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Comprehensive understanding of the enhancer cluster that regulates the expression of Indian hedgehog in the skeletal system

Research Project

Project/Area Number 23K21494
Project/Area Number (Other) 21H03142 (2021-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2021-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 57060:Surgical dentistry-related
Research InstitutionOsaka University (2022-2024)
Nagasaki University (2021)

Principal Investigator

大庭 伸介  大阪大学, 大学院歯学研究科, 教授 (20466733)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松尾 友紀  長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 技術職員 (40792601)
北條 宏徳  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 准教授 (80788422)
森石 武史  長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 助教 (20380983)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Keywords骨格系 / インディアンヘッジホッグ / エンハンサー
Outline of Research at the Start

骨格組織におけるインディアンヘッジホッグ(Ihh)の発現制御機構については不明な点が多い。そこで本研究では、骨格組織においてIhhの発現調節に関わるエンハンサークラスターとその生物学的役割を包括的に明らかにすることを目指す。具体的には、次世代シークエンサーによるATAC-seq・ChIP-seqからIhhのエンハンサー候補領域を取得し、レポータートランスジェニックマウスと欠失変異マウスを用いたエンハンサーの活性評価と生物学的役割の検証を行う。さらに、エンハンサー活性化の分子メカニズムとその活性調節の病態修飾効果を検討する。

Outline of Annual Research Achievements

1. 生理的・病的状態におけるIhh エンハンサーの生物学的意義の検証:前年度までに、エンハンサーAよびCのトランスジェニックレポーターマウスの胎仔において骨組織特異的なエンハンサー活性を認め、成体においては関節軟骨組織の変性に伴ってエンハンサー活性が上昇することを見出していた。そこで、当該年度では、ゲノム編集技術を用いて作製されたエンハンサーAおよびCそれぞれの欠失マウスの表現型解析をおこなった。しかしながら、生理的・病的状態ともに各エンハンサーの単独欠失による骨格組織の著明な異常を認めていない。エンハンサーA欠失マウス胎仔骨組織は野生型マウスと同レベルのIhhの発現が維持されていた。以上の結果から、生体においては安定的なIhh発現を達成するために、複数のエンハンサーによる協調作用や補償機構を介した頑強な発現制御システムが存在すると考えられた。今後は複数の候補エンハンサー領域を欠失させたマウスの解析を進める必要があると考えられた。

2. Ihhエンハンサーの活性化機構の検討:申請者らがこれまでに蓄積してきた骨・軟骨マスター転写因子群に対するクロマチン免疫沈降シークエンスの結果から、エンハンサーAに作用する転写因子候補を取得した。レポーターアッセイによりこれらの候補はエンハンサーAの活性を調節する可能性が示された。

3. エンハンサー活性を調節する生理活性物質の探索:エンハンサーAのレポーターコンストラクトを導入した細胞センサーを作製し、既存薬および既知薬理活性薬からなる化合物ライブラリーのスクリーニングを行った。その結果、エンハンサー活性を上昇あるいは抑制させる複数の候補化合物を見出した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初計画の通りにエンハンサー欠失マウスの解析、エンハンサー活性化機構の検討、エンハンサー活性調節物質の探索に着手し、部分的にではあるが有望な結果が得られているため。

Strategy for Future Research Activity

エンハンサー候補領域の生物学的定義についてエンハンサー欠失マウスの解析をさらに進めると共に、当初計画に従ってエンハンサー活性化機構における転写因子間の相互作用、活性調節因子の絞り込みを進める。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (33 results)

All 2023 2022 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 8 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 7 results) Remarks (3 results)

  • [Int'l Joint Research] 南カリフォルニア大学/コネチカット大学(米国)

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      Tani Shoichiro, Okada Hiroyuki, Onodera Shoko, Chijimatsu Ryota, Seki Masahide, Suzuki Yutaka, Xin Xiaonan, Rowe David W., Saito Taku, Tanaka Sakae, Chung Ung-il, Ohba Shinsuke, Hojo Hironori
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 42 Issue: 4 Pages: 112276-112276

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2023.112276

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    • Author(s)
      Ikeda Y., Tani S., Moriishi T., Kuroda A., Matsuo Y., Saeki N., Inui-Yamamoto C., Abe M., Maeda T., Rowe DW., Chung UI., Hojo H., Matsushita Y., Sawase T., Ohba S.
    • Journal Title

      Regenerative Therapy

      Volume: 24 Pages: 536-546

    • DOI

      10.1016/j.reth.2023.09.017

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Runt-related Transcription Factors and Gene Regulatory Mechanisms in Skeletal Development and Diseases2023

