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Molecular mechanism of antiviral immune response by RNA-induced phase separation

Research Project

Project/Area Number 23K06557
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 49060:Virology-related
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

尾野本 浩司  千葉大学, 真菌医学研究センター, 助教 (10612202)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywordsウイルス感染 / 自然免疫 / ストレス顆粒 / RNA相分離
Outline of Research at the Start

これまでに非膜性の細胞内構造体であるStress Granule (SG)などのRNA顆粒が、液-液相分離(RNA相分離)と呼ばれる現象により形成され、転写・翻訳・シグナル伝達誘導など様々な生理機能に関与していることが明らかとなり注目を集めている。しかし、ウイルスRNA誘導性のRNA相分離の詳しい形成機構や抗ウイルスシグナルにおける制御機構、個々のウイルスにおける生理機能などについては殆ど分かっていない。そのため非自己RNA誘導性のRNA相分離の理解が進めば、抗ウイルス自然免疫応答の解明及びRNA相分離を創薬の標的した新規抗ウイルス薬・予防薬の開発に繋がる可能性があると考えられる。

Outline of Annual Research Achievements

近年、RNAとタンパク質の相互作用による『液-液相分離』(RNA相分離) 現象がストレス顆粒を含むRNA顆粒の形成機構であり、細胞の恒常性維持に重要な役割を担っていることが明らかにされつつある。そこで本研究計画では、抗ウイルス自然免疫応答におけるRNA相分離の形成機構及びその生理機構の解明を目的として解析を行っている。
本年度は、ウイルス由来の非自己RNA誘導性のRNA相分離内に局在する分子の生化学的な手法による単離・精製を行った。また並行してsiRNAライブリーを用いてRNA相分離の形成及び細胞室内ウイルスRNAセンサーであるRIG-I-Like Receptor (RLR)を介したIFNシグナルに関与する分子のスクリーニング解析を行った。その結果、これまでにRNA結合タンパク質や脱ユビキチンに関与する複数の分子がRNA相分離形成及びIFNシグナルに関与する新規分子として同定することが出来た。そこで次に、培養細胞を用いて標的分子の過剰発現及びsiRNAやCRISPR/Casを用いた遺伝子発現抑制実験を行い、ウイルス感染時のRNA相分離形成及び各種オルガネラとの相互作用を超解像顕微鏡を用いた蛍光免疫染色で、抗ウイルス応答への影響をWBやReal Time PCRなどでそれぞれ解析した。RNA相分離形成及びIFN産生への関与が確認できた分子については、その詳細な分子機構の解明を行った。さらにin vivoにおける機能を解析するためKOマウスを入手し、生体内での機能を解明するために解析を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ウイルス由来の非自己RNA誘導性のRNA相分離内に局在する分子を複数の分子を得ることが出来た。さらに標的候補分子群の中にはRNA相分離形成を制御する分子や抗ウイルス自然免疫応答に関与する分子を同定することが出来た。さらに標的分子のKOマウスを共同研究先から分与してもらうことができたため、今後は生体内における機能を解析していく予定である。またウイルスタンパク質による宿主細胞内のRNA相分離の阻害機構の解明についても、培養細胞を用いた解析によりRNA相分離阻害タンパク質を同定しつつあり現在その詳細な機能について解析を行っている。一方で、生化学的手法を用いたRNA相分離の単離・精製及びその網羅的解析については使用する細胞株及びウイルス種の選定に少々時間がかかっているが、条件が整い次第解析を進める予定である。

Strategy for Future Research Activity

本年度までに行った解析を引き続き進める。特にこれまでに同定した2つの標的分子については既に論文化に向けた作業を進めており、来年度内での論文発表を目指す。またマウスを用いた解析については、ウイルス感染実験を行い、生体内のIFNなどのサイトカインやウイルス量の測定、免疫組織染色による各組織におけるRNA相分離形成の解析により標的分子の生理的機能を明らかにする。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Caspase-mediated processing of TRBP regulates apoptosis during viral infection2024

    • Author(s)
      Shibata Keiko、Moriizumi Harune、Onomoto Koji、Kaneko Yuka、Miyakawa Takuya、Zenno Shuhei、Tanokura Masaru、Yoneyama Mitsutoshi、Takahashi Tomoko、Ui-Tei Kumiko
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: gkae246 Issue: 9 Pages: 5209-5225

    • DOI

      10.1093/nar/gkae246

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mechanisms of length-dependent recognition of viral double-stranded RNA by RIG-I2023

    • Author(s)
      Im Jung Hyun、Duic Ivana、Yoshimura Shige H.、Onomoto Koji、Yoneyama Mitsutoshi、Kato Hiroki、Fujita Takashi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 6318-6318

    • DOI

      10.1038/s41598-023-33208-w

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] TRBP regulates RLR-mediated antiviral innate immune signal2024

    • Author(s)
      Koji Onomoto, Monami Sakai, Miyu Watanabe, Tomoko Takahashi, Kumiko Ui-Tei, Mitsutoshi Yoneyama
    • Organizer
      10th Global Network Forum (Host-pathogen interaction in respiratory infectious diseases
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 千葉大学真菌医学研究センター 感染免疫分野 米山研究室ホームページ

    • URL

      http://www.pf.chiba-u.ac.jp/project_immuneresponses/

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] 千葉大学真菌医学研究センター ホームページ

    • URL

      http://www.pf.chiba-u.ac.jp/research/project/yoneyama.html

    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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