| Project/Area Number |
23K14451
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
曽根原 究人 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 客員研究員 (60975358)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | 遺伝統計学 / ロングリードシーケンス / ゲノムワイド関連解析 / 構造多型 / 全ゲノムシーケンス |
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| Outline of Research at the Start |
大規模疾患ゲノム解析手法であるゲノムワイド関連解析（genome-wide association study; GWAS）はこれまで多数の疾患感受性遺伝子を同定してきた。一方で、従来のGWASは解析の対象がゲノム上の小規模な遺伝子多型に限定され、より大規模な塩基配列の個人差である構造多型は見逃されてきた。本研究では、ロングリードシーケンス、ショートリードシーケンス、一塩基多型マイクロアレイの3層の大容量ヒトゲノムデータを効果的に組み合わせた統合解析により、日本人集団のゲノムに含まれる構造多型を網羅的に同定し、疾患感受性への寄与を解明する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
大規模疾患ゲノム解析手法であるゲノムワイド関連解析（genome-wide association study; GWAS）はこれまで多数の疾患感受性遺伝子を同定してきた。一方で、従来のGWASは解析の対象がゲノム上の小規模な遺伝子多型に限定され、より大規模な塩基配列の個人差である構造多型（structural variants; SV）は見逃されてきた。本研究は、ロングリードシーケンス、ショートリードシーケンス、一塩基多型マイクロアレイの3層の大容量ヒトゲノムデータを効果的に組み合わせた統合解析により、日本人集団のゲノムに含まれるSVの網羅的な同定と、その疾患への寄与の解明を目的とする。本年度の研究においては、昨年度までに構築したパイプラインの実データへの適用を実施した。日本人ロングリードデータの統合解析を通じて、日本人集団においてありふれたSV（28,712欠失多型、876 重複多型、73,685 挿入多型、413 逆位多型）を同定した。これらのSV の区分のうち、特に多く見られた欠失多型・挿入多型では、LINE-1, Alu, SVA といった既知のレトロトランスポゾンに対応した多型長に検出数のピークが見られ、これらのレトロトランスポゾンがヒトゲノムにおけるSV の多様性を駆動することが明らかとなった。また、研究期間全体を通じた研究成果として、臨床的に指摘できる原因を有さない不育症・習慣流産（unexplained recurrent pregnancy loss）を対象とした大規模ゲノムデータ（およそ2万6千人）にSV解析を適用することで、本疾患の感受性に寄与するpredicted loss-of-funcitonコピー数多型の同定に成功した。
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