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Elucidation of the Chromatin Reorganization Mechanisms Linked to DNA Damage Response

Research Project

Project/Area Number 23K23810
Project/Area Number (Other) 22H02546 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 43010:Molecular biology-related
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

小布施 力史  大阪大学, 大学院理学研究科, 教授 (00273855)

Project Period (FY) 2024-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2024: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2023: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Keywordsヘテロクロマチン / DNA損傷 / クロマチンリモデリング / DNA損傷応答 / クロモセンター / DNA損傷修復 / クロマチンリモデリング因子
Outline of Research at the Start

DNAに損傷が起こると、損傷領域周辺のクロマチンがオープンな構造に再編され、修復因子複合体の形成を促進し、修復が終了したのちには元のクロマチン構造に戻すというモデルが提唱され、その現象やメカニズムの一端が明らかにされつつある。しかしながら、損傷チェックポイン トの下流において、クロマチンリモデリング複合体がどのようなしくみでチェックポイントや損傷部位・修復反応と連携しているのか不明な点が多い。本課題は、私たちが見出した新規ヘテロクロマチン因子とクロマチンリモデリング複合体との相互作用の機能が、DNA損傷応答のどのステップで、どのように働きかけているのか明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

DNAに損傷が起こると、損傷領域周辺のクロマチンがオープンな構造に再編され、修復因子複合体の形成を促進し、修復が終了したのちには元のクロマチン構造に戻すというモデルが提唱され、その現象やメカニズムの一端が明らかにされつつある。しかしながら、損傷チェックポイントの下流において、クロマチンリモデリング複合体がどのようなしくみでチェックポイントや損傷部位・修復反応と連携しているのか不明な点が多い。本課題は、私たちが見出した新規ヘテロクロマチン因子とクロマチンリモデリング複合体との相互作用の意義を明らかにすることを目的とした。
ヒトHCT116細胞を用いて、昨年度までにAHDC1のC末端側にクロマチンリモデリング複合体が相互作用することを明らかにした。また、AHDC1にはHDAC(ヒストン脱アセチル化酵素)複合体が相互作用することをこれまでに明らかにしている。本年度は、AHDC1のどの領域にHDACが結合するのかを探索した。AHDC1の全長を4分割してHDACとの相互作用を部位の探索を試みたが、どの断片にもHDACが結合し、複数の相互作用部位が存在することが明らかとなった。AHDC1およびクロマチンリモデリング複合体のノックアウト変異細胞においてX線によるDNA損傷を導入すると、クロマチンリモデリング複合体変異では損傷応答が著しく減退しているが、AHDC1変異では野生型と同様に正常な損傷応答が観察された。一方で、ある種のDNA損傷を誘発する薬剤やX線照射による感受性を解析したところ、クロマチンリモデリング複合体変異と同様にAHDC1変異はある種のDNA損傷に対して感受性が上昇した。このことは、クロマチンリモデリング複合体はDNA損傷に対してゲノム上の多くの場所で機能するが、AHDC1はリピート配列などの限られた領域におけるDNA損傷に機能していることが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ヒト細胞を用いてAHDC1の機能配列の解析が完了し、AHDC1ノックアウト細胞、相互作用因子ノックアウト細胞について、DNA損傷に対する影響をヒト細胞で評価できた。これらの知見は、マウス細胞における巨大なリピート配列上でのAHDC1の損傷応答に対する機能機序を明らかにするにあたって有用であるから。

Strategy for Future Research Activity

ヒト細胞を用いたAHDC1のドメイン解析の結果をもとに、マウス細胞を用いて、AHDC1が機能する巨大なリピート配列上でのDNA損傷について、昨年までに開発した系などを用いて、DNA損傷とそれに対する応答を切り分けて解析を進める。

Report

(3 results)
  • 2024 Research-status Report
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2025 2024 2023 2022

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 9 results) Presentation (12 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Functional involvement of RNAs and intrinsically disordered proteins in the assembly of heterochromatin2025

    • Author(s)
      Obuse Chikashi、Nakayama Jun-ichi
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1869 Issue: 6 Pages: 130790-130790

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2025.130790

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Interaction mapping between nucleoporins in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe using mass-spectrometry2024

    • Author(s)
      Asakawa Haruhiko、Nagao Koji、Fukagawa Tatsuo、Obuse Chikashi、Hiraoka Yasushi、Haraguchi Tokuko
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 177 Issue: 4 Pages: 273-286

    • DOI

      10.1093/jb/mvae095

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural evidence for protein-protein interaction between the non-canonical methyl-CpG-binding domain of SETDB proteins and C11orf462024

    • Author(s)
      Mahana Yutaka、Ariyoshi Mariko、Nozawa Ryu-Suke、Shibata Sachiko、Nagao Koji、Obuse Chikashi、Shirakawa Masahiro
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 32 Issue: 3 Pages: 304-315.e5

    • DOI

      10.1016/j.str.2023.12.001

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Functional domains of nuclear long noncoding RNAs: Insights into gene regulation and intracellular architecture2023

    • Author(s)
      Obuse Chikashi、Hirose Tetsuro
    • Journal Title

      Current Opinion in Cell Biology

      Volume: 85 Pages: 102250-102250

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2023.102250

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Replication dynamics identifies the folding principles of the inactive X chromosome2023

    • Author(s)
      Rawin Poonperm, Saya Ichihara, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Takashi Sado & Ichiro Hiratani
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: Volume 30 Issue 8 Issue: 8 Pages: 1224-1237

