| Project/Area Number |
23K06931
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 52020:Neurology-related
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| Research Institution | Kagoshima University |
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Principal Investigator |
安藤 匡宏 鹿児島大学, 鹿児島大学病院, 特任助教 (60896976)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
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| Keywords | 遺伝性ニューロパチー / 遺伝子解析 / リピート異常伸長 / ロングリードシークエンサー / CMT / NGS / short read/long read / novel gene / novel repeat expansion |
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| Outline of Research at the Start |
遺伝性ニューロパチー(IPN)は臨床的遺伝的に多様で, まだ遺伝子診断できていない症例が数多く存在する．我々はIPNの診断率向上や解析効率向上を目指し, 次世代シークエンサーを用いたパネル解析, 全エクソーム解析を継続するとともに, リピート伸張異常の探索としてRP-PCRやamplicon length, long read sequencerであるGridIONを用いた解析を行う．またそれらで遺伝子診断がなされた症例に対しては臨床的・遺伝的特徴を明らかにする．
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| Outline of Annual Research Achievements |
遺伝性ニューロパチー（Inherited Peripheral Neuropathy: IPN）やその代表例であるCharcot-Marie-Tooth病（CMT）の遺伝子診断精度を向上させるには、網羅的遺伝子解析に加えてリピート異常伸長の解析が不可欠である。申請者は、RやPythonを用い、網羅的遺伝子解析から得られた膨大なデータを処理するパイプラインを自ら構築した。この開発されたシステムは、既報告の変異の特定、特定遺伝子の表現型表示、ACMG/AMPガイドラインに準拠した遺伝子変異の病原性評価といった機能を実現している。同システムを用いて、複数のシークエンスデータを横断的に解析し、国内のCMT/IPN患者の遺伝学的特徴を明らかにすると共に、遺伝子診断が行われた症例の疫学データや臨床的特徴も明らかにする。さらに、これらの横断的解析を通じて、新規原因遺伝子の同定も目指している。CMT/IPN症例におけるリピート解析では、末梢神経障害を示す既知のリピート異常伸長の他、末梢神経障害を伴わない遺伝性神経筋疾患で報告されているリピート伸張異常も解析対象とし、これらの疾患の臨床スペクトラムの拡大を図っている。リピート異常伸長の解析には、repeat-primed PCRやamplicon length PCRによるスクリーニングを経て、ロングリードシークエンサー（GridIon）を使用した全ゲノム解析やadaptive sampling解析が行われる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
構築した解析パイプラインにて効率的な解析が可能となっており，診断精度の向上と解析にかかる時間の短縮が得られている．さらに別の遺伝性疾患 (遺伝性痙性対麻痺や脊髄小脳変性症）の遺伝子解析データにも同様の解析パイプラインの利用を行い，それらの解析においても同様の診断精度の向上, 解析時間短縮などが得られている．また遺伝性ニューロパチーや脊髄小脳変性症などの疾患に対するリピート異常伸長の解析も継続して行い，新たに発見された遺伝性神経筋疾患の本邦における遺伝学的特徴や臨床的特徴を明らかにした．それらの結果は臨床情報も含めて論文化を行っている．
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| Strategy for Future Research Activity |
現在の解析パイプラインを継続的に使用し、遺伝子解析を行っていく。解析パイプラインに使用される各種データベースは、定期的なアップデートが必要となる。したがって、適宜改良およびアップデートを実施していく予定としている。現在、ロングリードシークエンサーを用いた全ゲノム解析を進めており、これらのデータを蓄積して、横断的に解析する。これにより、従来のパネル解析や全エクソーム解析では同定できなかったイントロン領域における病的変異や新規のリピート異常伸長の同定を目指す。
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