| Project/Area Number |
23K19312
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
0603:Forestry and forest products science, applied aquatic science, and related fields
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| Research Institution | Shizuoka University |
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Principal Investigator |
小野 晶子 静岡大学, 未来創成本部, 助教 (60975473)
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| Project Period (FY) |
2023-08-31 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | シイタケ / 害菌 / Lentinula edodes / QTL-seq / Trichoderma sp. |
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| Outline of Research at the Start |
食用きのこの代表であるシイタケの栽培現場で、Trichoderma属菌などの病害菌による子実体の発生阻害が問題となっている。本課題では耐病性に関わる遺伝領域を特定するために、耐病性の異なるシイタケ菌株間で、ゲノムワイドな量的形質遺伝子座解析を行う。さらに対峙培養による遺伝子発現差解析を実施し、シイタケとTrichoderma属菌の相互作用に関与する遺伝子を明らかにする。最終的にこれらの知見を総合してDNAマーカーを作出し、耐病性菌株の選抜を可能とすることを目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
シイタケの栽培現場では、Trichoderma属菌による子実体の発生阻害が問題となっている。本課題では耐病性に関わる遺伝領域を特定するために、耐病性の異なるシイタケ菌株間で、ゲノムワイドな量的形質遺伝子座解析を行っている。本年度はまず、F2株のゲノムDNAを、次世代シーケンサーでのゲノムシーケンスを行い、約35 Gbのリードを取得した。バルク分離解析を実装したQTL-seq v2.2.3パイプラインに供し、優位にΔSNP-Indexの割合が高い領域を検出した。その結果、ゲノム上に2 Mbpおよび0.6 Mbpの２領域が絞られた。この領域内で特にSNPが明瞭に分かれる箇所の選抜を行い、どの遺伝子上の配列であるかなどの情報を整理した。これらの成果をまとめ、日本きのこ学会第26回大会でポスター発表を行った。
また、交配に使用した親株をTrichodermaまたは同じシイタケ菌株と対峙培養し、シイタケの菌糸体からtotal RNAを抽出、Novogene社のIllumina Novaseq6000を使用した150 bpペアエンドシーケンスを行った。各サンプル7 Gb程度の生リードを取得しており、現在解析中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究開始時の計画の予定通り、初年度（R5）はQTL-seq法によりゲノム間で一塩基多型のある箇所を探索し、該当する遺伝領域を特定することができた。さらに1件の学会発表を行った。また、次年度に予定しているRNA-Seq解析のためのリード情報はすでに取得済であることから、計画通りに遂行できていると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
RNA-Seq解析を行い、シイタケがTrichodermaと対峙した際の遺伝子発現差解析を行うことで、耐病性に関連する遺伝子を推定する。最終的にQTL-seqおよびRNA-Seqから得られたデータを総合し、DNAマーカーを作出し、強耐病性菌株の選抜が可能か検証する。
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