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Gene Regulatory Nework Analysis within lving single cell including osteoclast

Research Project

Project/Area Number 23K15736
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 56020:Orthopedics-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

岡田 寛之  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (10883481)

Project Period (FY) 2023-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Keywords破骨細胞 / 1細胞内解析
Outline of Research at the Start

本研究は、①骨の1細胞アトラスを樹立し、1細胞レベルで骨のエコシステム制御に有効な新たな創薬候補を見出す。②破骨細胞内の多核間に存在する遺伝子発現制御機構を新たな1細胞内研究プラットフォームiSCseq(intra-single cell sequencing)で迫る。iSCseqは細胞生物学の解析ツールとしての発展が既に期待されている。③得られた創薬候補は、マウス前腕骨骨折モデルで検証し、前臨床試験を行う。
iSCseqで初めて観察できる破骨細胞の遺伝子発現制御を創薬の標的とする。

Outline of Annual Research Achievements

1細胞内解析技術iSCseqを洗練させた。細胞内遺伝子発現情報を網羅的に解読することで、1細胞内には複数の遺伝子発現パターンを内在できること、さらには複数の分化段階を許容できることが明らかになった。
シングルセル解析の公共データを用いた統合解析を行った結果、破骨細胞のサブセット同定に成功した。より骨吸収能が高いサブセットは、生理的な骨の中には存在しないが、骨腫瘍やがん骨転移など病的な骨破壊が進む場所には存在することを明らかにした。さらに、ネットワーク解析の結果、破骨細胞分化と融合を切り分けて議論することが可能になった。融合の初期の段階では、分化経路に乗らない細胞成分が含まれることが明らかになった。これまで1方向に細胞の分化は進むと考えられてきたが、多核細胞の分化・融合は、複雑な進行を辿ることが初めて明らかとなった。また、骨腫瘍、がん骨転移部において、なぜ病的骨破壊が起こるのか、新しく同定した破骨細胞のサブセットが一因と考えられた。
iSCseq法は、生きた細胞の遺伝子発現を捉える技術として、国際的認知度も上昇しつつある。一方で必須の機器であるSS2000は、東京大学学内に未設置であり、研究環境の整備が必要な状況は改善できていない。また、1細胞分画ごとのライブラリ調整およびシーケンスにかかるコスト削減の必要など、課題も残されている。研究をさらに飛躍させるためには、共同研究先との関係性を維持しつつ、研究内容のアピール、アウトリーチ活動も必須と考えている。さらなる支援を必要としている状況である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本研究成果は、ハーバード大学との国際共同研究で進めた。すでに国内外の学会シンポジウム研究会で複数報告し、エキスパートとの議論を通して、さらに理論を深めた。iSCseq論文は、bioRxivで結果はすでに公開しており、2024.4.1現在13kを超えるアクセス数を得ており、iSCseqが世界に普及していることを示す結果となっている。
さらに解析技術については、Practical Compass of single cell RNA-seq.として、Curr Osteporos Res誌にアクセプトされた。
学会発表は国内国外とも積極的に行った。American Society for Bone and Mineral Research (ASBMR) annual meeting 2023; Cold Spring Harbour Laboratory Meeting "Single Cell Analyses" 2023; Gordon Research Conference "Bones and Teeth" 2024; AGBT 2024にて、国際学会, 口演発表を行った。Cell Bio 2023, Discover BMB by ASBMB 2024での国際学会, ポスター発表を行った。

Strategy for Future Research Activity

iSCseq論文は、一流国際誌に投稿し、査読を受けているところであり、本年度中にpublicationに至ることが期待される。2024年度も国内国際学会での発表を行い、普及に努める。ハーバード大学歯学部との国際共同研究を継続し、iSCseq projectの次の国際共同研究成果をまとめるべく、現在尽力しているところである。
iSCseqによって骨を壊す破骨細胞が成り立つメカニズムとして、融合・多核化に関わる細胞の順序への糸口が見えた。同手法の拡張として、まさに細胞融合を起こしている現場を捉えるなどが考えられる。iSCseq法に必須の機器であるSS2000(Yokogawa)は資金不足のため調達できていない。申請者がJSTなどの大型予算へのアプライを継続する、後進の育成などアウトリーチ活動を行うなど、研究を邁進するための環境整備も合わせて行っていく所存である。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Open Access: 2 results,  Peer Reviewed: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] Harvard School of Dental Medicine(米国)

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Journal Article] Practical Compass of Single-Cell RNA-Seq Analysis2023

    • Author(s)
      Okada Hiroyuki、Chung Ung-il、Hojo Hironori
    • Journal Title

      Current Osteoporosis Reports

      Volume: - Issue: 5 Pages: 433-440

    • DOI

      10.1007/s11914-023-00840-4

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] intra-single cell sequencing (iSCseq) spotlights transcriptomic and epigenetic heterogeneity inside multinucleated osteoclast2022

    • Author(s)
      Okada Hiroyuki、Terui Yuta、Omata Yasunori、Seki Masahide、Tani Shoichiro、Miyahara Junya、Makabe Kenta、Terashima Asuka、Kanazawa Sanshiro、Hosonuma Masahiro、Yano Fumiko、Kajiya Hiroshi、Saito Taku、Suzuki Yutaka、Okabe Koji、Baron Roland、Tanaka Sakae、Chung Ung-il、Hojo Hironori
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: 0 Pages: 0-0

    • DOI

      10.1101/2022.09.05.506360

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Inclusive Living Subcellular Sequencing by iSCseq Rendering Physical, Physiological and Pathological Features in Osteoclast Diversity.2024

