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Positive and negative regulation of the proteasome by the glycoprotein-type transcription factor Nrf1

Research Project

Project/Area Number 23K23571
Project/Area Number (Other) 22H02305 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 38060:Applied molecular and cellular biology-related
Research InstitutionTokyo Metropolitan Institute of Medical Science

Principal Investigator

吉田 雪子  公益財団法人東京都医学総合研究所, 基礎医科学研究分野, 主席研究員 (90271543)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥16,900,000 (Direct Cost: ¥13,000,000、Indirect Cost: ¥3,900,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2022: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
KeywordsNrf1 / プロテアソーム / 糖鎖 / ユビキチン / ユビキチンリガーゼ
Outline of Research at the Start

プロテアソームの転写因子Nrf1は、脱糖鎖酵素NGLY1による糖鎖除去とそれに伴うアミノ酸編集が必要である。また、NGLY1遺伝子欠損細胞における糖鎖認識ユビキチンリガーゼによるNrf1のユビキチン化がプロテアソームの著しい活性阻害を引き起こす。本研究は、ユビキチン化Nrf1によるプロテアソーム障害を引き起こす分子機構とアミノ酸編集によるプロテアソーム転写誘導の機序の理解から、Nrf1による正と負のプロテアソーム制御機構を明らかとする。

Outline of Annual Research Achievements

本研究は糖タンパク質型転写因子Nrf1による正と負のプロテアソーム制御機構を知ることを目的としている。
正の制御機構としては、脱糖鎖酵素NGLY1によるアミノ酸編集に着目し、その詳細な機構の解析を行なっている。昨年度は、プロテアソーム転写誘導活性に必要なアミノ酸編集の部位を9箇所のN型糖鎖付加部位から1箇所に限定した。今年度はアミノ酸編集後のNrf1に特異的に結合するタンパク質の同定を行った。さらにその結合因子が同定した1箇所のアミノ酸編集された部位に結合することを見出した。すなわち、プロテアソームの転写が誘導されるためには、1箇所の糖鎖除去によるアミノ酸編集された部位に相互作用分子が結合することが必要であることが判明した。
負の制御機構に関しては、糖鎖認識ユビキチンリガーゼSCFFBS2ともう一つのユビキチンリガーゼARIH1の2種類のユビキチンリガーゼの共同作業による型破りなユビキチン化によるNrf1の不活化機構について詳細な検討を行った。その結果、このユビキチン化は(1)NGLY1とは異なるもう一つの細胞質脱糖鎖酵素ENGASE活性に依存する反応であること、(2)セリン・スレオニン並びにN型糖鎖がトリミングされて生じるGlcNAcにエステル結合を介してユビキチン鎖がつくこと、(3)さらにそのユビキチン鎖は特徴的な分岐鎖であること、(4)このユビキチン鎖は細胞内の脱ユビキチン化酵素に対して耐性をもつなどの、極めてユニークな性質を持つことが判明した。このユビキチン化により、Nrf1のプロセシング酵素DDI2に耐性となり、核移行が阻害されることにより、Nrf1の機能阻害につながることを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

非常に新奇性の高いユビキチン化によるNrf1の負の制御機構を明らかとし、さらにNrf1の正の制御機構についても詳細な機構が判明してきているため順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

負の制御機構に関しては、異常なユビキチン化に加え、どのようにこのユビキチン化タンパク質がプロテアソーム活性を抑制するのかを明らかにする。正の制御機構については、プロテアソーム以外のタンパク質の発現誘導とどのように関わるのかについて発展させていく。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 7 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] USP8 prevents aberrant NF-kappaB and Nrf2 activation by counteracting ubiquitin signals from endosomes.2024

    • Author(s)
      Endo A, Fukushima T, Takahashi C, Tsuchiya H, Ohtake F, Ono S, Ly T, Yoshida Y, Tanaka K, Saeki Y, Komada M.
    • Journal Title

      Journal of Cell Biology

      Volume: 223(3) Issue: 3 Pages: 1-1

    • DOI

      10.1083/jcb.202306013

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] ELISA-based highly sensitive assay system for the detection of endogenous NGLY1 activity2024

    • Author(s)
      Fujihira Haruhiko、Sato Keiko、Nishiuchi Yuji、Murase Takefumi、Matsuda Yuka、Yoshida Yukiko、Kamei Takayuki、Suzuki Tadashi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 710 Pages: 149826-149826

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2024.149826

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ever-expanding NGLY1 biology.2022

    • Author(s)
      Tadashi Suzuki, Yukiko Yoshida
    • Journal Title

      J. Biochem.

      Volume: 171 Issue: 2 Pages: 141-143

    • DOI

      10.1093/jb/mvab134

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Luminescence detection of peptide:<i>N</i>-glycanase activity using engineered split inteins2022

    • Author(s)
      Takahashi Tsuyoshi、Uchibayashi Tatsuya、Ishii Nozomi、Matsuo Ichiro、Yoshida Yukiko、Suzuki Tadashi
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 58 Issue: 95 Pages: 13282-13285

    • DOI

      10.1039/d2cc04865e

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] NGLY1欠損症における転写因子Nrf1/NFE2L1の異常なユビキチン化2023

    • Author(s)
      吉田雪子
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Ubiquitination pathway in the pathogenesis of NGLY1 deficiency.2023

    • Author(s)
      Yukiko Yoshida
    • Organizer
      Grace Science Foundation NGLY1 Conference
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] NGLY1欠損症の発症機序:レクチン型ユビキチンリガーゼによるプロテアソーム機能阻害2023

    • Author(s)
      吉田雪子
    • Organizer
      第20回糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] プロテアソームの発現を制御する転写因子Nrf1における糖鎖とユビキチン鎖のクロストーク2023

    • Author(s)
      吉田雪子
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Relationship between FBS2 and ENGase in NGLY1 deficiency.2022

    • Author(s)
      Yoshida Y.
    • Organizer
      Grace Science Foundation NGLY1 Conference 2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] NGLY1 deficiency causes proteasome dysfunction.2022

    • Author(s)
      Yoshida Y. Saeki, Y.
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Negative regulation of Nrf1 by noncanonical ubiquitination in NGLY1 deficiency.2022

    • Author(s)
      Yoshida Y.
    • Organizer
      TMIMS International Symposium “New Frontiers in Ubiquitin Proteasome System”
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks]

    • URL

      https://www.igakuken.or.jp/pro-meta/

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      https://www.igakuken.or.jp/pro-meta/

    • Related Report
      2022 Annual Research Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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