| Budget Amount *help |
¥16,770,000 (Direct Cost: ¥12,900,000、Indirect Cost: ¥3,870,000)
Fiscal Year 2025: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では，遺伝子の多様性を表す集団遺伝学モデルに感染者数を表す疫学モデルを組み込み，ウイルスの多様性から感染者数や変異ウイルスの割合の時間変動を推定する手法を開発し，実際に観測される遺伝子データと疫学データを統計的機械学習により解析し，データ同化の手法を用いて感染者数や変異株の割合がどのように変化するかをリアルタイムに予測するとともに，予測の精度を検証することを目的としている。
2022年度までに変異株の従来株に対する相対実効再生産数を計算し，従来株から変異株への置き換わりを予測する手法を開発した。2023年度は，本手法をブラジルでのSARS-CoV-2変異株の置き換わりのデータに適用した。ブラジルでのガンマ株からデルタ株，デルタ株からオミクロンBA.1株への置き換わりを解析した結果，本手法により推定された相対実効再生産数は，Birth-Death-Skyline モデルで推定した実効再生産数の比とほぼ一致していることを明らかにした (Nat Comm, 2023)。また，同手法を用いて，ブラジルで流行するXBBの変異株を解析した結果， XBB＋F486P株，XBB＋F486P＋F456L株，XBB＋F486P＋F456L＋L455F株の他の流行株（主にBQ.1/BE株）に対する相対実効再生産数は，それぞれ1.24，1.33，1.48であることを明らかにした (Microbiol Spectr, 2024)。
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