Joint analysis of plant-plant interactions using field GWAS and RNA-Seq

• Project/Area Number: 23K14270
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 45040:Ecology and environment-related
• Research Institution: Ryukoku University
• Principal Investigator: 佐藤 安弘 龍谷大学, 公私立大学の部局等, 研究員 (10777949)
• Project Period (FY): 2023-04-01 – 2027-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2023)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2026: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000); Fiscal Year 2025: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000); Fiscal Year 2024: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000); Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
• Keywords: 植物間相互作用 / 生態ゲノミクス / 遺伝子発現解析 / ゲノムワイド関連解析

Outline of Research at the Start

遺伝子の発現情報は個体の環境応答や機能形質を代表する重要な指標になりうる。野外環境において遺伝子発現の動態を解明する試みは植物を中心に進んでいるものの、植物個体間の関係はほとんど考慮されてこなかった。本研究では、野外栽培したシロイヌナズナ200系統のRNA-Seqデータに近傍個体間の相互作用を考慮したGWASを適用することで、個体間相互作用の影響を受ける遺伝子群およびそれらの変動を担う量的遺伝子座を特定する。独自に取得したデータと解析手法を組み合わせることで、どのような機能遺伝子群が個体間相互作用の影響を受けやすいかを網羅的に解明する。