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Elucidation of physiological functions of Ulk1 phosphorylation which acts as a molecular switch leading to alternative autophagy

Research Project

Project/Area Number 23K05748
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 44010:Cell biology-related
Research InstitutionInstitute of Science Tokyo (2024)
Tokyo Medical and Dental University (2023)

Principal Investigator

鳥居 暁  東京科学大学, 総合研究院, プロジェクト准教授 (10444001)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords新規オートファジー / GOMED / Ulk1 / リン酸化 / オートファジー / 変異マウス / ゴルジ体
Outline of Research at the Start

生物を構成する細胞には、不要になった物質を除去するオートファジーと呼ばれる機能が備わっている。所属研究室では、通常のオートファジー以外に別のGOMED(ゴメッド)と名付けた新規オートファジーを発見して、その生理機能の解明を目指して研究をしている。今回の研究において、私は新規オートファジーにおいて重要な構成因子であるUlk1タンパク質のリン酸化という修飾に焦点をあて、その新規オートファジーにおける役割を明らかにするとともに、新規オートファジー不全マウスで起きる異常を解析することで新規オートファジーの生理機能の解明を行う。

Outline of Annual Research Achievements

私は以前の研究で、ネクロプトーシスの構成因子であるRIPK3によってUlk1の746番目のセリンのリン酸化が起きることが新規オートファジー/別名GOMEDの誘導に必要であることを見出した。そこで、既に作製済の抗リン酸化Ulk1抗体が新規オートファジー/GOMEDの測定に使えることから本研究においてその応用を行った。2023年度に引き続き2024年度に以下の研究を行った。
【研究1 Ulk1結合分子の探索とその役割の解明】抗リン酸化Ulk1抗体を用いて免疫沈降後に結合タンパク質のMS/MS解析を行うことで、リン酸化Ulk1結合タンパク質を複数同定し、ゴルジ体に局在するものに注目して細胞染色を行って各々の局在を調べた。
【研究2 抗リン酸化抗体を用いた生体内での新規オートファジー活性測定】抗リン酸化Ulk1抗体を用いた免疫組織化学により、マウスの脳組織を含めた複数の組織の細胞において通常状態でリン酸化Ulk1陽性の新規オートファジーが活性化していることを見出した。さらに内在性基質であるインテグリンalpha5がリソソーム内で蓄積しており、GOMEDが起きていることが示唆された。
【研究3 新規オートファジー不全マウスの解析による新規オートファジーが組織維持に関わるメカニズムの解明】以前の研究に基づいて、新規オートファジー/GOMED不全マウスを新たに作製した。これらのマウスは神経、運動異常をきたす結果を得ており、以前のWipi3ノックアウトマウスの表現型と酷似する結果を得た。
【研究4 新規オートファジー誘導物質のマウスへの効果】所属研究室では、これまでに新規オートファジー誘導化合物を複数同定している。研究3のマウスの解析を行い次年度の投与実験を模索する。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

リン酸化Ulk1結合タンパク質を複数同定し、その中にGOMEDが起きるゴルジ体に局在するタンパク質が含まれており、細胞染色実験が順調に進んでいる。また抗リン酸化Ulk1抗体を用いた解析でマウスの脳組織等複数の組織において通常状態でGOMEDが活性化していることを見出しており、Ulk1リン酸化およびGOMEDの生理機能の解明が進むことが期待できる。さらに、GOMED不全マウスの作製が完了して表現型の結果が出ていることから、組織におけるこれらの役割が解明できると考えている。このことから進歩が順調に進んでいると考えている。

Strategy for Future Research Activity

【研究1 Ulk1結合分子の探索とその役割の解明】2023年度にリン酸化Ulk1結合タンパク質を複数同定し、2024年度に同定したタンパク質の中でゴルジ体に関する機能を持つ物から候補を絞り、細胞の挙動を調べた。今後さらにその新規オートファジーでの役割を明らかにする。具体的には、リン酸化Ulk1との結合(変化)、細胞内での局在(変化)、ノックダウンによる新規オートファジー/GOMEDでの必要性の検討、その生理活性と新規オートファジー誘導との関連性を明らかにする。
【研究2 抗リン酸化抗体を用いた生体内での新規オートファジー活性測定】抗リン酸化Ulk1抗体とGOMED基質であるインテグリンα5抗体を用いた免疫組織化学を用いて、新規オートファジーの活性を時空間的にモニタリングする。
【研究3 新規オートファジー不全マウスの解析による新規オートファジーが組織維持に関わるメカニズムの解明】新規オートファジー/GOMED不全マウスを新たに作製し、運動機能障害といった表現型解析を行った。これらのデータを蓄積させるとともに神経細胞、グリア細胞、ミクログリアの変化の解析を行う。また神経症状以外の異常に関しても適宜観察を行う。新規オートファジー欠損が細胞異常に関わるメカニズムとして、細胞での分泌タンパク質の変化、インテグリンalpha5などの細胞膜タンパク質の発現変化などの関与が考えられる。そこで、変異マウスの組織、細胞において、これらのタンパク質にどのような変化が生じているかを免疫組織化学などで明らかにする。
【研究4 新規オートファジー誘導物質のマウスへの効果】所属研究室で同定した新規オートファジー誘導化合物を、上記マウスに投与することで、神経症状等病態を緩和できるか有効性を検討する。

Report

(2 results)
  • 2024 Research-status Report
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2024 2023

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 6 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] <i>BCR::ABL1</i>‐induced mitochondrial morphological alterations as a potential clinical biomarker in chronic myeloid leukemia2024

