全ゲノム解析を用いたHPV16関連中咽頭癌におけるHPVの亜系統の分布解明と予後との相関

• Project/Area Number: 23K08962
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 56050:Otorhinolaryngology-related
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 岸川 敏博 大阪大学, 大学院医学系研究科, 招へい教員 (20756944)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 佐々 暢亜 大阪大学, 医学部附属病院, 医員 (90882241)
• Project Period (FY): 2023-04-01 – 2026-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2023)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2025: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000); Fiscal Year 2024: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2023: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
• Keywords: HPV16関連中咽頭癌

Outline of Research at the Start

ヒトパピローマウイルス（human papillomavirus, HPV）関連中咽頭癌では、原因となるHPVの殆どをHPV16が占める。HPV16はゲノム配列の違いよって4つの系統（lineage）と16の亜系統（sublineage）に分類される。本研究では、日本人集団のHPV16関連中咽頭癌300例を対象に大規模なHPV16全ゲノムシーケンスを行い、本邦におけるHPV16亜系統の分布を明らかにするとともに一塩基多型（SNP）を検出する。更に、HPV16の亜系統やSNPと予後との相関について解析し、新たな予後因子を確立する。

Outline of Annual Research Achievements

2023年4月までに研究に参加している多施設よりHuman papillomavirus（HPV）16関連中咽頭癌296例、延べ341の腫瘍検体を収集した。各検体からDNAを抽出し、それらを用いてHPV16 マルチプレックスPCRを実施した。得られたHPV16ゲノムを増幅したPCR産物を用いて次世代シーケンサーによるHPV全ゲノム解析を実施した。引き続き多施設で集積したHPV16関連中咽頭癌127例127検体を用いて同様にHPV全ゲノム解析を実施した。クオリティの保たれた465検体のシークエンスデータを用いて系統解析を実施し、日本における中咽頭癌関連HPVの系統分布を明らかにした。また、メタデータが集積可能な約380例を用いた予後解析を実施している。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

予定より早く、目標とした300例以上のHPV16関連中咽頭癌のHPV16ゲノムDNAを集積し、解析を開始できている。

Strategy for Future Research Activity

現段階で集積したシークエンスデータについて解析を行うことで2024年度中の論文投稿、学会発表を目指す。