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Regulatory mechanism of gene expression by membraneless organelles formed through micellization

Research Project

Project/Area Number 23K18112
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

山崎 智弘  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 特任講師(常勤) (90732280)

Project Period (FY) 2023-06-30 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2024: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywords非膜オルガネラ / lncRNA / 相分離 / ブロック共重合体 / architectural RNA / ミセル化 / 遺伝子発現制御 / クロマチン / 長鎖ノンコーディングRNA / NEAT1 / パラスペックル
Outline of Research at the Start

私たちは最近、非膜性構造体の新たな形成機構として、ブロック共重合体のミセル化という機構を明らかにした。ミセル化では、内部にコアシェル規則構造を持つ構造体が形成される。しかし、このミセル化という機構がなぜ細胞内で利用されているのか、その機能における意義は全くわかっていない。そこで、本研究では、このミセル化により形成される非膜性構造体パラスペックルの遺伝子発現における役割に焦点を当て、ミセル化により形成された非膜性構造体がどのように機能を果たすか、その作動原理を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

細胞内には、膜で覆われていない非膜性構造体が多数存在しており、こうした構造体は、相分離機構により形成されることが明らかになり、細胞内プロセスの見方を一変させるパラダイムシフトを起こしている。非膜性構造体は、細胞内に特定の生体分子を集約する区画を作り出すことで、遺伝子発現など細胞内プロセスの制御に重要な役割を果たすことが明らかになりつつある。申請者は、最近、非膜性構造体の新たな形成機構として、ブロック共重合体のミセル化という機構を明らかにした。ミセル化では、内部にコアシェル規則構造を持つ構造体が形成される。しかし、このミセル化という機構がなぜ細胞内で利用されているのか、その機能における意義は全くわかっていない。そこで、本研究では、このミセル化により形成される非膜性構造体パラスペックルの遺伝子発現における役割に焦点を当て、このミセル化により形成された非膜性構造体がどのように機能を果たすか、その作動原理を明らかにすることを目指す。本年度は、パラスペックルの骨格として働くNEAT1_2 lncRNAのどのようなRNA領域がパラスペックルのミセル化を制御しているかについて詳細な解析を進めた。この解析は、機能との関連を明らかにするために重要であることから解析を実施した。さらに、パラスペックルの近傍に存在する生体分子を同定する新規手法の導入を進め、特異的にlncRNAが存在する領域に存在する生体分子の同定に利用できる系を確立した。この系の確立は本研究の進行において非常に重要である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ミセル化の機能的な意義を理解する上で必須な様々なミセル化に影響を与えるNEAT1変異体の作出に成功した。さらに、パラスペックルの近傍にある分子を同定する新たな手法の確立を進め、NEAT1に非常に特異的に検出できる系を確立することに成功したことなどから、上記のように判断した。

Strategy for Future Research Activity

上述のように、新規手法によりパラスペックル近傍の生体分子を同定できる系の確立が進んできたことから、今年度は、実際に近接するタンパク質、 RNA、DNAを同定する実験を進める。さらに、ストレス条件における解析なども進める。さらに、NEAT1変異体との関連についても調べることで、ミセル化と機能の関係を紐づける。

Report

(1 results)
  • 2023 Research-status Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Book (1 results) Remarks (4 results)

  • [Int'l Joint Research] CNRS/UMS 3655, AMMICA(フランス)

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Journal Article] Shell protein composition specified by the lncRNA NEAT1 domains dictates the formation of paraspeckles as distinct membraneless organelles2023

    • Author(s)
      Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Souquere Sylvie、Adachi Shungo、Yoshino Hyura、Fujiwara Naoko、Yamamoto Tetsuya、Natsume Tohru、Nakagawa Shinichi、Pierron Gerard、Hirose Tetsuro
    • Journal Title

      Nature Cell Biology

      Volume: 25 Issue: 11 Pages: 1664-1675

    • DOI

      10.1038/s41556-023-01254-1

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Nascent ribosomal RNA act as surfactant that suppresses growth of fibrillar centers in nucleolus2023

    • Author(s)
      Yamamoto Tetsuya、Yamazaki Tomohiro、Ninomiya Kensuke、Hirose Tetsuro
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 1129-1129

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05519-1

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Formation and Function of Phase-Separated Nuclear Bodies Directed by Architectural Noncoding RNA2023

    • Author(s)
      Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro
    • Journal Title

      Phase Separation in Living Cells (Chapter)

      Volume: . Pages: 133-156

    • DOI

      10.1007/978-981-99-4886-4_8

    • ISBN
      9789819948857, 9789819948864
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Biomolecular condensates with RNA scaffolds: towards a theoretical and systematic understanding of their formation and function2023

    • Author(s)
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hiro Takakuwa, Hyura Yoshino, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Rie Doi, Mizuki Iwata, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • Organizer
      28th Annual Meeting of the RNA Society
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Large-scale identification of RNA-binding proteins that initiate the formation of biomolecular condensates in cells2023

    • Author(s)
      Tomohiro Yamazaki, Rie Doi, Mizuki Iwata, Wakana Isshiki, Hiro Takakuwa, Tetsuro Hirose
    • Organizer
      第24回日本RNA学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Large-scale identification of RNA-binding proteins that initiate the formation of biomolecular condensates in cells2023

    • Author(s)
      山崎智弘
    • Organizer
      第1回関西RNA club
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 物理理論と構成的アプローチを用いたRNAを足場とする非膜性構造体の作動原理の理解2023

    • Author(s)
      山崎智弘、山本哲也、高桑央、吉野彪羅、Sylvie Souquere、土井理恵、岩田瑞季、一色和奏、梅崎創太、中川真一、Gerard Pierron、廣瀬哲郎
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] パラスペックルのミセル構造と形態を規定するNEAT1_2 RNAドメインマッピング2023

    • Author(s)
      梅崎創太、山崎智弘、高桑央、廣瀬哲郎
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Book] 「非ドメイン型arcRNAによる非膜オルガネラ形成」Meidcal Science Digest2023

    • Author(s)
      山崎智弘、廣瀬哲郎
    • Total Pages
      66
    • Publisher
      ニューサイエンス社
    • Related Report
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  • [Remarks] 生成中のRNAは核小体の内部構造を制御する「界面活性剤」として働く

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1076

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      2023 Research-status Report
  • [Remarks] 膜を持たないオルガネラが混じり合わずに存在できるしくみを解明

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1074

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] Hirose Lab

    • URL

      https://hirose-lab.com/

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] RNA生体機能研究室

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_group/detail/7

    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2023-07-04   Modified: 2024-12-25  

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