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Integrated analysis of single nucleotide polymorphisms associated with "nonsyndromic" cleft lip and palate

Research Project

Project/Area Number 23K09149
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 57020:Oral pathobiological science-related
Research InstitutionTokyo Medical and Dental University

Principal Investigator

船戸 紀子  東京医科歯科大学, 統合研究機構, 准教授 (10376767)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2025: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywords一塩基多型 / 口蓋裂 / SNP / 口唇口蓋裂 / 非症候群性
Outline of Research at the Start

本研究では、口唇口蓋裂リスクSNPの統合的な解析を通じて、非コード領域に存在するリスクSNPが口唇口蓋裂発症につながる分子病態を明らかにすることを目的としている。そのため、in silico, in vitro, および in vivo の手法を用いて統合的な解析を行う。
■ 計画1. 日本人・東アジア人特異的な口唇口蓋裂リスクSNPの明確化
■ 計画2. 非コード領域に存在する口唇口蓋裂リスクSNPのデータ解析
■ 計画3. 口唇口蓋裂リスクSNPの生物学的機能評価

Outline of Annual Research Achievements

日本人・東アジア人は、口唇口蓋裂の発症頻度が高い民族である。ゲノムワイド関連解析(Genome-Wide Association Studies; GWAS)等により、「非症候群性」口唇口蓋裂に強い統計学的相関がある一塩基多型(Single Nucleotide Polymorphism: SNP)が200以上報告されている。しかし、リスクSNPがどのような生物学的変化を引き起こすのか、配列情報からは推定しかできない。そのため、SNPがどの遺伝子に影響を与え、なぜ疾患につながるのかといった発症メカニズムを調べることは、今後の重要な課題となっている。そこで本研究では、非コード領域に存在する「非症候群性」口唇口蓋裂リスクSNPに着目し、SNPに起因する遺伝子転写反応の分子機序解明をめざしている。
今年度は、申請者を研究代表者とする前年度までの基盤研究(20K09901)「DiGeorge症候群疾患遺伝子産物TBX1の新たな転写標的とその分子機構の解明」から、SNP解析を目的とした本課題研究(23K09149)「非症候群性口唇口蓋裂の発症リスクとなる一塩基多型の統合的解析」への流れの中で、国際共同研究を行った。その結果、ネアンデルタール人から変化したSNPがTBX1の発現およびホモ・サピエンスに特徴的な頭蓋底形態に寄与に関与する可能性を見出し、国際共著原著論文(査読あり国際誌、オープンアクセス)を発表した(Funato et al., Am J Hum Genet, 2024)。本課題研究で計画していた非症候群性口唇口蓋裂のリスクSNPについての研究も進行している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

国際共著原著論文(査読あり国際誌、オープンアクセス)を発表した(Funato et al., Am J Hum Genet, 2024)。本課題研究で計画である非症候群性口唇口蓋裂のリスクSNPについての研究も、計画通り進行している。

Strategy for Future Research Activity

本課題研究で計画していた非症候群性口唇口蓋裂のリスクSNPについての研究も進行している。また、時間が許せば、海外の国際学会にて参加・発表予定である。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (5 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Helsinki(フィンランド)

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] University of Barcelona(スペイン)

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Journal Article] A regulatory variant impacting TBX1 expression contributes to basicranial morphology in Homo sapiens2024

    • Author(s)
      Funato Noriko、Heliovaara Arja、Boeckx Cedric
    • Journal Title

      The American Journal of Human Genetics

      Volume: 111 Issue: 5 Pages: 939-953

    • DOI

      10.1016/j.ajhg.2024.03.012

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] DiGeorge症候群疾患遺伝子TBX1は口蓋形成においてmiR-200-ZEB2軸を標的にする2023

    • Author(s)
      船戸 紀子
    • Organizer
      第65回歯科基礎医学会学術大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] TBX1 associated with DiGeorge syndrome targets the miR-200-ZEB2 axis.2023

    • Author(s)
      Noriko Funato, Hiromi Yanagisawa.
    • Organizer
      Gordon Research Conference (Human Genetics and Genomics)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] EurekAlert! (日本版),2024年04月

    • URL

      https://www.eurekalert.org/news-releases/1041357?language=japanese

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] TMDU Press Release,2024年04月

    • URL

      https://www.tmd.ac.jp/english/press-release/20240412-1/

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] EurekAlert!,2024年04月

    • URL

      https://www.eurekalert.org/news-releases/1041357/

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] 日本の研究.com プレスリリース,2024年04月

    • URL

      https://research-er.jp/articles/view/132663

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] 東京医科歯科大学 プレスリリース,2024年04月

    • URL

      https://www.tmd.ac.jp/press-release/20240412-1/

    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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