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機械学習で拓くイクチオリス微化石を用いた海洋生態系の変遷解読

Research Project

Project/Area Number 23K13192
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 17040:Solid earth sciences-related
Research InstitutionChiba Institute of Technology

Principal Investigator

見邨 和英  千葉工業大学, 次世代海洋資源研究センター, 主任研究員 (10909435)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords機械学習 / 物体検出 / 微化石 / イクチオリス / 海洋生態系 / 新生代 / 遠洋性粘土 / 海底堆積物 / 深層学習
Outline of Research at the Start

地球が過去に経験した環境変動に対する海洋生態系の応答を明らかにすることは,現在進行中の地球温暖化が生態系へ与えるインパクトを推定し,その影響を最小化していくうえで重要な手掛かりとなる.
本研究では,まずAIを用いて魚類の歯や鱗の微化石「イクチオリス」を自動で観察できる革新的なツールを開発する.このツールを用いて様々な時代・海域から採取された海底堆積物に含まれるイクチオリス微化石を網羅的に観察することで,過去の地球環境変動イベントに対して海洋生態系がどのように応答したのかを明らかにする.

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、魚類の歯や鱗の微小な化石「イクチオリス」の革新的な観察手法を開発することにより、過去の地球環境変動に対する魚類を中心とした海洋生態系の応答を解読することを目的としている。
2023年度は、深層学習技術の一つである物体検出を用いて、顕微鏡で撮影したスライドガラスの画像から、イクチオリス微化石を抽出する技術を開発した。開発した自動検出の技術について、人間の観察と比較を行って検討を行った結果、教師データ数の多い魚類の歯については6%、鱗は24%程度の誤差を見込んで検出ができることが明らかになった。また、検出結果を人間がチェックして誤検出を除外するという条件の下では、歯・鱗・特殊な鋸状の歯の全てのクラスについて10%以下の誤差で検出ができ、イクチオリスの観察に実用可能であることが示された。また、この手法を用いて太平洋の掘削コア試料からイクチオリスの観察を行い、白亜紀後期から現在に向かってサメ類の割合が段階的に減少していることを示した。この成果はEarth and Space Science誌にて国際共著論文として発表した。
さらに、太平洋の南鳥島周辺海域の11のサイトから69試料についてスライドの作成を行うとともに、開発した深層学習技術を用いて10万個以上のイクチオリスの観察を行った。この結果、新生代の特定の時期に魚類の生産性が上昇していたことが示された。これらの研究データを整理し、現在国際誌に投稿する論文を準備中である。また、新たに観察を実施する対象として、国際深海科学掘削計画によって大西洋の23サイトから採取された海底堆積物試料の分取を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究を実施する根幹となる、効率的な微化石の検出手法が構築された。さらに、この内容が国際誌に公開されたことによって、今後の研究成果の発表が容易になった。これらに加えて、新たな研究試料の取得やデータの解析も進んでいること、国際共著論文の執筆を契機として国際共同研究の足掛かりも得られていることなどから、本研究の進捗状況は概ね順調であると判断した。

Strategy for Future Research Activity

2024年度は、これまでに得られた南鳥島周辺のデータについて論文投稿を行う。これと並行して、開発した効率的な観察手法を活用して、太平洋のシャツキーライズ周辺や大西洋などの試料を新たに観察し、白亜紀後期から現在までのグローバルな環境変動に対する海洋生態系の応答を明らかにする。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Applicability of Object Detection to Microfossil Research: Implications From Deep Learning Models to Detect Microfossil Fish Teeth and Denticles Using YOLO‐v72024

    • Author(s)
      Mimura K.、Nakamura K.、Yasukawa K.、Sibert E. C.、Ohta J.、Kitazawa T.、Kato Y.
    • Journal Title

      Earth and Space Science

      Volume: 11 Issue: 1

    • DOI

      10.1029/2023ea003122

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Automated Detection of Microfossil Fish Teeth and Denticles from Microscopic Images: Toward Reconstruction of Biostratigraphy for Pelagic Clay.2023

    • Author(s)
      Mimura, K., Nakamura, K., Yasukawa, K., Sibert, E. C., Ohta, J., Kitazawa, T., Kato, Y
    • Organizer
      AGU annual meeting 2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 深層学習を活用した海底鉱物資源研究の新展開:レアアース泥中のイクチオリス微化石の観察および海底熱水鉱床の物理探査を例に2023

    • Author(s)
      見邨和英
    • Organizer
      日本地質学会第130年学術大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 物体検出技術の微化石研究への適用可能性:YOLO-v7を使用したイクチオリス微化石の自動検出モデルの検討からの示唆2023

    • Author(s)
      見邨和英、中村謙太郎、安川和孝、Elizabeth Sibert、大田隼一郎、加藤泰浩
    • Organizer
      JpGU Meeting 2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 深層学習に基づく画像検出システムを用いた南鳥島レアアース泥の化学層序ユニットのイクチオリス年代決定2023

    • Author(s)
      北澤尭大、見邨和英、安川和孝、大田隼一郎、藤永公一郎、中村謙太郎、加藤泰浩
    • Organizer
      日本地質学会第130年学術大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 後方散乱強度ヒストグラムのピークフィットと海底画像の解析に基づく南鳥島周辺におけるマンガンノジュールの分布様態2023

    • Author(s)
      佐々木航、安川和孝、見邨和英、中村謙太郎、町田嗣樹、加藤泰浩
    • Organizer
      日本地質学会第130年学術大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] イクチオリス生層序・ストロンチウム同位体層序・化学層序に基づく南北太平洋レアアース泥の堆積年代の推定2023

    • Author(s)
      田中えりか、見邨和英、大田隼一郎、宮崎隆、Vaglarov Bogdan、安川和孝、中村謙太郎、加藤泰浩
    • Organizer
      JpGU Meeting 2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 深層学習に基づくイクチオリス画像検出システムを用いた南鳥島レアアース泥の化学層序の年代制約2023

    • Author(s)
      北澤尭大、見邨和英、安川和孝、大田隼一郎、藤永公一郎、中村謙太郎、加藤泰浩
    • Organizer
      JpGU Meeting 2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 始新世温室地球における気候の長期トレンドの要因:海水オスミウム同位体比に基づく考察2023

    • Author(s)
      桑原佑典、安川和孝、大田隼一郎、矢野萌生、見邨和英、田中えりか、藤永公一郎、中村謙太郎、加藤泰浩
    • Organizer
      JpGU Meeting 2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] 千葉工業大学次世代海洋資源研究センター

    • URL

      https://orceng-cit.jp/

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] GitHub (Kazuhide Mimura)

    • URL

      https://github.com/KazuhideMimura

    • Related Report
      2023 Research-status Report

URL: 

Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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