| Project/Area Number |
23K19466
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
0803:Pathology, infection/immunology, and related fields
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
津田 裕介 京都大学, 医学研究科, 医員 (40977758)
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| Project Period (FY) |
2023-08-31 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | 大腸菌 / 薬剤耐性 / 腸内細菌叢 / メタゲノム解析 / 薬剤耐性大腸菌 |
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| Outline of Research at the Start |
世界中で拡大している薬剤耐性（Antimicrobial resistance: AMR）大腸菌の伝播メカニズムは解明されていない。大腸菌のリザーバーは腸管であり、その中には様々なSequence Type（ST）を示す異なる大腸菌株が混在し、腸管外感染症を引き起こす。本研究では、次世代シークエンサーを用いたメタゲノム解析により糞便中のST頻度と菌量を正確に把握できる新規検査法を開発する。本研究の結果により網羅的かつ定量的な糞便中の大腸菌菌叢解析が可能となり、AMR大腸菌の伝播メカニズムの解明、さらには効果的な感染対策の立案も期待される。
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| Outline of Annual Research Achievements |
ST131特異的配列を特定した解析方法に従って、今年度はいくつかのSTについてST特異的配列を特定した。ST38、ST69、ST73で特異的配列が見つかった。ST1193はcomplete genomeの数が少なく、特異的配列の特定が難しかったため、今後complete genomeを増やして解析する予定である。ST10は特異的配列の特定が困難であり、別アプローチを検討している。
そして、当研究室に保存されていたコンプリートゲノムがわかっているST131とST38株をいくつかの割合で混合した試料を作成し、メタゲノム解析を行った。それらの特異的配列を用いて、ST頻度について解析を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ST特異的配列の特定を行うことができ、また複数のSTを混合した試料でNGS解析を行っている。
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| Strategy for Future Research Activity |
ST1193のcomplete genomeを増やしてST1193の特異的配列の特定を行う。複数STの大腸菌を混合した試料を作成し、メタゲノム解析を行う。
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