| Project/Area Number |
23K20389
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| Project/Area Number (Other) |
20H04282 (2020-2023)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2024)
Single-year Grants (2020-2023) |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
松井 佑介 名古屋大学, 医学系研究科(保健), 准教授 (90761495)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
阿部 雄一 岐阜大学, 糖鎖生命コア研究所, 特任准教授 (30731632)
宇野 光平 名古屋大学, 医学系研究科, 特任助教 (50873585)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
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| Keywords | 統合解析 / ネットワーク解析 / マルチオミクス解析 / プロテオゲノム解析 / 選択的スプライシング解析 / Percent Splice In / イントロン保持 / システム生物学 / プロテオゲノム / プロテオスタシス / バイオインフォマティクス / 計算生物学 / 共発現解析 / 生命情報学 / がん / 統計科学 / 情報科学 / プロテオミクス / コピュラ / パイプライン開発 / ワークフロー言語 / プロテオゲノミクス / リバーストランスオミクス解析 |
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| Outline of Research at the Start |
最終年度は、これまでの解析結果をリソースとして統合・公開していくことを目標とします。情報学の非専門家であっても容易にWebブラウザ垢らアクセス可能なツール開発は、生命科学研究の手段として重要です。これまでの研究期間で開発した分析方法やそれらを用いた解析したゲノム、遺伝子発現、たんぱく質といった分子情報をWebリソースとして、ユーザーが容易にアクセスし複数の観点から分析可能な環境を開発を進めていく予定です。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、スプライシング異常とタンパク質異常の関連性を解析するために、スプライシングイベント解析および機能的推定アルゴリズムの開発を行なった。具体的にはRNAseq配列データからPercent Splice In (PSI) を推定するためのパイプラインを構築し、疾患群で変動しているスプライシングイベントを推定ができる環境を構築した。また、スプライシング解析の課題である機能推定の問題に対して、アイソフォーム発現と統合して信頼性の高いスプライシングイベントをフィルターする計算アルゴリズムを開発して、それらを用いた機能推定方法を開発した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ゲノム変異以外の変異情報に基づくプロテオゲノム解析へ向けた解析基盤が整った。
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| Strategy for Future Research Activity |
タンパク質情報を統合するプロテオゲノム解析を実施して、同定した異常スプライシングをペプチドレベルで検証する手法を開発する。
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