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ゲノム倍化がもたらす分子進化の影響を数億年スケールで追跡する

Research Project

Project/Area Number 23K14249
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 45030:Biodiversity and systematics-related
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

長澤 竜樹  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (60782828)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2025: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywords真骨魚類 / 全ゲノム重複 / 古代魚 / OMP遺伝子 / 魚類 / 嗅覚
Outline of Research at the Start

すべての遺伝子が倍化する全ゲノム重複(WGD: whole genome duplication) は、遺伝子の新規機能獲得や機能分化を促す事から強力な進化の原動力と考えられている。WGDによる遺伝子の機能分化には、その後の数億年スケールに及ぶ長い進化時間が重要である事が近年明らかになってきた一方で、ほとんどが配列比較や統計学的解析に限定されており、実験的に検証した研究はほとんどない。本研究では魚類のWGDで倍化したOMP遺伝子に着目し、この発現領域の変化と転写制御領域の変化を種々の系統で観察し、WGD後の分進化プロセスを長期的に追跡する事を目的とする。

Outline of Annual Research Achievements

遺伝子重複により倍化した遺伝子は、一方が元の機能を担保することで、他方が変異の蓄積を許容し易くなり、機能や発現の変化が生じる例が多く知られている。これらの事から、遺伝子重複は進化の原動力として広く知られている。中でも全ゲノム重複は、ゲノム中に含まれる全ての遺伝子が倍化する為、最も強力な進化の原動力として認識されている。全ゲノム重複は顕花植物、酵母、脊椎動物など、主要な系統でそれぞれ生じている事からも、極めて重要な進化的イベントであると考えられている。本研究では約3億年前に全ゲノム重複を起こした真骨魚類のOMP遺伝子を対象に、種間比較などから重複後の遺伝子における分子進化の様相解明を目指す。より具体的には、成熟嗅神経細胞マーカーとして知られるOMP遺伝子は、真骨魚類の全ゲノム重複による倍化後に、発現細胞を相互に排他的に選択する事が知られている。これらの発現パターンの違いが、いつどのように生じ、維持されているのかを古代魚や複数の真骨魚種を用いた解析から明らかにしていく。これまでに複数魚種の全ゲノム配列からのOMP遺伝子の単離、ゲノムシンテニー比較からOMP遺伝子の進化的振る舞いについて記述し、それらの発現パターンについて代表種を用いた比較解析を行っている。さらに、これらの詳細な比較から導き出された、分子進化の挙動についての仮説の検証を行っている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまでに複数魚種の全ゲノム配列からのOMP遺伝子の単離、ゲノムシンテニー比較からOMP遺伝子の進化的振る舞いについて記述し、それらの発現パターンについて代表種を用いた比較解析を行っている。さらに、これらの詳細な比較から導き出された、分子進化の挙動についての仮説の検証を行っている。

Strategy for Future Research Activity

今後はモデル魚類であるゼブラフィッシュを用いた外来遺伝子の取り込みや、ゲノム編集解析などからOMP遺伝子の進化パターンについて詳細な解析を行っていく計画である。さらにこれらの解析が完了次第、学術論文の執筆に取り掛かると共に、これまでの解析から見つかった、OMP遺伝子の新たな発現局在とその進化について、理解を深めていく。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2024 2023

All Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Presentation] 魚類の全ゲノム倍化後のOMP 遺伝子発現パターンの進化的比較解析2024

    • Author(s)
      長澤竜樹, 藤崎花美, 二階堂雅人
    • Organizer
      第9回ケモビ研究会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] ポリプテルスの鼻管における化学感覚の研究2024

    • Author(s)
      伊藤隆晃, 西浦賀乃子, 木村優希, 中牟田信明, 長澤竜樹, 二階堂雅人
    • Organizer
      日本動物学会関東支部第76回大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 遺伝子組換えゼブラフィッシュを用いたV1R 発現パターンの網羅的観察2024

    • Author(s)
      石丸敢太, 長澤竜樹, 二階堂雅人
    • Organizer
      第4回日本遺伝学会春の分科会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Genetic mechanisms of lip hypertrophy in East African cichlids2023

    • Author(s)
      Machii, N, Hatashima R, Aibara M, Nagasawa T, Nikaido M
    • Organizer
      International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 魚類に見られる鼻管の機能解明2023

    • Author(s)
      伊藤隆晃, 西浦賀乃子, 木村優希, 中牟田信明, 長澤竜樹, 二階堂雅人
    • Organizer
      第11回Tokyo Vertebrate Morphology Meeting
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Molecular evolution of the OMP genes after the whole genome duplication in teleost fish2023

    • Author(s)
      Nagasawa, T, Fujisaki, H, Nikaido, M
    • Organizer
      XXIIIrd International Congress of Genetics
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Ectopic expression of chemoreceptor genes in fish2023

    • Author(s)
      Nishiura, K, Zhang, Z, Nagasawa, T, Nikaido, M
    • Organizer
      日本進化学会第25回大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 魚類の全ゲノム重複で倍化したOMP遺伝子の進化プロセスとその多様化2023

    • Author(s)
      長澤竜樹, 藤崎花美, 二階堂雅人
    • Organizer
      日本味と匂学会第57回大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 魚類における化学受容体の異所的な分布2023

    • Author(s)
      西浦賀乃子, 張子聡, 長澤竜樹, 二階堂雅人
    • Organizer
      日本味と匂学会第57回大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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