| Project/Area Number |
23K14451
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
Sonehara Kyuto 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 客員研究員 (60975358)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | 遺伝統計学 / ロングリードシーケンス / ゲノムワイド関連解析 / 構造多型 / 全ゲノムシーケンス |
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| Outline of Research at the Start |
大規模疾患ゲノム解析手法であるゲノムワイド関連解析（genome-wide association study; GWAS）はこれまで多数の疾患感受性遺伝子を同定してきた。一方で、従来のGWASは解析の対象がゲノム上の小規模な遺伝子多型に限定され、より大規模な塩基配列の個人差である構造多型は見逃されてきた。本研究では、ロングリードシーケンス、ショートリードシーケンス、一塩基多型マイクロアレイの3層の大容量ヒトゲノムデータを効果的に組み合わせた統合解析により、日本人集団のゲノムに含まれる構造多型を網羅的に同定し、疾患感受性への寄与を解明する。
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| Outline of Final Research Achievements |
By leveraging three layers of large-scale human genome data, long-read sequencing, short-read sequencing, and single nucleotide polymorphism (SNP) microarrays, we investigated the impact of structural variation on human disease susceptibility. We compiled a catalog of common structural variants in the Japanese population and successfully identified structural variants that account for susceptibility gene regions in multiple disease traits. Additionally, by applying structural variant analysis to large-scale genome data (n = 26,000) from patients with unexplained recurrent pregnancy loss, we identified copy number variants that contribute to the disease susceptibility.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
本研究では、これまで研究の対象から見逃されてきた、ヒトゲノム上に存在する大規模な構造多型が疾患の遺伝的な罹患しやすさに関連することが明らかになった。現在、多くの疾患ゲノム解析研究において、得られた感受性多型情報をいかに分子メカニズムへと結びつけ、創薬ターゲットを見出すかが課題となっている。構造多型は単一の多型がゲノム配列に及ぼす変化が大きいため、従来解析されてきた一塩基多型と比較して、疾患発症へと繋がる分子メカニズムの考察がしやすいと考えられ、創薬をはじめとした将来的な社会実装へ繋がることが期待される。
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