| Project/Area Number |
23K18543
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 64:Environmental conservation measure and related fields
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
坂山 英俊 神戸大学, 理学研究科, 准教授 (60391108)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
池谷 仁里 神戸大学, 理学研究科, 学術研究員 (30531579)
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| Project Period (FY) |
2023-06-30 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
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| Keywords | 淡水生態系 / 絶滅種/集団 / 散布体バンク / ミュゼオーム / 環境DNA |
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| Outline of Research at the Start |
本研究では、絶滅以前の過去の証拠標本を中心としたゲノム解析（ミュゼオーム解析）から遺伝的情報を復元し、湖底堆積物に含まれる環境DNAを解析することによって、過去から現在に渡る種多様性を考慮した、散布体バンク（湖底堆積物中の種子や接合子の集団）の分布や内在する種組成を評価する手法を確立する。さらに採取した湖底堆積物中の散布体バンクの発芽試験を実施し、絶滅種/集団の再生に挑戦する。１種でも多く絶滅した種や集団が再生されれば、種多様性、遺伝的多様性を未来に残すことに繋がる。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、絶滅以前の過去の証拠標本を中心としたゲノム解析（ミュゼオーム解析）から遺伝的情報を復元し、湖底堆積物に含まれる環境DNAを解析することによって、過去から現在に渡る種多様性を考慮した、散布体バンク（湖底堆積物中の種子や接合子の集団）の分布や内在する種組成を評価する手法を確立する。さらに採取した湖底堆積物中の散布体バンクの発芽試験を実施し、絶滅種/集団の再生に挑戦する。
本年度は、水生植物・藻類のDNAバーコーディング（DNA配列に基づき種を同定する手法）に用いるDNAバーコード領域の検討を行った。これまでに多くの種で調べられている葉緑体コードのrbcL遺伝子に加え、葉緑体コードのatpB遺伝子、psaB遺伝子、matK遺伝子、核コードのITS領域を候補とした。芦ノ湖の過去から現在に渡る水生植物・藻類の種多様性を考慮するため、標本と野外サンプルからDNAを抽出し、これらのDNAバーコード領域の配列情報を取得し、GenBank等のデータを含めた参照配列データの整備を進めた。また、古い証拠標本からのDNA抽出方法の検討、比較的短いDNA断片を増幅するPCR用プライマーのデザイン、DNAバーコーディングの精度の検証を行った。さらに、これまで淡水生態系において、藻類の希少種を対象とした環境DNA解析に関してほとんど報告がないため、室内で培養した藻類の水槽/培養瓶および水生植物・藻類が繁茂する野外から採取した環境DNA解析用サンプルからのDNA抽出方法の検討を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本年度は証拠標本のDNAバーコーディングに関する条件検討を中心に実験を進め、成果の一部を論文として発表することができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度に採取した環境DNA解析用サンプルの一部において解析が完了していない部分がある。今後は、藻類等の希少種を対象とした環境DNA解析用サンプルのDNAバーコーディングに関する実験系の確立および得られたデータの解析を進める予定である。
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