Project/Area Number |
23K20386
|
Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
|
Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Review Section |
Basic Section 61030:Intelligent informatics-related
|
Research Institution | Kyoto University |
Principal Investigator |
田村 武幸 京都大学, 化学研究所, 准教授 (00437261)
|
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高坂 智之 山口大学, 大学研究推進機構, 准教授 (70500453)
遠里 由佳子 立命館大学, 情報理工学部, 教授 (80346171)
|
Project Period (FY) |
2024-04-01 – 2025-03-31
|
Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
|
Budget Amount *help |
¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2024: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
|
Keywords | 代謝ネットワーク / 有用物質生産 / 増殖連動生産 / アルゴリズム / 混合整数線形計画法 |
Outline of Research at the Start |
代謝ネットワークの数理モデルの中でも、Flux Balance Analysis モデル(FBAモデル)は、ゲノムスケールの代謝ネットワークの解析に特に有効であることが知られている。しかし所望の目的化合物(有用物質)を効率よく生産するための遺伝子改変戦略を計算する問題の多くは、組合せ最適化の側面が強いNP困難問題であり、ゲノムスケールの大規模な代謝ネットワークに適用できる最適化アルゴリズムが存在しないのが実情である。本研究では、自然状態では産出されにくい有用物質を、効率よく産出させるために必要な遺伝的改変戦略や反応削除戦略等を高速に計算するアルゴリズムを開発・実装して公開する。
|