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Elucidation of the Chromatin Reorganization Mechanisms Linked to DNA Damage Response

Research Project

Project/Area Number 23K23810
Project/Area Number (Other) 22H02546 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 43010:Molecular biology-related
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

小布施 力史  大阪大学, 大学院理学研究科, 教授 (00273855)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2024: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2023: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
KeywordsDNA損傷応答 / クロマチンリモデリング / ヘテロクロマチン / クロモセンター / DNA損傷修復 / クロマチンリモデリング因子
Outline of Research at the Start

DNAに損傷が起こると、損傷領域周辺のクロマチンがオープンな構造に再編され、修復因子複合体の形成を促進し、修復が終了したのちには元のクロマチン構造に戻すというモデルが提唱され、その現象やメカニズムの一端が明らかにされつつある。しかしながら、損傷チェックポイン トの下流において、クロマチンリモデリング複合体がどのようなしくみでチェックポイントや損傷部位・修復反応と連携しているのか不明な点が多い。本課題は、私たちが見出した新規ヘテロクロマチン因子とクロマチンリモデリング複合体との相互作用の機能が、DNA損傷応答のどのステップで、どのように働きかけているのか明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

DNAに損傷が起こると、損傷領域周辺のクロマチンがオープンな構造に再編され、修復因子複合体の形成を促進し、修復が終了したのちには元 のクロマチン構造に戻すというモデルが提唱され、その現象やメカニズムの一端が明らかにされつつある。しかしながら、損傷チェックポイントの下流において、クロマチンリモデリング複合体がどのようなしくみでチェックポイントや損傷部位・修復反応と連携しているのか不明な点が多い。本課題は、私たちが見出した新規ヘテロクロマチン因子とクロマチンリモデリング複合体との相互作用の機能が、修復反応のどのステップで、どのように働きかけているのか明らかにすることを目的としている。
マウス細胞がもつ巨大なヘテロクロマチン領域(クロモセンター)にAHDC1は局在する。本年度は、クロモセンターにおけるDNA損傷修復について、解析を行う系の樹立を試みた。クロモセンターはセントロメア近傍の巨大な繰り返し配列(メジャーサテライト)に形成されることが知られている。メジャーサテライト特異的にDNA2本鎖切断を導入するために、CRISPR-Cas9を安定に発現する細胞を樹立した。この細胞に、メジャーサテライトに対するガイドRNA発現プラスミドを導入することにより、クロモセンター特異的に二本鎖切断が導入されていることがgamma-H2AXのシグナルにより確認された。また、CRISPR-Cas9を安定に発現する細胞に対して、AHDC1を欠失した細胞株を樹立することに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

今年度の成果として、マウスNIH3T3細胞において、巨大なヘテロクロマチン領域であるクロモセンター特異的に2本左切断を導入することができる細胞を樹立することができた。また、この細胞においてAHDC1を欠失した株を樹立することができた。これらの細胞株は、AHDC1のヘテロクロマチン領域での損傷応答にける機能を調べるために大変有用であるため。

Strategy for Future Research Activity

今回立ち上げた、マウスNIH3T3細胞において、巨大なヘテロクロマチン領域であるクロモセンター特異的に2本鎖切断を導入することができる細胞株、この細胞を親株にAHDC1を欠失した細胞株を用いて、AHDC1が発現していない細胞におけるDNA損傷に対する影響を調べることが可能となった。また、それを踏まえて、前年度までに用意したクロマチンリモデリング因子との相互作用が著しく減退した変異AHDC1をAHDC1を欠失した細胞株に戻して解析することにより、AHDC1とクロマチンリモデリング因子との相互作用の意義を解明する。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 6 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Structural evidence for protein-protein interaction between the non-canonical methyl-CpG-binding domain of SETDB proteins and C11orf462024

    • Author(s)
      Mahana Yutaka、Ariyoshi Mariko、Nozawa Ryu-Suke、Shibata Sachiko、Nagao Koji、Obuse Chikashi、Shirakawa Masahiro
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 32 Issue: 3 Pages: 304-315.e5

    • DOI

      10.1016/j.str.2023.12.001

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional domains of nuclear long noncoding RNAs: Insights into gene regulation and intracellular architecture2023

    • Author(s)
      Obuse Chikashi、Hirose Tetsuro
    • Journal Title

      Current Opinion in Cell Biology

      Volume: 85 Pages: 102250-102250

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2023.102250

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Replication dynamics identifies the folding principles of the inactive X chromosome2023

    • Author(s)
      Rawin Poonperm, Saya Ichihara, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Takashi Sado & Ichiro Hiratani
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: Volume 30 Issue 8 Issue: 8 Pages: 1224-1237

    • DOI

      10.1038/s41594-023-01052-1

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dominant-negative variants in CBX1 cause a neurodevelopmental disorder2023

    • Author(s)
      Kuroda, Y.、Nagao, K、Isobe, S-Y.、Nishibuchi, G.、Obuse, C.、Roscioli, T.、Izumi, K.他
    • Journal Title