    • Author(s)
      H. Okada, Y. Terui, Y. Omata, M. Seki, S. Tani, A. Terashima, S. Kanazawa, M. Hosonuma, J. Miyahara, K. Makabe, S. Onodera, F. Yano, H. Kajiya, F. Gori, T. Saito, K. Okabe, Y. Suzuki, R. Baron, U. Chung, S. Tanaka, H. Hojo.
    • Organizer
      Gordon Research Conference “Bones and Teeth” 2024
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Inclusive living subcellular sequencing spotlights physical physiological and human pathological features in osteoimmune diversity.2024

    • Author(s)
      Hiroyuki Okada, Yuta Terui, Asuka Terashima, Masahide Seki, Sanshiro Kanazawa, Francesca Gori, Taku Saito, Yutaka Suzuki, Roland Baron, Ung-il Chung, Sakae Tanaka, Hironori Hojo.
    • Organizer
      AGBT 2024
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Inclusive living subcellular sequencing clarifies physical physiological and human pathological features in osteoimmune diversity.2024

    • Author(s)
      Okada H, Terui Y, Terashima A, Gori F, Suzuki Y, Baron R, Chung UI, Tanaka S, Hojo H.
    • Organizer
      Discover BMB
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 破骨細胞のデジタルハック; シングルセルを超えてサブセルラーへ2023

    • Author(s)
      岡田 寛之, 照井 悠太, 小俣 康徳, 関 真秀, 谷 彰一郎, 宮原 潤也, 真壁 健太, 寺島 明日香, 金澤 三四朗, 細沼 雅弘, 矢野 文子, 小野寺 晶子, 鍛治屋 浩, 斎藤 琢, 鈴木 穣, 岡部 幸司, Roland Baron, 田中 栄, 鄭 雄一, 北條 宏徳
    • Organizer
      第8回日本骨免疫学会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 第75回日本細胞生物学会2023

    • Author(s)
      岡田 寛之
    • Organizer
      SS2000は生サブセルラーシーケンスを可能に
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 運動器発のサブセルラーシーケンスで細胞生物学の常識に挑む2023

    • Author(s)
      岡田 寛之, 照井 悠太, 小俣 康徳, 関 真秀, 谷 彰一郎, 宮原 潤也, 真壁 健太, 寺島 明日香, 金澤 三四朗, 細沼 雅弘, 矢野 文子, 小野寺 晶子, 鍛治屋 浩, 斎藤 琢, 鈴木 穣, 岡部 幸司, Roland Baron, 田中 栄, 鄭 雄一, 北條 宏徳
    • Organizer
      第41回日本骨代謝学会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Subcellular sequencing by iSCseq connects transcriptomics with morphological, physical, and physiological findings.2023

    • Author(s)
      Hiroyuki Okada, Yuta Terui, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Roland Baron, Ung-il Chung, Sakae Tanaka, Hironori Hojo
    • Organizer
      Cell symposia “The conceptual power of single cell biology”
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Interventional and integrative subcellular sequencing (i2scseq) clarifies the multi differentiation stages embedded inside mature osteoclast2023

    • Author(s)
      Hiroyuki Okada *, Yuta Terui , Yasunori Omata, Masahide Seki , Shoichiro Tani, Junya Miyahara, Kenta Makabe, Asuka Terashima, Sanshiro Kanazawa, Masahiro Hosonuma, Shoko Onodera, Fumiko Yano, Hiroshi Kajiya, Taku Saito, Yutaka Suzuki, Koji Okabe, Roland Baron, Sakae Tanaka, Ung-il Chung, Hironori Hojo.
    • Organizer
      ASBMR
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 1生細胞内シーケンスで多核巨細胞の遺伝子発現制御に挑む2023

    • Author(s)
      岡田 寛之, 照井 悠太, 小俣 康徳, 関 真秀, 谷 彰一郎, 宮原 潤也, 真壁 健太, 寺島 明日香, 金澤 三四朗, 細沼 雅弘, 矢野 文子, 小野寺 晶子, 鍛治屋 浩, 斎藤 琢, 鈴木 穣, 岡部 幸司, Roland Baron, 田中 栄, 鄭 雄一, 北條 宏徳
    • Organizer
      第96回日本生化学会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Subcellular sampling and sequencing by iSCseq connects transcriptomics with morphological, physical, and physiological findings in osteoimmunology.2023

    • Author(s)
      Hiroyuki Okada *, Yuta Terui , Yasunori Omata, Masahide Seki , Shoichiro Tani, Junya Miyahara, Kenta Makabe, Asuka Terashima, Sanshiro Kanazawa, Masahiro Hosonuma, Shoko Onodera, Fumiko Yano, Hiroshi Kajiya, Taku Saito, Yutaka Suzuki, Koji Okabe, Roland Baron, Sakae Tanaka, Ung-il Chung, Hironori Hojo.
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting “Single Cell Analyses 2023”
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Subcellular sequencing connects transcriptomics with physical and physiological findings.2023

    • Author(s)
      H. Okada, Y. Terui, Y. Omata, M. Seki, S. Tani, A. Terashima, S. Kanazawa, M. Hosonuma, J. Miyahara, K. Makabe, S. Onodera, F. Yano, H. Kajiya, F. Gori, T. Saito, K. Okabe, Y. Suzuki, R. Baron, U. Chung, S. Tanaka, H. Hojo.
    • Organizer
      Cell Bio 2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2023-04-13   Modified: 2024-12-25  

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