    • Author(s)
      Suzuki Kohjin、Watanabe Naoki、Torii Satoru、Arakawa Satoko、Ochi Kiyosumi、Tsuchiya Shun、Yamada Kazuhiro、Kawamura Yoko、Ota Sadao、Komatsu Norio、Shimizu Shigeomi、Ando Miki、Takaku Tomoiku
    • Journal Title

      Cancer Science

      Volume: 116 Issue: 3 Pages: 673-689

    • DOI

      10.1111/cas.16424

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Presence of Gut Microbiota Worsens D‐Galactosamine and Lipopolysaccharide‐Induced Hepatic Injury in Mice2024

    • Author(s)
      Ohshima Kazuma、Torii Satoru、Shimizu Shigeomi
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 30 Issue: 1 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1111/gtc.13183

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ULK1-regulated AMP sensing by AMPK and its application for the treatment of chronic kidney disease2024

    • Author(s)
      Yanagi T、Kikuchi H、Takeuchi K、Susa K、Mori T、Chiga M、Yamamoto K、Furukawa A、Kanazawa T、Kato Y、Takahashi N、Suzuki T、Mori Y、Carter B.、Mori M、Nakano Yu、Fujiki T、Hara Y、Suzuki S、Ando F、Mandai S、Honda S、Torii S、Shimizu S、Tanaka H、Fujii Y、Rai T、Uchida S、Sohara E
    • Journal Title

      Kidney International

      Volume: 106 Issue: 5 Pages: 887-906

    • DOI

      10.1016/j.kint.2024.08.024

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Alternative autophagy dampens UVB-induced NLRP3 inflammasome activation in human keratinocytes2024

    • Author(s)
      Hasegawa Tatsuya、Noguchi Saori、Nakashima Masaya、Miyai Masashi、Goto Makiko、Matsumoto Yuko、Torii Satoru、Honda Shinya、Shimizu Shigeomi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 300 Issue: 4 Pages: 107173-107173

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2024.107173

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Uncovering the Localization and Function of a Novel Read-Through Transcript ‘TOMM40-APOE’2023

    • Author(s)
      Chang Shichen、Torii Satoru、Inamo Jun、Ishikawa Kinya、Kochi Yuta、Shimizu Shigeomi
    • Journal Title

      Cells

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 69-69

    • DOI

      10.3390/cells13010069

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Involvement of casein kinase 1 epsilon/delta (Csnk1e/d) in the pathogenesis of familial Parkinson's disease caused by <scp>CHCHD2</scp>2023

    • Author(s)
      Torii Satoru、Arakawa Satoko、Sato Shigeto、Ishikawa Kei‐ichi、Taniguchi Daisuke、Sakurai Hajime Tajima、Honda Shinya、Hiraoka Yuuichi、Ono Masaya、Akamatsu Wado、Hattori Nobutaka、Shimizu Shigeomi
    • Journal Title

      EMBO Molecular Medicine

      Volume: 15 Issue: 9

    • DOI

      10.15252/emmm.202317451

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An Overview of Golgi Membrane-Associated Degradation (GOMED) and Its Detection Methods2023

    • Author(s)
      Sakurai Hajime Tajima、Arakawa Satoko、Yamaguchi Hirofumi、Torii Satoru、Honda Shinya、Shimizu Shigeomi
    • Journal Title

      Cells

      Volume: 12 Issue: 24 Pages: 2817-2817

    • DOI

      10.3390/cells12242817

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] パーキンソン病における変異CHCHD2局在異常の低分子化合物による改善2024

    • Author(s)
      鳥居暁, 細谷孝充, 清水重臣.
    • Organizer
      第22回日本ミトコンドリア学会年会
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Presentation] CHCHD2遺伝子変異による家族性パーキンソン病発症でのカゼインキナーゼ1ε/δの関与2024

    • Author(s)
      鳥居暁, 荒川聡子, 佐藤栄人, 石川景一, 谷口大祐, 桜井一, 本田真也, 平岡優一, 尾野雅哉, 赤松和土, 服部信孝, 清水重臣.
    • Organizer
      第32回日本Cell Death学会学術集会
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Presentation] Involvement of casein kinase 1 epsilon/delta (Csnk1e/d) in the pathogenesis of familial Parkinson’s disease caused by CHCHD22023

    • Author(s)
      Satoru Torii
    • Organizer
      The 18th international Symposium of the institute Network for Biomedical Science
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] CHCHD2遺伝子変異による家族性パーキンソン病発症でのカゼインキナーゼ1ε/δの関与2023

    • Author(s)
      鳥居暁、荒川聡子、佐藤栄人、石川景一、谷口大祐、桜井一、本田真也、平岡優一、尾野雅哉、赤松和土、服部信孝、清水重臣
    • Organizer
      第22回日本ミトコンドリア学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] CHCHD2遺伝子変異による家族性パーキンソン病発症でのカゼインキナーゼ1ε/δ(Csnk1e/d)の関与2023

    • Author(s)
      鳥居暁、荒川聡子、佐藤栄人、石川景一、谷口大祐、桜井一、本田真也、平岡優一、尾野雅哉、赤松和土、服部信孝、清水重臣
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 鳥居暁2023

    • Author(s)
      Involvement of casein kinase 1 epsilon/delta (Csnk1e/d) in the pathogenesis of familial Parkinson’s disease caused by CHCHD2
    • Organizer
      2023年度難治疾患研究所研究発表会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2023-04-13   Modified: 2025-12-26  

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