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Explore novel RNA modification physiology

Research Project

Project/Area Number 23K21370
Project/Area Number (Other) 21H02659 (2021-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2021-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 48020:Physiology-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

魏 范研  東北大学, 加齢医学研究所, 教授 (90555773)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小川 亜希子  東北大学, 加齢医学研究所, 助教 (00868565)
松田 盛  東北大学, 加齢医学研究所, 助教 (00884272)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
KeywordsRNA / RNA修飾 / GPCR / 核酸代謝 / 受容体 / 免疫応答
Outline of Research at the Start

本申請者は、多彩な生体高次機能を調節しうる新しいカテゴリーの液性因子群を発見した。この液性因子群は多様な化学修飾を含むRNA塩基(修飾ヌクレオシド)で構成されており、刺激に応じて分泌が亢進し、特定の受容体を活性化し免疫応答を惹起するといった生理活性を有するものを見いだしつつある。本研究は、メチルアデノシン(m6A)に焦点を絞り、分子生理学や構造生物学など様々な角度からm6Aの生理機能の全貌解明に注力するとともに、機能未解明な修飾ヌクレオシドについては、受容体の同定や生理活性の解析を加速する。これらの研究を通して、修飾ヌクレオシドを基軸とする「新核酸生理学」の開拓と確立を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

本計画研究の代表者は新しいカテゴリーの液性因子群を発見した。この液性因子群は多様な化学修飾を含むRNA塩基(修飾ヌクレオシド)で構成されており、中には刺激に応じて分泌が亢進し、特定の受容体を活性化し免疫応答を調節するといった生理活性を有するものも存在する。修飾ヌクレオシドは従来の概念にないものであり、多彩な生命現象を調節しうる。本研究では、修飾ヌクレオシドの一種である、メチルアデノシン(m6A)に焦点を絞り、分子生理学や構造生物学など様々な角度からm6Aの生理機能の全貌解明に注力しつつ、機能未解明な修飾ヌクレオシドについては、受容体の同定や生理活性の解析を進める。2023年度においては共同研究者とともにm6Aが結合するアデノシンA3受容体のクライオ電顕解析を進め、立体構造に関する詳細な情報を得られた。また、得られた立体構造をもとにアミノ酸置換変異体を作成し、m6Aによる受容体活性化能の変化を検討することで、当該アミノ酸残基の重要性をバリデーションした。その結果、結合ポケットに存在する疎水性アミノ酸はA3受容体とm6Aの結合特異性に重要であることが明らかになった。構造解析に加え、2023年度においてm6Aの代謝機構について研究を進め、m6Aに作用するリン酸化酵素と脱アミノ化酵素の作用を見出した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

構造解析と修飾ヌクレオシドの代謝機構に関する解析が順調に進んでおり、論文化の目処が立ったため

Strategy for Future Research Activity

2024年度は最終年度であり、前年度の成果に基づきm6AによるA3受容体活性化の分子基盤をさらに進める。具体的には、前年度から進めている受容体のアミノ酸置換変異体のバリエーションをさらに増やし、その後受容体の活性化アッセイや細胞内カルシウムイメージングといった機能解析を通して、m6Aによる活性化の分子メカニズムの全貌を明らかにするとともに、m6A以外の修飾ヌクレオシドについてスクリーニングを進める。
また、m6Aの代謝機構については、リン酸化酵素や脱アミノ化酵素のノックアウトマウスの表現型解析、臓器のプロテオーム解析やメタボローム解析、トランスクリプトーム解析といったマルチオミクスを実施し、m6A代謝の生理意義を明らかにする。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2023 2022

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 10 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Steep increase in the number of transthyretin-positive cardiac biopsy cases in Japan: evidence obtained by the nation-wide pathology consultation for the typing diagnosis of amyloidosis2023

    • Author(s)
      Naiki H, Yamaguchi A, Sekijima Y, Ueda M, Ohashi K, Hatakeyama K, Ikeda Y, Hoshii Y, Shintani-Domoto Y, Miyagawa-Hayashino A, Tsujikawa H, Endo J, Arai T, Ando Y.
    • Journal Title

      Amyloid

      Volume: 30 Issue: 1 Pages: 321-326

    • DOI

      10.1038/s42003-023-04680-x

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Epitranscriptomics in metabolic disease.2023

    • Author(s)
      Matsumura Y, Wei FY, Sakai J.
    • Journal Title

      Nat Metab

      Volume: 5(3) Issue: 3 Pages: 370-384

    • DOI

      10.1038/s42255-023-00764-4

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mitochondrial alterations in the cochlea of Cdk5rap1-knockout mice with age-related hearing loss2023

    • Author(s)
      Miwa Toru、Katsuno Tatsuya、Wei Fan‐Yan、Tomizawa Kazuhito
    • Journal Title

      FEBS Open Bio

      Volume: 13 Issue: 7 Pages: 1365

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13655

    • URL

      https://pure.teikyo.jp/en/publications/0f25790c-1007-49d1-bd8f-0a356c8b3ed6

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Supersulphides provide airway protection in viral and chronic lung diseases2023

