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Accumulation of genomic aberrations in multiple, overlapping, and recurrent cancers, and development of optimal therapies based on homologous recombination repair deficiency

Research Project

Project/Area Number 23K06476
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 49020:Human pathology-related
Research InstitutionNational Cancer Center Japan

Principal Investigator

森 泰昌  国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (00296708)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywords頭頸部扁平上皮癌 / ゲノム解析 / 相同組換え修復異欠損 / 分子病理 / 頭頸部がん / 重積・多発がん / HRD
Outline of Research at the Start

口腔癌・頭頸部扁平上皮癌の問題は重積・多発ならびに繰り返し再発する腫瘍の制御である。しかしながら現状では繰り返し発症する腫瘍に対する治療法は無く、対処的な切除を繰り返すのみであり、重積する理由や評価方法、治療方法については全くなされていない。本申請研究では、重積・多発口腔扁平上皮癌症例を対象としてゲノム異常の蓄積、相同組換え修復異欠損(Homologous Recombination Deficiency/HRD)の評価ならびに口腔頭頸部扁平上皮癌に特化したリスク評価方法の確立を行う。DNA修復機能の喪失あるいはゲノム恒常性維持の破綻、及びゲノム異常についての詳細な統合解析を行う。

Outline of Annual Research Achievements

口腔癌・頭頸部扁平上皮癌の現在最も解決しなければならない問題は重積・多発ならびに繰り返し再発する腫瘍の制御である。しかしながら現状では繰り返し発症する腫瘍に対する治療法は無く、対処的な切除を繰り返すのみであり、重積する理由や評価方法、治療方法については全くなされていない。本申請研究では、重積・多発口腔扁平上皮癌症例を対象としてゲノム異常の蓄積、相同組換え修復異欠損(Homologous Recombination Deficiency/HRD)の評価ならびに口腔頭頸部扁平上皮癌に特化したリスク評価方法の確立を行う。DNA修復機能の喪失あるいはゲノム恒常性維持の破綻、及びドナー由来のゲノム異常についての詳細な統合解析を目的として、一部症例については全ゲノム解析も行っている。現在まで頭頸部扁平上皮癌(中咽頭癌16例、口腔癌25例について下記の解析を進めている。1.臨床情報の整理と更新
2010~2022年に当科で外科的根治治療例の匿名化された詳細な臨床情報のデータベースはすでに作成済みである。抽出した項目は下記14項目である。転機については随時更新を行う。①性別、②年齢、③原発部位、④TNM、⑤病期、⑥臨床所見、⑦重複癌の有無、⑧喫煙・飲酒歴、⑨p16ステータス、⑩治療内容(手術日、術式、術後治療)、⑪切除検体所見(切除断端、断端距離、CISの有無、Ex)、⑫再発の有無、⑬再発治療内容、⑭転帰(転機は随時更新する)。
2.ゲノム解析 採取した腫瘍組織からDNA、RNAを抽出し、以下の解析の実施を進めている。
a)遺伝子変異解析・HRD解析次世代シーケンサーを用いて全エクソン解析を施行する。b)コピー数解析
次世代シーケンサーの解析パイプラインで得られた変異データとリード配列のアライメントデータを使用し、Golden Helix社のVar Seqを使用し染色体全体の網羅的コピー数解析。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

現在まで頭頸部扁平上皮癌(中咽頭癌16例、口腔癌25例)についてエクソーム解析、HRD解析が完了しており、順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

今後、さらなる症例の蓄積とバイオロジーについて解析を進めていく予定である。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2023

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Clinical and pathological features of second primary neoplasms arising in head and neck reconstructive skin flaps2023

    • Author(s)
      Eguchi Kohtaro、Kobayashi Kenya、Honma Yoshitaka、Ryo Eijitsu、Sakyo Airi、Yokoyama Kazuki、Watanabe Takane、Aihara Yusuke、Sakai Azusa、Matsumoto Yoshifumi、Sakai Toshihiko、Omura Go、Yatabe Yasushi、Yoshimoto Seiichi、Mori Taisuke
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 0-0

    • DOI

      10.1038/s41598-023-38122-9

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome Doubling Shapes High-Grade Transformation and Novel EWSR1::LARP4 Fusion Shows SOX10 Immunostaining in Hyalinizing Clear Cell Carcinoma of Salivary Gland2023

    • Author(s)
      Kobayashi Kenya、Kawazu Masahito、Yoshimoto Seiichi、Ueno Toshihide、Omura Go、Saito Yuki、Ando Mizuo、Ryo Eigitsu、Sakyo Airi、Yoshida Akihiko、Yatabe Yasushi、Mano Hiroyuki、Mori Taisuke
    • Journal Title

      Laboratory Investigation

      Volume: 103 Issue: 10 Pages: 100213-100213

    • DOI

      10.1016/j.labinv.2023.100213

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Strategic Approach to Heterogeneity Analysis of Cutaneous Adnexal Carcinomas Using Computational Pathology and Genomics2023

    • Author(s)
      Nishimura Yuuki、Ryo Eijitsu、Inoue Satoshi、Kawazu Masahito、Ueno Toshihide、Namikawa Kenjiro、Takahashi Akira、Ogata Dai、Yoshida Akihiko、Yamazaki Naoya、Mano Hiroyuki、Yatabe Yasushi、Mori Taisuke
    • Journal Title

      JID Innovations

      Volume: 3 Issue: 6 Pages: 100229-100229

    • DOI

      10.1016/j.xjidi.2023.100229

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] High‐grade intraductal carcinoma of the parotid gland harboring <scp><i>CTNNA1</i></scp>::<scp><i>ALK</i></scp> rearrangement: Changes in genetic status using genetic testing during treatment with an <scp>ALK</scp> inhibitor2023

    • Author(s)
      Watanabe Takane、Honma Yoshitaka、Yonemori Kan、Sunami Kuniko、Yoshimoto Seiichi、Mori Taisuke
    • Journal Title

      Head &amp; Neck

      Volume: 46 Issue: 3

    • DOI

      10.1002/hed.27587

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Book] 口腔癌2023

    • Author(s)
      桐田 忠昭、原田 浩之
    • Total Pages
      724
    • Publisher
      医歯薬出版
    • ISBN
      9784263423158
    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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