| Project/Area Number |
23K09030
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 56060:Ophthalmology-related
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| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
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Principal Investigator |
池田 陽子 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員講師 (00433243)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田代 啓 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10263097)
大見 奈津江 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (10438210)
田中 雅深 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (10444994)
木下 茂 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30116024)
外園 千恵 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30216585)
森 和彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員教授 (40252001)
上野 盛夫 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (40426531)
徳田 雄市 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (40833661)
中野 正和 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (70381944)
今井 浩二郎 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (70728443)
三重野 洋喜 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (80624387)
吉井 健悟 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (90388471)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | 視野進行 / 緑内障 / 全ゲノム解析 / MD slope / 遺伝子 / 原発開放隅角緑内障 / ASA / 正常眼圧緑内障 / 視野障害 / 進行速度 / MDスロープ |
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| Outline of Research at the Start |
視野障害の進行速度を表すmean deviation slopeを用いて患者群を進行の速さで2 群（早い・遅い）を選定・分類し、アジア人に特化した700K のAsian Screening Arrayを用いた全ゲノム解析を行って、視野障害進行速度に関わるバリアントを同定する。また視野障害進行速度に関わる臨床因子も併せて解析することにより基礎と臨床の両面から緑内障視野障害の進行速度について解明する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
我々が保有する緑内障の遺伝子解析対象症例より、視野障害進行速度が速いか遅いかの2群に分類可能なMD slopeのカットオフ値を決定する研究を引き続き行っている。令和6年度は、まず広義原発開放隅角緑内障（POAG）でDNAアレイ「ASA」による全ゲノム情報を取得済、かつ解析時点のMD値が両眼とも-10dB以上を対象症例としてMD slopeの算出を行った。算出できた症例は214例（POAG: 正常眼圧緑内障（NTG）=36:178、平均年齢：58.7±10.0歳、男女比 81：133、平均経過観察期間は8.1±4.0年）となり、平均MD slopeは-0.27±1.3dB/yだった。
次にCallRate≧0.95、MAF≧0.05、HWE≧0.001を満たすASAデータを用いて、従属変数：MD Slope、独立変数：各SNP（アディティブモデル）、共変量：性別、年齢、病型（POAG/ NTG）及び初回MD値による線形回帰分析を統計ソフトウェア「R（ver.4.4.2）」により行い、MD slopeに関わるSNPの同定を試みた。多重検定はBonferroni補正を用い、有意水準はp = 1.65e-07とした。その後、外れ値の2例を除いて、計212例（POAG:NTG=35:177、平均年齢：58.8±10.0歳、男女比 81：131、平均算出期間は8.0±4.0年）、平均MD slopeが-0.17±0.46dB/yのデータで解析を行った。その結果、p <1.0e-05を満たすSNPが3個、p <1.0e-04を満たすSNPが29個同定された。またそれら32 SNPsの内、NCBIの情報より近傍遺伝子は13個あることも判明した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ASAデータを用いた全ゲノム領域のSNPsを対象とする線形回帰分析により、ある程度有意にMD slopeに関わると考えられる32 SNPsと、NCBIのデータベース上でそれらの近傍遺伝子として浮上した13個を同定した。これにより、令和6年度中にMD slopeのカットオフ値の割り出しに必要な情報を揃えることに成功した。また、引き続き再現性取得実験に用いることが可能となる新たな症例の蓄積も順調に進行している。特に、視野進行障害に関わる臨床因子を解析する目的としては、現在278例を超すデータの整理が完了している。以上のことより、現在までに本研究はおおむね順調に進んでいると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
MD slopeに関わると考えられる同定された32個のSNPの中から、近傍遺伝子が判明しているバリアントを中心にリスクアレルの保有者情報を利用して、視野障害進行が速い群、遅い群の2群を分けることができるMD slopeのカットオフ値を探索する。
今後は、今回同定したMD slopeに関わるSNPsの再現性を、①ASAデータ取得済症例で、経過観察期間が伸びたことでMD slope の算出が可能になった症例、②MD slope算出可能症例で新規にASAデータを取得する症例の、①②を合わせての実験および解析を通して検証する。またASAデータの有無に関わらず、視野進行の判別が可能なPOAG、NTGの症例の整理及び検証済み臨床データを増やし、視野障害の進行に関わる臨床因子を多重ロジスティック解析にて同定する。最終的には令和6年度に解析に用いた症例と、令和7年度に再現性取得を行う症例を併せてメタ解析を行い、より有意に視野障害進行に関わる遺伝子やバリアントの同定も目指す。
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