    • Author(s)
      Hojo Hironori、Ohba Shinsuke
    • Journal Title

      Current Osteoporosis Reports

      Volume: 21 Issue: 5 Pages: 485-492

    • DOI

      10.1007/s11914-023-00808-4

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    • Author(s)
      Wu Sixun、Ohba Shinsuke、Matsushita Yuki
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 24 Issue: 12 Pages: 9814-9814

    • DOI

      10.3390/ijms24129814

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  • [Journal Article] Subcutaneously Transplanted Fresh Cartilage in Allogeneic and Xenogeneic Immunocompetent Mouse2023

    • Author(s)
      Uto Sakura、Hikita Atsuhiko、Mori Daisuke、Sakamoto Tomoaki、Yano Fumiko、Ohba Shinsuke、Saito Taku、Takato Tsuyoshi、Hoshi Kazuto
    • Journal Title

      Tissue Engineering Part A

      Volume: 29 Issue: 19-20 Pages: 541-556

    • DOI

      10.1089/ten.tea.2023.0052

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  • [Journal Article] Runx2 regulates chromatin accessibility to direct the osteoblast program at neonatal stages2022

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      Hojo Hironori, Saito Taku, He Xinjun, Guo Qiuyu, Onodera Shoko, Azuma Toshifumi, Koebis Michinori, Nakao Kazuki, Aiba Atsu, Seki Masahide, Suzuki Yutaka, Okada Hiroyuki, Tanaka Sakae, Chung Ung-il, McMahon Andrew P., Ohba Shinsuke
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 40 Issue: 10 Pages: 111315-111315

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2022.111315

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  • [Journal Article] Sp7 Action in the Skeleton: Its Mode of Action, Functions, and Relevance to Skeletal Diseases2022

    • Author(s)
      Hojo Hironori、Ohba Shinsuke
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 23 Issue: 10 Pages: 5647-5647

    • DOI

      10.3390/ijms23105647

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  • [Journal Article] Single-cell RNA sequencing unravels heterogeneity of skeletal progenitors and cell-cell interactions underlying the bone repair process2022

    • Author(s)
      Nakayama Mika、Okada Hiroyuki、Seki Masahide、Suzuki Yutaka、Chung Ung-il、Ohba Shinsuke、Hojo Hironori
    • Journal Title

      Regenerative Therapy

      Volume: 21 Pages: 9-18

    • DOI

      10.1016/j.reth.2022.05.001

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  • [Journal Article] Mesenchymal stromal cells in the bone marrow niche consist of multi-populations with distinct transcriptional and epigenetic properties2021

    • Author(s)
      Kanazawa Sanshiro、Okada Hiroyuki、Hojo Hironori、Ohba Shinsuke、Iwata Junichi、Komura Makoto、Hikita Atsuhiko、Hoshi Kazuto
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 15811-15811

    • DOI

      10.1038/s41598-021-94186-5

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      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome-scale actions of master regulators directing skeletal development2021

    • Author(s)
      Ohba S
    • Journal Title

      Jpn Dent Sci Rev

      Volume: 57 Pages: 217-223

    • DOI

      10.1016/j.jdsr.2021.10.001

    • NAID

      210000172891

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ear Cartilage Reconstruction Combining Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cartilage and Three-Dimensional Shape-Memory Scaffold2020

    • Author(s)
      Uto Sakura、Hikita Atsuhiko、Sakamoto Tomoaki、Mori Daisuke、Yano Fumiko、Ohba Shinsuke、Saito Taku、Takato Tsuyoshi、Hoshi Kazuto
    • Journal Title

      Tissue Engineering Part A

      Volume: - Issue: 9-10 Pages: 604-617

    • DOI

      10.1089/ten.tea.2020.0106

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  • [Presentation] 骨形成プログラムの理解に向けて.2023

    • Author(s)
      大庭伸介
    • Organizer
      日本歯科放射線学会第4回秋季学術大会
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      大庭伸介
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  • [Presentation] 遺伝子発現・エピゲノムの観点で細胞を特徴づけ、理解する-骨発生を例に-.2023

    • Author(s)
      大庭伸介
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      第34回日本臨床口腔病理学会総会・学術大会
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  • [Presentation] 遺伝子発現制御の観点で骨発生・修復を理解する.2023

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      大庭伸介
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      Ikeda Y, Tani S, Moriishi T, Kuroda A, Matsuo Y, Inui C, Abe N, Maeda T, Chung UI, Hojo H, Matsushita Y, Sawase T, Ohba S
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      International Society for Stem Cell Research 2023 Annual Meeting
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  • [Presentation] Identifying gene regulatory networks in human skeletal development using human pluripotent stem cells and single cell analysis.2023