      Genetics in Medicine

      Volume: X Issue: 7 Pages: 100861-100861

    • DOI

      10.1016/j.gim.2023.100861

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Inner nuclear membrane proteins Lem2 and Bqt4 interact with different lipid synthesis enzymes in fission yeast2023

    • Author(s)
      Hirano Yasuhiro、Kinugasa Yasuha、Kubota Yoshino、Obuse Chikashi、Haraguchi Tokuko、Hiraoka Yasushi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: online Issue: 1 Pages: 33-46

    • DOI

      10.1093/jb/mvad017

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Polycomb repressive complexes 1 and 2 are each essential for maintenance of X inactivation in extra-embryonic lineages2023

    • Author(s)
      Masui Osamu、Corbel Catherine、Nagao Koji、Endo Takaho A.、Kezuka Fuyuko、Diabangouaya Patricia、Nakayama Manabu、Kumon Mami、Koseki Yoko、Obuse Chikashi、Koseki Haruhiko、Heard Edith
    • Journal Title

      Nature Cell Biology

      Volume: 25 Issue: 1 Pages: 134-144

    • DOI

      10.1038/s41556-022-01047-y

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] RNaseH2A downregulation drives inflammatory gene expression via genomic DNA fragmentation in senescent and cancer cells2022

    • Author(s)
      Sugawara S, Okada R, Loo TM, Tanaka H, Miyata K, Chiba M, Kawasaki H, Katoh K, Kaji S, Maezawa Y, Yokote K, Nakayama M, Oshima M, Nagao K, Obuse C, Nagayama S, Takubo K, Nakanishi A, Kanemaki MT, Hara E, Takahashi A.
    • Journal Title

      Commun Biol

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 1420-1420

    • DOI

      10.1038/s42003-022-04369-7

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] SmcHD1 underlies the formation of H3K9me3 blocks on the inactive X chromosome in mice2022

    • Author(s)
      Ichihara Saya、Nagao Koji、Sakaguchi Takehisa、Obuse Chikashi、Sado Takashi
    • Journal Title

      Development

      Volume: 149 Issue: 15

    • DOI

      10.1242/dev.200864

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] RNA polymerase II リン酸化は、転写と共役したヌクレオソーム再構築を促進してエピジェネ ティックな遺伝子発現不均質性を抑制する2023

    • Author(s)
      梶谷卓也、加藤太陽、木村宏、 大川恭行、小布施力史、沖昌也、Damien Hermand、John Lis、村上洋太
    • Organizer
      第46回 IMBSJ 日本の子 子生物年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 分裂酵母の核膜孔複合体における Sec13 の機能2023

    • Author(s)
      淺川東彦、大槻千鶴 、長尾恒治、信藤知子、深川竜郎、 小布施力史、平岡 泰、原口徳子
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 分裂酵母における BioID 法の最適化と有効性評価2023

    • Author(s)
      山田紗矢、山本孝治、川上 慶、西野耕平、小迫英尊、 小布施力史、田中克典
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
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  • [Presentation] RNA polymerase II リン酸化は、転写と共役したヌクレオソーム再構築を促進してエピジェネ ティックな遺伝子発現不均質性を抑制する2023

    • Author(s)
      梶谷卓也、加藤太陽、木村宏、 大川恭行、小布施力史、沖昌也、Damien Hermand、John Lis、村上洋太
    • Organizer
      第46回 IMBSJ 日本の子 子生物年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 分裂酵母の核膜孔複合体における Sec13 の機能2023

    • Author(s)
      淺川東彦、大槻千鶴 、長尾恒治、信藤知子、深川竜郎、 小布施力史、平岡 泰、原口徳子
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 分裂酵母における BioID 法の最適化と有効性評価2023

    • Author(s)
      山田紗矢、山本孝治、川上 慶、西野耕平、小迫英尊、 小布施力史、田中克典
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] RNA polymerase II Ser7リン酸化は、転写と共役したヌクレオソーム弛緩・再構築を促進して転写一時停止を安定化する2022

    • Author(s)
      梶谷卓也, 加藤太陽, 沖昌也, 木村宏, 大川恭行, 小布施力史, Hermand Damien, Lis John, 村上洋太
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] エピゲノムとヘテロクロマチン構造構築に働きかけるHP1結合タンパク質2022

    • Author(s)
      小布施力史、磯部真也、佐渡敬、長尾恒治
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Replication dynamics identifies the folding principles of the inactive X chromosome2022

    • Author(s)
      Rawin Poonperm, Saya Ichihara, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Takashi Sado, Ichiro Hiratani
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ポリコーム複合体PRC1とPRC2はマウス胚体外組織におけるX染色体不活性化の維持に必須である2022

    • Author(s)
      増井修、Corbel Catherine、長尾恒治、遠藤高帆、毛塚芙由子、小布施力史、Heard Edith、古関明彦
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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