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Single-cell multiomic analysis by single molecule nanopore sensing

Research Project

Project/Area Number 23K23194
Project/Area Number (Other) 22H01926 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 28050:Nano/micro-systems-related
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

筒井 真楠  大阪大学, 産業科学研究所, 准教授 (50546596)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2022: ¥7,020,000 (Direct Cost: ¥5,400,000、Indirect Cost: ¥1,620,000)
Keywordsナノポア / ナノ計測 / 1分子検出 / イオン電流 / マルチオミクス / 1細胞解析 / 電気泳動 / ナノ流体 / 単分子 / 1細胞
Outline of Research at the Start

本研究では、FET型ナノポアによる1粒子泳動ダイナミクス解析・制御法を応用・発展させ、タンパク質やDNAの表面電荷選択的1分子検出法を創成する。そして当該手法を、集積ナノポアを用いた1生体粒子破砕技術と融合させることで、1細胞内物質の網羅的1分子検出・識別を実現する。本研究の達成により、局所電場が付与されたナノ制限空間における1分子泳動ダイナミクスの基礎科学を構築すると共に、オンチップ1生体粒子マルチオミクス分析に資する革新的ナノポア技術を創出することで、生命科学研究分野の発展に寄与する。

Outline of Annual Research Achievements

サラウンドゲートナノポアによる電荷選択的イオンおよび粒子検出を実施した。直径20 nmのナノポアにゲート電極とゲート絶縁膜を集積した構造を作製した。これを用いて様々なイオン濃度でイオン電流計測を実施し、その結果からイオン濃度拡散に伴う起電力を見積もった。希薄なイオン濃度条件下では、起電力の大きさが印可するゲート電圧により変化した。その結果からナノポアのイオン選択性の強度を計算したところ、負(正)のゲート電圧を加えることで、ナノポア内のイオン輸送がカチオン(アニオン)選択的に変化することが明らかになった。またこの現象を塩分濃度差発電に応用したところ、ゲート電圧制御によって発電能を10倍近く向上させることが可能であることを実証することに成功した。これは当初の計画以上の成果である。さらにこのサラウンドゲートナノポアを用いてバクテリオファージの1粒子検出を実施し、ゲート電圧による電気浸透流制御によって、ファージの表面電荷密度に応じた選択的1粒子検出やDNAの通過速度の減速が可能であることを確認した。また、積層集積ナノポアによるバクテリオファージの1粒子検出のための準備実験を実施し、ファージと精製DNAが混合した電解質液中においても、ナノポアに加える電圧の向きによって、DNAあるいはファージだけがナノポアを通過することが確認できた。これは、印可した電圧の大きさと向きによって決まる電気浸透流と電気泳動力のバランスによる効果として解釈できるものである。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

サラウンドゲートナノポアによるイオン電流計測を進める中で、ゲート電圧によって、当初計画していた1粒子泳動ダイナミクスの制御だけでなく、ナノポアにおけるイオン選択性まで制御可能であることを発見できた。この結果は、ナノポアセンサだけでなく、ナノポア発電素子の研究分野においても大きなインパクトを与えるものである。

Strategy for Future Research Activity

今回の結果をベースに、積層集積ナノポアを用いたバクテリオファージおよび細胞の膜破壊・その場1分子検出を、当初の計画通り進めていく。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Peltier cooling for thermal management in nanofluidic devices2024

    • Author(s)
      Tsutsui Makusu、Yokota Kazumichi、Hsu Wei Lun、Garoli Denis、Daiguji Hirofumi、Kawai Tomoji
    • Journal Title

      Device

      Volume: 2 Issue: 1 Pages: 100188-100188

    • DOI

      10.1016/j.device.2023.100188

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Scalability of nanopore osmotic energy conversion2024

    • Author(s)
      Tsutsui Makusu、Hsu Wei‐Lun、Yokota Kazumichi、Leong Iat Wai、Daiguji Hirofumi、Kawai Tomoji
    • Journal Title

      Exploration

      Volume: 4 Issue: 2 Pages: 20220110-20220110

    • DOI

      10.1002/exp.20220110

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identifying viral vector characteristics by nanopore sensing.2024

    • Author(s)
      Taiga Kawaguchi, Makusu Tsutsui, Iat Wai Leong, Kazumichi Yokota, Yuki Komoto, Masateru Taniguchi
    • Journal Title

      Small Methods

      Volume: - Issue: 8

    • DOI

      10.1002/smtd.202301523

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Regulating Nonlinear Ion Transport through a Solid-State Pore by Partial Surface Coatings2023

    • Author(s)
      Leong Iat Wai、Tsutsui Makusu、Yokota Kazumichi、Murayama Sanae、Taniguchi Masateru
    • Journal Title

      ACS Applied Materials & Interfaces

      Volume: 15 Issue: 4 Pages: 6123-6132

    • DOI

      10.1021/acsami.2c19485

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ionic Signal Amplification of DNA in a Nanopore2022

    • Author(s)
      Tsutsui Makusu、Yokota Kazumichi、He Yuhui、Kawai Tomoji
    • Journal Title

      Small Methods

      Volume: 6 Issue: 11 Pages: 2200761-2200761

    • DOI

      10.1002/smtd.202200761

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Sparse multi-nanopore osmotic power generators2022

    • Author(s)
      Tsutsui Makusu、Yokota Kazumichi、Leong Iat Wai、He Yuhui、Kawai Tomoji
    • Journal Title

      Cell Reports Physical Science

      Volume: 3 Issue: 10 Pages: 101065-101065

    • DOI

      10.1016/j.xcrp.2022.101065

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Interference of electrochemical ion diffusion in nanopore sensing2022

    • Author(s)
      Leong Iat Wai、Kishimoto Shohei、Tsutsui Makusu、Taniguchi Masateru
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Issue: 10 Pages: 105073-105073

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.105073

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 非ニュートン流体中におけるナノポア内の一粒子泳動ダイナミクス解析2024

    • Author(s)
      川口大雅,筒井真楠, 村山さなえ,横田一道, 小本祐貴, 谷口正輝
    • Organizer
      第71回応用物理学会春季学術講演会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] ナノポアイオン電流信号増強法2023

    • Author(s)
      筒井真楠
    • Organizer
      JST大阪大学新技術説明会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 誘電率勾配による固体ナノポアセンサのイオン電流信号増強2023

    • Author(s)
      筒井真楠、横田一道、ハ―ユフイ、川合知二
    • Organizer
      応用物理学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ナノポア発電素子2023

    • Author(s)
      筒井真楠、横田一道、リョーイツワイ、ハ―ユフイ、川合知二
    • Organizer
      応用物理学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Nanopore sensing for single-virus detections to digital infection diagnosis2022

    • Author(s)
      Makusu Tsutsui
    • Organizer
      IEEE-NEMS
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Integrated solid-state nanopore sensors2022

    • Author(s)
      Makusu Tsutsui
    • Organizer
      Vebleo Conference
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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