    • Author(s)
      Hojo H, Tani S, Okada H, Chung UI, Ohba S
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  • [Presentation] 転写因子Runx2を中心とした骨発生エンハンサーネットワークの解明.2022

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      北條宏徳, 齋藤琢, 小野寺晶子, 東俊文, 関真秀, 鈴木穣, 饗場篤, 鄭雄一, 大庭伸介
    • Organizer
      NGS Expo 2022
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 1細胞多層解析を用いたヒト骨発生における遺伝子制御ネットワークの解明.2022

    • Author(s)
      谷彰一郎, 岡田寛之, 齋藤琢, 田中栄, 鄭雄一, 北條宏徳, 大庭伸介
    • Organizer
      第40回日本骨代謝学会学術集会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒト多能性幹細胞由来の3次元骨組織誘導とシングルセル・マルチオーム解析を用いたヒト骨形成機構の解明.2022

    • Author(s)
      谷彰一郎, 岡田寛之, 関真秀, 鈴木穣, 斎藤琢, 田中栄, 鄭雄一, 北條宏徳, 大庭伸介:ヒト多能性幹細胞由来の3次元骨組織誘導とシングルセル・マルチオーム解析を用いたヒト骨形成機構の解明.
    • Organizer
      第95回日本整形外科学会学術集会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Elucidating gene regulatory networks underlying human skeletal development by integrating a model of human endochondral bones and single-cell multiomics.2022

    • Author(s)
      Tani S, Okada H, Seki M, Suzuki Y, Saito T, Tanaka S, Chung UI, Hojo H, Ohba S
    • Organizer
      2022 Annual Meeting of the American Society for Bone and Mineral Research
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  • [Presentation] Elucidating gene regulatory meshanisms underlying human skeletal development by integrating single-cell dynamics of chromatin accessibility and gene expression.2022

    • Author(s)
      Tani S, Okada H, Seki M, Suzuki Y, Saito T, Tanaka S, Chung UI, Hojo H, Ohba S
    • Organizer
      International Society for Stem Cell Research 2022 Annual Meeting
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  • [Presentation] Elucidating gene regulatory meshanisms underlying human skeletal development using human plurioitent stem cell-derived bone tissues and single-cell multiome analysis.2022

    • Author(s)
      Tani S, Okada H, Seki M, Suzuki Y, Saito T, Tanaka S, Chung UI, Hojo H, Ohba S
    • Organizer
      ECTS (European Calcified Tissue Society) 2022 Congress
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Understanding skeletal development through single-cell analysis of human pluripotent stem cell-derived endochondral bone tissues.2021

    • Author(s)
      大庭伸介, 谷彰一郎, 岡田寛之, 鄭雄一, 北條宏徳
    • Organizer
      第127回日本解剖学会総会・全国学術集会
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  • [Presentation] ヒト多能性幹細胞由来軟骨内骨化組織の作製2021

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      大庭伸介
    • Organizer
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  • [Presentation] 多能性幹細胞を用いた骨形成過程の再現2021

    • Author(s)
      大庭伸介
    • Organizer
      第75回日本口腔科学会学術集会
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Elucidating human skeletal development by single-cell analyses with a model of endochondral bone formation using human pluripotent stem cells.2021

    • Author(s)
      Tani S, Okada H, Seki M, Suzuki Y, Saito T, Tanaka S, Chung UI, Hojo H, Ohba S
    • Organizer
      ESA (Endocrine Society of Australia)-SRB (Society for Reproductive Biology)-ANZBMS (Australian and New Zealand Bone and Mineral Society) 2021
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      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Exploring human skeletal development using a human bone tissue induced from human pluripotent stem cells.2021

    • Author(s)
      Tani S, Okada H, Seki M, Suzuki Y, Saito T, Tanaka S, Chung UI, Hojo H, Ohba S
    • Organizer
      International Society for Stem Cell Research 2021 Annual Meeting
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    • Author(s)
      金澤三四朗, 岡田寛之, 北條宏徳, 大庭伸介、古村真, 疋田温彦, 星和人
    • Organizer
      第6回日本骨免疫学会
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  • [Remarks] researchmap

    • URL

      https://researchmap.jp/shin-o

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    • URL

      https://web.dent.osaka-u.ac.jp/oa1/index.html

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  • [Remarks] 大阪大学大学院歯学研究科 組織・発生生物学講座

    • URL

      https://web.dent.osaka-u.ac.jp/oa1/index.html

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Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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