    • DOI

      10.1038/s41594-023-01052-1

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dominant-negative variants in CBX1 cause a neurodevelopmental disorder2023

    • Author(s)
      Kuroda, Y.、Nagao, K、Isobe, S-Y.、Nishibuchi, G.、Obuse, C.、Roscioli, T.、Izumi, K.他
    • Journal Title

      Genetics in Medicine

      Volume: X Issue: 7 Pages: 100861-100861

    • DOI

      10.1016/j.gim.2023.100861

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Inner nuclear membrane proteins Lem2 and Bqt4 interact with different lipid synthesis enzymes in fission yeast2023

    • Author(s)
      Hirano Yasuhiro、Kinugasa Yasuha、Kubota Yoshino、Obuse Chikashi、Haraguchi Tokuko、Hiraoka Yasushi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: online Issue: 1 Pages: 33-46

    • DOI

      10.1093/jb/mvad017

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Polycomb repressive complexes 1 and 2 are each essential for maintenance of X inactivation in extra-embryonic lineages2023

    • Author(s)
      Masui Osamu、Corbel Catherine、Nagao Koji、Endo Takaho A.、Kezuka Fuyuko、Diabangouaya Patricia、Nakayama Manabu、Kumon Mami、Koseki Yoko、Obuse Chikashi、Koseki Haruhiko、Heard Edith
    • Journal Title

      Nature Cell Biology

      Volume: 25 Issue: 1 Pages: 134-144

    • DOI

      10.1038/s41556-022-01047-y

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] RNaseH2A downregulation drives inflammatory gene expression via genomic DNA fragmentation in senescent and cancer cells2022

    • Author(s)
      Sugawara S, Okada R, Loo TM, Tanaka H, Miyata K, Chiba M, Kawasaki H, Katoh K, Kaji S, Maezawa Y, Yokote K, Nakayama M, Oshima M, Nagao K, Obuse C, Nagayama S, Takubo K, Nakanishi A, Kanemaki MT, Hara E, Takahashi A.
    • Journal Title

      Commun Biol

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 1420-1420

    • DOI

      10.1038/s42003-022-04369-7

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] SmcHD1 underlies the formation of H3K9me3 blocks on the inactive X chromosome in mice2022

    • Author(s)
      Ichihara Saya、Nagao Koji、Sakaguchi Takehisa、Obuse Chikashi、Sado Takashi
    • Journal Title

      Development

      Volume: 149 Issue: 15

    • DOI

      10.1242/dev.200864

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ヘテロクロマチン領域のDNA 損傷応答を制御する新規タンパク質AHDC1の解析2025

    • Author(s)
      磯部真也、岩田優吾、高見蒼、小布施力史
    • Organizer
      第42 回染色体ワークショップ・第23 回核ダイナミクス研究会
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      2024 Research-status Report
  • [Presentation] HP1結合タンパク質の機能解析2024

    • Author(s)
      小布施力史
    • Organizer
      令和6年遺伝研究会 クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御
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      2024 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] RNA polymerase II リン酸化は、転写と共役したヌクレオソーム再構築を促進してエピジェネ ティックな遺伝子発現不均質性を抑制する2023

    • Author(s)
      梶谷卓也、加藤太陽、木村宏、 大川恭行、小布施力史、沖昌也、Damien Hermand、John Lis、村上洋太
    • Organizer
      第46回 IMBSJ 日本の子 子生物年会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 分裂酵母の核膜孔複合体における Sec13 の機能2023

    • Author(s)
      淺川東彦、大槻千鶴 、長尾恒治、信藤知子、深川竜郎、 小布施力史、平岡 泰、原口徳子
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 分裂酵母における BioID 法の最適化と有効性評価2023

    • Author(s)
      山田紗矢、山本孝治、川上 慶、西野耕平、小迫英尊、 小布施力史、田中克典
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
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      梶谷卓也、加藤太陽、木村宏、 大川恭行、小布施力史、沖昌也、Damien Hermand、John Lis、村上洋太
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      第46回 IMBSJ 日本の子 子生物年会
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      2022 Annual Research Report
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      淺川東彦、大槻千鶴 、長尾恒治、信藤知子、深川竜郎、 小布施力史、平岡 泰、原口徳子
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 分裂酵母における BioID 法の最適化と有効性評価2023

    • Author(s)
      山田紗矢、山本孝治、川上 慶、西野耕平、小迫英尊、 小布施力史、田中克典
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム 第56 回 研究報告会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] RNA polymerase II Ser7リン酸化は、転写と共役したヌクレオソーム弛緩・再構築を促進して転写一時停止を安定化する2022

    • Author(s)
      梶谷卓也, 加藤太陽, 沖昌也, 木村宏, 大川恭行, 小布施力史, Hermand Damien, Lis John, 村上洋太
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] エピゲノムとヘテロクロマチン構造構築に働きかけるHP1結合タンパク質2022

    • Author(s)
      小布施力史、磯部真也、佐渡敬、長尾恒治
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Replication dynamics identifies the folding principles of the inactive X chromosome2022

    • Author(s)
      Rawin Poonperm, Saya Ichihara, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Takashi Sado, Ichiro Hiratani
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ポリコーム複合体PRC1とPRC2はマウス胚体外組織におけるX染色体不活性化の維持に必須である2022

    • Author(s)
      増井修、Corbel Catherine、長尾恒治、遠藤高帆、毛塚芙由子、小布施力史、Heard Edith、古関明彦
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
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      2022 Annual Research Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2025-12-26  

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