| Project/Area Number |
23K19534
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
0901:Oncology and related fields
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
高田 創 大阪大学, 医学部附属病院, 特任助教(常勤) (40977112)
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| Project Period (FY) |
2023-08-31 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | 胸腺癌 / ゲノム解析 / エピゲノム解析 / 胸腺腫瘍 |
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| Outline of Research at the Start |
胸腺がんは悪性度が高く難治性であり予後不良であるが希少であるため治療のみならず病態解明におけるエビデンスが確立されていない。近年、多層オミックス解析により様々ながん種の病態が明らかにされ、治療標的となる遺伝子異常が次々に報告されている。免疫関連臓器という特殊な臓器（胸腺）に発生する胸腺がんを対象に、既に過去に類をみない症例数を集積している。多層オミックス解析に基づき本疾患の本態解明に迫り、遺伝子異常、特に治療標的となりうる遺伝子異常を特定し、その機能解析を行う。
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| Outline of Annual Research Achievements |
2019 年から多施設共同で症例の集積を行っており、約 200 症例の組織検体の収集を行った。全ゲノム解析や全エクソーム解析、全トランスクリプトーム解析、エピゲノム解析（DNA メチル化解析や ATAC-seq）を加えた多層的解析を進めており令和 4 年度に全ての一次解析が終了した。全エクソームの解析に関しては対象とした101例に加えて公開されているデータの23例のFASTQを用いて同じパイプラインを用いて解析を行った。加えてAMEDがん全ゲノム事業の一環としての胸腺腫瘍、とりわけ胸腺癌の全ゲノム解析を行い、全エクソーム解析のSMG算出方法とは異なる方法で、全ゲノム解析のSMG解析を行った結果、新規のCOSMICデータベースに登録されていない遺伝子Xと遺伝子Yを同定した。そのため、申請時に予定していたCYLD遺伝子ではなくこれらの遺伝子Xと遺伝子Yを正常胸腺細胞株を用いたノックアウトによる機能解析実験に変更する方針とし、現在ノックアウト細胞株の作成をすすめている。具体的には、全ゲノム解析の変異コールを行い統計学的に有意な遺伝子変異として同定した新規遺伝子XXと新規遺伝子YYの正常胸腺における機能解析を行うことで胸腺癌の病態に迫る。現在、ノックアウト細胞株を作成しており、作成後はノックダウン前後の細胞株から核酸抽出を行う。RNA-seqを行いノックダウン前後での発現変動遺伝子を確認することで新規遺伝子の機能解析を行う。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
研究書申請時に予定していた遺伝子の機能解析を想定してすすめていたが、AMEDがん全ゲノム事業の解析から病態に関連する新規遺伝子XXの機能解析に方針を変更したため。
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| Strategy for Future Research Activity |
新規遺伝子XXの機能解析をすすめる。具体的には、全ゲノム解析の変異コールを行い統計学的に有意な遺伝子変異として同定した新規遺伝子XXと新規遺伝子YYの正常胸腺における機能解析を行うことで胸腺癌の病態に迫ることを目的としている。現在、ノックアウト細胞株を作成しており、作成後はRNAseqをノックダウン前後で行い発現変動を確認する。
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