| Project/Area Number |
23K18129
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 44:Biology at cellular to organismal levels, and related fields
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
田村 智彦 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (50285144)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高橋 秀尚 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (30423544)
西山 晃 横浜市立大学, 医学部, 准教授 (80589664)
ラミロフスキー ジョーダン 横浜市立大学, 先端医科学研究センター, 准教授 (10627269)
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| Project Period (FY) |
2023-06-30 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2024: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
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| Keywords | 液-液相分離 / 核内ドメイン / 細胞分化 / 転写因子 / 樹状細胞 / 液－液相分離 |
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| Outline of Research at the Start |
各種オミックスによる網羅的解析とゲノム編集などによる機能解析によって，細胞分化の分子機構の理解は格段に進んだ。しかし転写因子が細胞核内のどこでどのような分子群とともに作用するのかや，最近注目される液－液相分離による膜の無いコンパートメント，以前から提唱されている転写ファクトリーなどとの関係は，生体細胞の高次生命現象においては不明な点が多い。本研究はこれら全てを転写因子・液－液相分離依存性クロマチンドメイン (TLiP-CD) という新しい角度・深度から解明するものである。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、研究代表者が見出した樹状細胞分化に必須の転写因子IRF8が形成する核内ドメイン（TLiP-CD）について、その形成機構、ならびに樹状細胞分化における動態と役割を解明する。2023年度の成果について述べる。
初代培養による樹状細胞のin vitro分化系を用いてのin situビオチン化法を実施して、IRF8が基点となるTLiP-CD構成分子の同定を試みた。予備実験ながら質量分析によって構成タンパク質の同定を試みた結果、RNAポリメラーゼIIをはじめ、mRNAスプライシング因子、クロマチンリモデリング因子であるSWI/SNF複合体分子、クロマチン高次構造を制御するCohesin構成分子、SUMOタンパク質に加え、ヘリカーゼなど転写制御因子やユビキチン関連分子などを含む約30種類のタンパク質を見出すことができた。これらはTLiP-CDを構成する分子として意義の高い候補分子と考えられた。さらに、分子間相互作用をより直接的に解析するため、エピトープタグを利用したIRF8複合体の解析も進めている。加えて、このIRF8複合体の解析を最適な条件で実施するために、これまで樹立してきた樹状細胞への分化能を持つ細胞株について分化条件の最適化を進めている。この細胞株を用いることによって、初代培養細胞を用いたin vitro分化系では大きな制限となっていた細胞数の問題を解決することができる。これによってIRF8複合体の解析が容易になり、ひいては高精度でのTLiP-CD構成分子の解析、ならびにIRF8との相互作用の詳細な解析が可能になる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
大変順調に解析が進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画通り、研究を進めていく予定である。特にin situ biotin法で見出したTLiP-CDの候補分子について、現在最適化を進めている細胞株を用いたIRF8複合体の解析を行うことで、TLiP-CD構成分子を高精度に同定し、さらには詳細な相互作用機序の解析を試みる。
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