香 古関明彦
    • Organizer
      生化学会
    • Related Report
      2023 Research-status Report

URL: 

Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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