Comparative study of gene expression patterns in an emerging pathogen, Staphylococcus argenteus, by Pan-RNA-Sequencing

• Project/Area Number: 23K16317
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 58020:Hygiene and public health-related: including laboratory approach
• Research Institution: Osaka Institute of Public Health
• Principal Investigator: 若林 友騎 地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 研究員 (70783835)
• Project Period (FY): 2023-04-01 – 2026-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2023)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2025: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000); Fiscal Year 2024: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000); Fiscal Year 2023: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
• Keywords: Staphylococcus argenteus / 全ゲノム解析 / RNA-Seq

Outline of Research at the Start

新興感染症起因菌であるStaphylococcus argenteus（アルジェンテウス菌）の遺伝子系統間での遺伝子発現量を比較する。先行研究で実施した大規模比較ゲノム解析の結果、アルジェンテウス菌は大きく8つの遺伝子系統に分類されることが明らかになったが、各遺伝子系統間における病原性の差は不明であった。本研究では、保有する各遺伝子系統のアルジェンテウス株について、次世代シーケンサーを用いたRNA-Seqを実施し、各遺伝子系統株で発現している遺伝子を網羅的に同定し、遺伝子系統間の病原因子遺伝子等の発現量比較解析を行う。