| Project/Area Number |
23K07365
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 53010:Gastroenterology-related
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
喜多村 晃一 国立感染症研究所, ウイルス第二部, 主任研究官 (70378892)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2027-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2026: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | B方肝炎ウイルス / ウイルス変異 / B型肝炎ウイルス |
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| Outline of Research at the Start |
B型肝炎ウイルス（HBV）は肝臓の主要な発がんウイルスで、その感染の持続にはcovalently closed circular DNA（cccDNA）と呼ばれるウイルスDNAが感染細胞核内でミニ染色体として存在することが必須である。現在これを除去する有効な治療法は無く、B型肝炎の根治が難しい理由となっている。我々はこれまでの研究でcccDNAに作用するウイルスゲノム改変因子やDNA修復因子を解析してきた。本研究では、これまでに開発したcccDNA解析系と次世代シークエンス解析の活用により、cccDNAに関わる分子機構の詳細と病理学的役割の解明をめざす。
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| Outline of Annual Research Achievements |
B型肝炎ウイルス（HBV）は肝臓の主要な発がんウイルスで、感染者数は世界で約2.9億人と推定されている。HBV慢性感染により、肝炎から肝硬変や肝がんへと進行していくが、この感染の持続にはcovalently closed circular DNA（cccDNA）と呼ばれるウイルスDNAが感染細胞核内でミニ染色体として存在することが必須である。現在これを除去する有効な治療法は無く、B型肝炎の根治が難しい理由となっている。我々はこれまでの研究でcccDNAに高頻度突然変異やDNA分解を引き起こすウイルスゲノム改変因子、cccDNA形成や変異修復に関わる宿主DNA修復因子を複数同定してきた。本研究では、cccDNA改変分子機構の詳細な解析と、改変作用の結果生じる病態変化を明らかにし、その病理学的役割の解明をめざす。本年度は、網羅的な変異解析の基盤技術構築を目的として、Nanoporeシークエンスの精度についてバージョンアップされたフローセルR10.4.1を用いた検討を行った。ロングリード解析を可能とするNanoporeシークエンスは同一塩基が連続する配列においてbasecallingの精度に問題があったが、新たなフローセルでこの点を改善することができた。これまでの知見から、APOBEC3Gは連続する塩基（マイナス鎖のC）にpreferenceがあるので、この点の改善は重要である。今後は計画どおりこれを用いてcccDNA変異パターンの解析をrolling circle amplification（RCA）法と組み合わせてロングリードで行い、変異導入因子と修復因子の変動によるcccDNA変異の全容を明らかにしたい。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
HBVに変異を導入する宿主因子APOBEC3GはCpC dinucleotideをターゲットとしやすいが、Nanoporeシークエンスはこのような連続する同一塩基にエラーが起きやすいという問題があった。R10.4.1フローセルにすることで、この問題が改善されより正確なデータを得ることができる。
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| Strategy for Future Research Activity |
次世代シークエンスによるcccDNAのロングリード解析の準備ができたので、引き続きDNA改変因子の作用について検討を進める。
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