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Identification of oral cancer neoantigens with proteogenomics HLA ligandome analysis

Research Project

Project/Area Number 23K09337
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 57060:Surgical dentistry-related
Research InstitutionSapporo Medical University

Principal Investigator

宮本 昇  札幌医科大学, 医学部, 助教 (80749565)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 宮崎 晃亘  札幌医科大学, 医学部, 教授 (10305237)
金関 貴幸  札幌医科大学, 医学部, 講師 (50531266)
Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
KeywordsHLAリガンドーム解析 / 免疫療法 / ネオアンチゲン / 口腔がん / プロテオゲノミクス
Outline of Research at the Start

免疫療法の新たな標的因子としてネオアンチゲンが注目され、従来の抗原を標的とした治療を上回る有効性が確認されている。ネオアンチゲンの同定にはin silicoで配列を予測する方法が広く行われているが、HLA結合モチーフを有するペプチドは常に提示されるわけではなく、予測されたペプチドが実際にはHLAに提示されていない問題やT細胞免疫応答を誘導しない問題が挙げられる。これらの問題を解決する方法としてマススペクトロメトリーを用いたプロテオゲノミクスHLAリガンドーム解析法が挙げられる。今回、我々が培った解析技術を活用し、口腔がんにおけるネオアンチゲンのHLA提示と患者T細胞反応の実像を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

ネオアンチゲンとは、がん細胞の遺伝子変異を含む抗原を指す。ネオアンチゲンは正常細胞には存在しないため、ネオアンチゲン反応性のT細胞は胸腺ネガティブセレクションで除去されず免疫寛容にはならず、免疫原性の高い抗原になる。免疫療法では標的が正常細胞にも発現しているとその細胞を攻撃してしまうため対象とならないが、ネオアンチゲンは腫瘍特異的であるためこの条件を既に満たしており、理想的な標的因子である。ネオアンチゲンの同定にはin silicoでペプチド配列を「予測」する方法が最も多く行われているが、実際にはHLAに提示されていない場合やT細胞免疫応答を誘導しないことが問題点として挙げられる。一方で、HLAリガンドーム解析法は、がん組織やがん細胞に解析対象のHLA特異的抗体を反応させ、免疫沈降した後にマススペクトロメトリーにて網羅的に解析する方法である。同定されるペプチド群は全て実際に提示されていることが最大の特徴である。HLAリガンドーム解析で対象となる遺伝子は網羅的解析で検出されたもののみであり、従来の方法ではデータベース登録されている既知のタンパク配列のみを検索対象としていた。そこで我々は、次世代シーケンサー解析を加える「プロテオゲノミクスHLAリガンドーム解析」を行うことで、遺伝子情報をベースに解析を行い、データベースにない配列も解析可能になり、ネオアンチゲンの同定が可能になった。今回、我々が培った解析技術を活用し、口腔がんにおけるネオアンチゲンのHLA提示と患者T細胞反応の実像を明らかにする。さらに免疫チェックポイント阻害剤(ICI)効果を検証し、口腔がんICI治療における新たなバイオマーカーの確立を目指す。がん組織及び血液の検体は採取済みであったが、他種の悪性腫瘍で蓄積された情報を元に、条件を変更し再収集している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

条件に合った解析用の検体サンプルの収集、解析を新たに行っているため

Strategy for Future Research Activity

サンプル収集の後、プロテオゲノミクスHLAリガンドーム 解析を行い、口腔がんにおけるネオアンチゲンのHLA提示と患者T細胞反応の実像を明らかにする

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2024 2023

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Three-Dimensional Spheroid Configurations and Cellular Metabolic Properties of Oral Squamous Carcinomas Are Possible Pharmacological and Pathological Indicators.2023

    • Author(s)
      Sho Miyamoto, Nami Nishikiori, Tatsuya Sato, Megumi Watanabe, Araya Umetsu, Yuri Tsugeno, Fumihito Hikage, Takashi Sasaya, Hirotaka Kato, Kazuhiro Ogi, Masato Furuhashi, Hiroshi Ohguro, Akihiro Miyazaki
    • Journal Title

      Cancers (Basel).

      Volume: 17 Pages: 2793-2793

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Exploring olfactory receptor family 7 subfamily C member 1 as a novel oral cancer stem cell target for immunotherapy.2023

    • Author(s)
      Sho Miyamoto, Yoshihiko Hirohashi, Rena Morita, Akihiro Miyazaki, Kazuhiro Ogi, Takayuki Kanaseki, Kentaro Ide, Jumpei Shirakawa, Tomohide Tsukahara, Aiko Murai, Takashi Sasaya, Kazushige Koike, Shinichiro Kina, Toshihiro Kawano, Takahiro Goto, Edward Hosea Ntege, Yusuke Shimizu, Toshihiko Torigoe
    • Journal Title

      Cancer Sci.

      Volume: 114(9) Pages: 3496-3508

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Exploring stage‐specific embryonic antigen 3 involvement in oral cancer progression and as a potential target for taxane‐based chemotherapy2023

    • Author(s)
      Kentaro Ide, Toshihiro Kawano, Jumpei Shirakawa, Edward Hosea Ntege, Sho Miyamoto, Taro Ikegami, Hiroshi Sunami, Mikio Suzuki, Yusuke Shimizu, Hiroyuki Nakamura
    • Journal Title

      Oncology Reports

      Volume: 50(4) Pages: 182-182

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Cocktail peptide vaccines targeting cancer stem cells for enhanced therapeutic efficacy in oral cancers2024

    • Author(s)
      Sho Miyamoto, Yoshihiko Hirohashi, Toshihiko Torigoe, Akihiro Miyazaki
    • Organizer
      ESMO Targeted Anticancer Therapies Congress 2024
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 新規口腔がん幹細胞特異的抗原とペプチドワクチンへの応用2023

    • Author(s)
      宮本昇,笹谷聖,荻和弘,宮﨑晃亘,廣橋良彦,金関貴幸,塚原智英,鳥越俊彦
    • Organizer
      第82回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 口腔がん細胞の3Dスフェロイド培養と細胞代謝特性の解析2023

    • Author(s)
      宮本昇,笹谷聖,加藤大貴,平川結,荻和弘,宮﨑晃亘
    • Organizer
      第68回(公社)日本口腔外科学会総会・学術大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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