    • Author(s)
      Matsunaga Tetsuro、Sano Hirohito、Takita Katsuya、Morita Masanobu、Yamanaka Shun、Ichikawa Tomohiro、Numakura Tadahisa、Ida Tomoaki、Jung Minkyung、Ogata Seiryo、Yoon Sunghyeon、Fujino Naoya、Kyogoku Yorihiko、Akaike Takaaki、et al.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 4476-4476

    • DOI

      10.1038/s41467-023-40182-4

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Supersulfide biology and translational medicine for disease control2023

    • Author(s)
      Barayeu Uladzimir、Sawa Tomohiro、Nishida Motohiro、Wei Fan-Yan、Motohashi Hozumi、Akaike Takaaki
    • Journal Title

      British Journal of Pharmacology

      Volume: - Pages: 1-11

    • DOI

      10.1111/bph.16271

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Pathological mutations promote proteolysis of mitochondrial tRNA-specific 2-thiouridylase 1 (MTU1) via mitochondrial caseinolytic peptidase (CLPP)2023

    • Author(s)
      Ahmad Raja Norazireen?Raja、Zhang Long-Teng、Morita Rikuri、Tani Haruna、Wu Yong、Chujo Takeshi、Ogawa Akiko、Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru、Tomizawa Kazuhito、Wei Fan-Yan
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 52 Issue: 3 Pages: 1341-1358

    • DOI

      10.1093/nar/gkad1197

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Extracellular N6-isopentenyladenosine (i6A) addition induces co-transcriptional i6A incorporation into ribosomal RNAs.2022

    • Author(s)
      Yakita M, Chujo T, Wei FY, Hirayama M, Kato K, Takahashi N, Naganuma K, Nagata M, Kawahara K, Nakayama H, Tomizawa K.
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 28 Issue: 7 Pages: 1013-1027

    • DOI

      10.1261/rna.079176.122

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Movements of Ancient Human Endogenous Retroviruses Detected in SOX2-Expressing Cells2022

    • Author(s)
      Kazuaki Monde, Yorifumi Satou, Mizuki Goto, Yoshikazu Uchiyama, Jumpei Ito, Taku Kaitsuka, Hiromi Terasawa, Nami Monde, Shinya Yamaga, Tomoya Matsusako, Fan-Yan Wei, Ituro Inoue, Kazuhito Tomizawa, Akira Ono, Takumi Era, Tomohiro Sawa, Yosuke Maeda
    • Journal Title

      Journal of Virology

      Volume: NA Issue: 9

    • DOI

      10.1128/jvi.00356-22

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Aberrant RNA processing contributes to the pathogenesis of mitochondrial diseases in trans-mitochondrial mouse model carrying mitochondrial tRNALeu(UUR) with a pathogenic A2748G mutation2022

    • Author(s)
      Tani Haruna、Ishikawa Kaori、Tamashiro Hiroaki、Ogasawara Emi、Yasukawa Takehiro、Matsuda Shigeru、Shimizu Akinori、Kang Dongchon、Hayashi Jun-Ichi、Wei Fan-Yan、Nakada Kazuto
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 50 Issue: 16 Pages: 9382-9396

    • DOI

      10.1093/nar/gkac699

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] t6A and ms2t6A Modified Nucleosides in Serum and Urine as Strong Candidate Biomarkers of COVID-19 Infection and Severity2022

    • Author(s)
      Nagayoshi Y、Nishiguchi K、Yamamura R、Chujo T、Oshiumi H、Nagata H、Kaneko Hi、Yamamoto K、Nakata H、Sakakida K、Kunisawa A、Adachi M、Kakizoe Y、Mizobe T、Kuratsu Ji、Shimada S、Nakamori Y、Matsuoka M、Mukoyama M、Wei FY、Tomizawa K
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 12 Issue: 9 Pages: 1233-1233

    • DOI

      10.3390/biom12091233

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Extracellular modified nucleosides derived from RNA catabolism activates GPCR2023

    • Author(s)
      小川亜希子、魏 范研
    • Organizer
      The 28th Annual Meeting of the RNA SOCIETY (RNA2023)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 呼気オミックス・エアロバイオミックス2023

    • Author(s)
      魏 范研
    • Organizer
      第76回日本酸化ストレス学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] RNA Epitranscriptome in neurological disease2023

    • Author(s)
      魏 范研
    • Organizer
      Karolinska Institutet and Tohoku University Meeting
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 超硫黄によるミトコンドリアtRNA修飾制御と代謝疾2023

    • Author(s)
      魏 范研
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] RNA Modification of Mitochondrial tRNAs in Life and Disease2023

    • Author(s)
      魏 范研
    • Organizer
      OsakaMito 2023
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Sulfur modification in humn mitochondrial tRNAs and the pathophysiological roles2022

    • Author(s)
      魏 范研
    • Organizer
      Redox week in sendai 2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Sulfur modification in mitochondrial RNA and its pathological relevance2022

    • Author(s)
      魏 范研
    • Organizer
      第95回日本生化学学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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