| Project/Area Number |
23K20389
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| Project/Area Number (Other) |
20H04282 (2020-2023)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2024)
Single-year Grants (2020-2023) |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
松井 佑介 名古屋大学, 医学系研究科(保健), 准教授 (90761495)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
阿部 雄一 岐阜大学, 糖鎖生命コア研究所, 特任准教授 (30731632)
宇野 光平 名古屋大学, 医学系研究科, 特任助教 (50873585)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
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| Keywords | 統合解析 / ネットワーク解析 / マルチオミクス解析 / システム生物学 / プロテオゲノム / プロテオスタシス / バイオインフォマティクス / 計算生物学 / 共発現解析 / 生命情報学 / がん / 統計科学 / 情報科学 / プロテオミクス / コピュラ / プロテオゲノム解析 / パイプライン開発 / ワークフロー言語 / プロテオゲノミクス / リバーストランスオミクス解析 |
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| Outline of Research at the Start |
最終年度は、これまでの解析結果をリソースとして統合・公開していくことを目標とします。情報学の非専門家であっても容易にWebブラウザ垢らアクセス可能なツール開発は、生命科学研究の手段として重要です。これまでの研究期間で開発した分析方法やそれらを用いた解析したゲノム、遺伝子発現、たんぱく質といった分子情報をWebリソースとして、ユーザーが容易にアクセスし複数の観点から分析可能な環境を開発を進めていく予定です。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度はがんのタンパク質恒常性に焦点を当てたプロテオスタシスモジュールに対するプロテオゲノム解析に関して結果を得た。独自に定義したプロテオスタシス遺伝子セットを手がかりにGenomic Data CommonsおよびProteomic Data Commonsからそれぞれ各腫瘍ごとのプロテオゲノムデータを取得し、プロテオスタシスの脱制御が攻撃的な腫瘍表現型にどのように関与するのかを詳細に分析した。本年度は腎癌を対象に解析を進めた。細胞外マトリックスおよび免疫細胞活性に対して特定のプロテオスタシス因子が強く関与し、それらは予後不良とも関与していることが明らかとなった。さらに、ネットワーク構造を分析したところ、腫瘍群では正常群と比較して、ネットワークエントロピーにおいて著しい変化が生じており、5共発現制御機構の破綻も関与していることが示唆された。また、ゲノム変異およびメチル化シグネチャおよび免疫スコアを用いたサブタイプとの関連も分析したところ、悪性度の高いサブタイプに対して同定したプロテオスタシスモジュールが相関することが明らかになった。これらの成果は次年度に論文成果として公表する予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
プロテオゲノムに基づく特徴を同定する解析アプローチの開発が順調に進み、論文成果７報の成果を得られたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度は腎癌のみに焦点を当てたが、汎がん解析へ拡張する予定である。また、プロテオスタシス脱制御は翻訳後修飾メカニズムとも密接に関与することから、キナーゼや糖転移酵素の情報に基づいて、リン酸化、糖鎖修飾への影響を予測する解析アプローチの開発も進めていく。
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