| Project/Area Number |
23K14451
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
曽根原 究人 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (60975358)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | 遺伝統計学 / ロングリードシーケンス / ゲノムワイド関連解析 / 構造多型 / 全ゲノムシーケンス |
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| Outline of Research at the Start |
大規模疾患ゲノム解析手法であるゲノムワイド関連解析（genome-wide association study; GWAS）はこれまで多数の疾患感受性遺伝子を同定してきた。一方で、従来のGWASは解析の対象がゲノム上の小規模な遺伝子多型に限定され、より大規模な塩基配列の個人差である構造多型は見逃されてきた。本研究では、ロングリードシーケンス、ショートリードシーケンス、一塩基多型マイクロアレイの3層の大容量ヒトゲノムデータを効果的に組み合わせた統合解析により、日本人集団のゲノムに含まれる構造多型を網羅的に同定し、疾患感受性への寄与を解明する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
大規模疾患ゲノム解析手法であるゲノムワイド関連解析（genome-wide association study; GWAS）はこれまで多数の疾患感受性遺伝子を同定してきた。一方で、従来のGWASは解析の対象がゲノム上の小規模な遺伝子多型に限定され、より大規模な塩基配列の個人差である構造多型は見逃されてきた。本研究は、ロングリードシーケンス、ショートリードシーケンス、一塩基多型マイクロアレイの3層の大容量ヒトゲノムデータを効果的に組み合わせた統合解析により、日本人集団のゲノムに含まれる構造多型の網羅的な同定と、その疾患への寄与の解明を目的とする。本年度の研究においては、ロングリードシーケンス、ショートリードシーケンス、一塩基多型マイクロアレイのそれぞれのヒトゲノムデータが検出可能とする構造多型の特徴を概観するため、各種構造多型解析ツールの実データへの適用と相互比較を実施した。この結果、各技術が得意とする構造多型の種類が判明し、効率的な探索に資するパイプライン構築の方針が定まった。また、臨床的に指摘できる原因を有さない不育症・習慣流産（unexplained recurrent pregnancy loss）を対象とした大規模ゲノムデータ（およそ2万6千人）に構造多型解析を適用することで、本疾患の感受性に寄与するpredicted loss-of-funcitonコピー数多型の同定に成功した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
実データへの構造多型解析ツール適用を実施し、疾患感受性に寄与する構造多型を同定できたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
解析対象疾患を増やし、より幅広く疾患感受性に寄与する構造多型の同定を進めていく。
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