| Project/Area Number |
23K18240
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 50:Oncology and related fields
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
二村 圭祐 大阪大学, 大学院医学系研究科, 准教授 (00462713)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
波多野 浩士 大阪大学, 大学院医学系研究科, 講師 (60762234)
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| Project Period (FY) |
2023-06-30 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | 多因子間相互作用 / 腫瘍微小環境 |
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| Outline of Research at the Start |
腫瘍微小環境は癌細胞、免疫細胞、線維芽細胞、血管内皮細胞などの多様な細胞によって構築される。患者の腫瘍組織において、細胞間で生じる受容体とリガンド間の相互作用、各細胞内でのシグナル伝達経路に関わるタンパク質間の相互作用は腫瘍免疫や腫瘍の進展を理解する上で重要である。本研究は、腫瘍微小環境における多因子間相互作用をネットワーク構造として定量的かつ空間的に分解して検出することに挑戦する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、申請者が開発したInteraction Between Molecules(IBM)seq法を用いて腫瘍微小環境における細胞間・細胞内で生じる多因子間相互作用をネットワーク構造として解析する方法を確立する。腫瘍微小環境は癌細胞、免疫細胞、線維芽細胞、血管内皮細胞などの多様な細胞によって構築される。患者の腫瘍組織において、細胞間で生じる受容体とリガンド間の相互作用、各細胞内でのシグナル伝達経路に関わるタンパク質間の相互作用は腫瘍免疫や腫瘍の進展を理解する上で重要である。腫瘍微小環境を解析する手法として、空間的トランスクリプトーム、多重免疫染色による顕微鏡観察が用いられている。しかし、いずれの方法も多因子間にわたる複雑な分子間相互作用を直接解析することはできない。本研究は、微量な腫瘍組織を用いて、腫瘍微小環境における多因子間相互作用をネットワーク構造として定量的かつ空間的に分解して検出することに挑戦する。そのため、本研究において腫瘍組織での複雑な多因子間相互作用を解析する方法を確立すれば、腫瘍微小環境を評価する革新的な手法となる。昨年度は、B細胞をモデルにIBMseq法の改良を進めた。IBMseq法に用いるプライマー配列や修飾の最適化を行った。またPCR条件についても最適化を図った。さらに、DNAバーコード付加抗体を用いた免疫染色法についても様々な条件を検討し、DNAバーコードを付加していない抗体と同様の染色結果が得られる条件を同定した。その結果、実際の分子量を反映する条件の候補を見つけることができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
微量な検体から細胞間・細胞内で生じる多因子間相互作用をネットワーク構造として解析する方法としてIBMseq法の開発を進めている。昨年度の研究で、IBMseq法の条件の最適化を行った。その結果、実際の分子量を反映する条件の候補を見つけることができた。また、腎癌検体の収集も進め20例ほどの検体を保管することができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに収集した腎癌検体を用いて、IBMseqを実施するための条件検討を行っていく。まず、腎癌検体に用いる抗体にDNAバーコードを付加し、未付加の抗体と同様の染色像が得られる条件を設定する。その後、同一ブロックの複数箇所を用いてIBMseqを行い、同様の結果が得られるか検証する。次に、複数の抗体を用いてIBMseqを行い、同一ブロックの複数箇所で同様の結果が得られるか検証する。これにより、臨床検体においても再現性を持って相互作用情報を検出できるか検証する。また、B細胞のシークエンシングデータを用いて、解析のパイプラインをさらに改善し、B細胞におけるIBMseqデータの解析を進め、論文として発表できるように研究を進めていく。
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