Circular RNA analysis and biomarker search for head and neck cancer
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23K08981
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 56050:Otorhinolaryngology-related
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| Research Institution | Hamamatsu University School of Medicine |
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Principal Investigator |
望月 大極 浜松医科大学, 医学部附属病院, 助教 (40467246)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
今井 篤志 浜松医科大学, 医学部附属病院, 講師 (30794309)
三澤 清 浜松医科大学, 医学部, 教授 (90334979)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2024: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
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| Keywords | 頭頸部癌 / 環状RNA / バイオマーカー |
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| Outline of Research at the Start |
環状RNAはmiRNAを取り込むスポンジ機能だけでなく、癌の増殖、転移、耐性獲得などに関連している。さらにRNAメチル化であるm6Aが環状RNAにも豊富に存在し、その機能を調節している。子宮頸癌でHPVが環状RNA生成、及びm6AによりE7癌たんぱく質を調節していると報告されている。我々は、頭頸部癌において、腫瘍・正常検体さらにはリキッドバイオプシーを用いDNA及びRNAメチル化と癌化機構を特に研究してきた。今回は網羅的環状RNA解析による、環状RNAとRNAメチル化の機能解明、特にHPV陽性中咽頭癌でのリキッドバイオプシーを用いた、環状RNA同定によるバイオマーカーの確立を目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
既にm6A量評価をしている、癌部と非癌部の臨床検体ペア44サンプルに対して、m6A量の豊富な検体からまずは網羅的環状RNA検索を行う。Total RNAを抽出後、poly-A tailを持たないものだけ、つまりは環状RNAで測定確認。またArrays tar circRNA arrayにて環状RNAの特定を行い、非癌部と比較することで、頭頸部癌特異的な環状RNAの候補を検討する。同定した候補環状RNAに特異的なプライマーを作成し、RT-qPCRにて検体全体の解析をすすめる。現在までにTotal RNAでのm6A評価はおこなっているが、環状RNAのみでのm6A量の評価も当科の保持している頭頸部癌検体で行う。それ以外も含め40症例で血液検体を収集しており、cfRNA収集も可能であることを確認している。それらの症例毎にcfRNAからの環状RNA同定を試みるまずはパイロットスタディとして、保有しているHPV関連頭頸部癌細胞株からのRNAにて、環状RNAを同定し、circE7がどの程度関与しており、子宮頸癌同様にE7癌タンパクを調節しているかを確認する。またHPVの頭頸部癌での癌化機構はまだ不明な点が多いため、RNA scopeを使い、HPV関連癌のHPV E6, E7をin situ hybridizationにて評価する。さらに環状RNAについてもBaseScope Assayで評価を検討する。その後にHPV関連中咽頭癌の臨床血液検体からのcfRNAを用いて、同様に環状RNAの同定、circE7に関しての評価を行う。それにより環状RNAおよびm6Aが実際の中咽頭癌検体でもcircE7を通してE7癌タンパクを制御しているのかを解明する。RNAの局在に関しても、細胞株実験同様にあきらかにしていく。頭頸部癌検体、特にHPV陽性検体で上述の解析手段を用いて総合的に評価していく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
網羅的環状RNA解析による、環状RNAとRNAメチル化の機能解明、特にHPV陽性中咽頭癌でのリキッドバイオプシーを用いた、環状RNA同定によるバイオマーカーの同定を試みている。
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| Strategy for Future Research Activity |
頭頸部癌での環状RNAにm6Aがどのように関与しているのか、特に中咽頭癌ではHPV自体が環状RNA及びメチル化に関与しているのか、さらなる環状RNAの解析・解明が課題となっている。頭頸部癌に特異的な候補環状RNAを同定し、さらには診療ステージにあわせたバイオマーカーとしての、リキッドバイオプシーの活用も期待される。さらには中咽頭へのHPV感染部位、前がん病変などのまだ解明されていない生活環・動態の知見
を蓄積したい。
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Report
(1 results)
Research Products
(3 results)
