| Project/Area Number |
23K14115
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 42040:Laboratory animal science-related
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
足立 晴彦 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任助教 (90965443)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
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| Keywords | ゲノムシークエンス / ミナミヌマエビ / ゲノム |
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| Outline of Research at the Start |
本研究では、透明な小型淡水エビ(ミナミヌマエビ)について、新規実験動物として確立させるため、遺伝学的ツールの拡充を行う。申請者はミナミヌマエビにおいて蛍光試薬を用いたin vivoライブイメー ジング系を確立しつつある。一方で、ミナミヌマエビはいわゆる非モデル生物であり、遺伝学的なツールは揃っていない。そこで、本研究では、ミナミヌマエビの全ゲノムシーケンス及 びアセンブリを行い、それに基づいて、恒常的及び発生段階・組織特異的に機能するプロモーター、エンハンサーを同定することで、遺伝子発現制御が可能なツールの作製に繋げることを目的とする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、ライブイメージングをはじめとした、種々の細胞学的実験への応用が期待されている、カワリヌマエビにおいて、in vivo遺伝子発現系の確立を目指している。遺伝子発現系の確立に必要なゲノム情報を得るために、本年度は、ナノポアシークエンサーPromethION(Oxford Nanopore Technologies)を用いて、ロングリードシークエンスを行った。3回のシークエンスを行うことで、３０xに近いカバレッジのリードセットが得られ、それを用いてアセンブルを行うことで、ドラフトゲノムの獲得に成功した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
今後の展開に重要なドラフトゲノムを獲得できたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、これまで研究で獲得されたドラフトゲノム情報を用いて、特定の遺伝子の5'上流配列をクローニングし、蛍光レポーターとともにコンストラクトを作製、および個体への導入を行うことで、in vivo遺伝子発現系の確立を目指す。
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